47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2131 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  100 
 
 		 289 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131906  hitchhiker  0.000000754842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  90.66 
 
 		 289 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  90.66 
 
 		 289 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000855833  hitchhiker  0.0000527672 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3398  putative phage repressor  70.9 
 
 		 280 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0077186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  45.31 
 
 		 273 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2394  Cro/CI family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 283 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  30.18 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  27.62 
 
 		 214 aa  73.2  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1166  phage-related repressor protein  24.44 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000408495  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1066  putative phage repressor  31.82 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000341462  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  33.75 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  30.66 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  30.14 
 
 		 245 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  29.32 
 
 		 225 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  36.78 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  29.91 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  29.91 
 
 		 251 aa  57  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  41.67 
 
 		 248 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  30.83 
 
 		 247 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  30 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0666  hypothetical protein  47.06 
 
 		 147 aa  54.3  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0895819  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4976  putative phage repressor  27.12 
 
 		 206 aa  54.3  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  36.36 
 
 		 247 aa  53.5  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  29.14 
 
 		 235 aa  53.5  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  29.55 
 
 		 212 aa  52.4  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  27.42 
 
 		 215 aa  50.1  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 219 aa  49.3  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  28.46 
 
 		 263 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  26.02 
 
 		 230 aa  48.5  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 240 aa  47.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  33.77 
 
 		 216 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1431  hypothetical protein  36.49 
 
 		 139 aa  46.2  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000064754  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  30.59 
 
 		 216 aa  46.2  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2380  peptidase S24, S26A and S26B  34.57 
 
 		 421 aa  45.8  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000103067  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 248 aa  45.8  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  26.4 
 
 		 219 aa  45.8  0.0008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  27.05 
 
 		 205 aa  45.8  0.0009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  28.37 
 
 		 216 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  35.11 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  39.29 
 
 		 239 aa  43.9  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  30.65 
 
 		 227 aa  43.9  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  30.67 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  30.67 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1553  putative phage repressor  29.51 
 
 		 240 aa  43.1  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.559929  normal  0.0333856 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  31.78 
 
 		 233 aa  42.7  0.007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  27.56 
 
 		 248 aa  42.4  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>