More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3673 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  100 
 
 		 227 aa  454  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.22 
 
 		 232 aa  278  6e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.03 
 
 		 235 aa  263  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3400  two component transcriptional regulator  54.95 
 
 		 224 aa  249  2e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.105495  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 230 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 225 aa  228  5e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  50.67 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.12 
 
 		 224 aa  225  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.12 
 
 		 224 aa  224  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0453  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 225 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.904663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 225 aa  224  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  47.53 
 
 		 223 aa  218  7.999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 228 aa  215  4e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  47.09 
 
 		 223 aa  214  8e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.4 
 
 		 231 aa  214  8e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.02 
 
 		 266 aa  212  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 224 aa  211  4.9999999999999996e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.77 
 
 		 225 aa  211  7e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  46.22 
 
 		 227 aa  209  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 236 aa  208  5e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2944  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.46 
 
 		 223 aa  207  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470859  normal  0.70587 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3918  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.77 
 
 		 225 aa  204  9e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 224 aa  204  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 406 aa  202  2e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  42.61 
 
 		 237 aa  202  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2552  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 		 230 aa  201  7e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000276879  normal  0.180215 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2637  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.58 
 
 		 227 aa  200  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  44.39 
 
 		 226 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 223 aa  199  3e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 		 222 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.5 
 
 		 224 aa  198  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 240 aa  198  6e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 228 aa  198  6e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 224 aa  197  9e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2231  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.2 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1751  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.5 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  44.39 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1849  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.418833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0440  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.747409  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  44.39 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 225 aa  194  6e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2318  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 225 aa  195  6e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.642935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.05 
 
 		 223 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.44 
 
 		 271 aa  195  6e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.6 
 
 		 223 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 228 aa  194  8.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.78 
 
 		 232 aa  194  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1103  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 227 aa  193  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.39 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.95 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  46.15 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  45.74 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  41.07 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.29 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.05 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0994  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.337893  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 223 aa  192  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.5 
 
 		 225 aa  192  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.89 
 
 		 230 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 231 aa  192  4e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 227 aa  191  6e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.69 
 
 		 227 aa  191  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.69 
 
 		 227 aa  191  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.69 
 
 		 227 aa  191  6e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 233 aa  191  6e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.69 
 
 		 227 aa  191  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.6 
 
 		 223 aa  191  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.6 
 
 		 223 aa  191  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  44.59 
 
 		 230 aa  191  8e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 273 aa  191  8e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  43.24 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 231 aa  191  1e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.24 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.89 
 
 		 238 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.14 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  43.24 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 230 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 230 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.5 
 
 		 225 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  43.05 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 235 aa  190  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 230 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>