76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3817 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  100 
 
 
181 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  79.17 
 
 
179 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  5.63624e-08  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  77.5 
 
 
177 aa  182  2e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  51.9 
 
 
185 aa  163  2e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  65.35 
 
 
172 aa  134  7e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  66.67 
 
 
469 aa  134  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  56.91 
 
 
174 aa  134  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3806  PAAR  62.5 
 
 
165 aa  127  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  61.39 
 
 
481 aa  122  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  55.45 
 
 
131 aa  112  2e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4128  PAAR  62.5 
 
 
164 aa  100  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  43.96 
 
 
386 aa  70.1  2e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  41.76 
 
 
379 aa  69.3  3e-11  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  48.86 
 
 
176 aa  53.9  1e-06  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  40.22 
 
 
113 aa  52.4  3e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  43.02 
 
 
323 aa  52.4  4e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  41.94 
 
 
1386 aa  51.6  7e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3002  PAAR  39.58 
 
 
99 aa  50.1  2e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  42.73 
 
 
456 aa  50.4  2e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  37.37 
 
 
100 aa  49.3  3e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6683  PAAR repeat-containing protein  45.16 
 
 
88 aa  48.5  5e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  43.36 
 
 
461 aa  48.5  5e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  39.58 
 
 
96 aa  48.1  6e-05  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  42.71 
 
 
96 aa  48.1  7e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  37.69 
 
 
456 aa  47.8  8e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  41.18 
 
 
592 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  45.16 
 
 
88 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  38.54 
 
 
99 aa  46.6  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  39.8 
 
 
174 aa  46.6  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5509  hypothetical protein  41.38 
 
 
87 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  38.04 
 
 
96 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  41.07 
 
 
87 aa  45.4  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  41.07 
 
 
87 aa  45.4  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  41.07 
 
 
87 aa  45.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  40.62 
 
 
96 aa  45.8  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  34.85 
 
 
1423 aa  45.4  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3238  PAAR repeat-containing protein  35 
 
 
85 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198697  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  35 
 
 
85 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  41.05 
 
 
466 aa  45.4  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  50 
 
 
1409 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  34.85 
 
 
1457 aa  44.7  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  34.85 
 
 
1475 aa  44.7  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2461  hypothetical protein  37.5 
 
 
99 aa  44.3  0.0009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0368  PAAR repeat-containing protein  38.14 
 
 
100 aa  44.3  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  35 
 
 
85 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4045  hypothetical protein  37.18 
 
 
88 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  40 
 
 
1428 aa  43.9  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2816  PAAR repeat-containing protein  37.23 
 
 
96 aa  43.9  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  38.71 
 
 
1385 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  38.71 
 
 
1400 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3584  PAAR repeat-containing protein  36.9 
 
 
84 aa  43.9  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2373  PAAR repeat-containing protein  36.56 
 
 
96 aa  43.5  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0352022 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  41.27 
 
 
855 aa  43.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5249  PAAR repeat-containing protein  37.63 
 
 
96 aa  43.5  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  5.30651e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  46.51 
 
 
1411 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0056  PAAR repeat-containing protein  39.66 
 
 
88 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  44.87 
 
 
96 aa  42.7  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2301  PAAR repeat-containing protein  46.3 
 
 
87 aa  42.7  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360683  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  42.25 
 
 
118 aa  42.7  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  38.78 
 
 
1447 aa  42  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  47.73 
 
 
1140 aa  42  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  42.86 
 
 
86 aa  42.4  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1974  hypothetical protein  31.43 
 
 
193 aa  42  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.342868  normal  0.816033 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  43.94 
 
 
100 aa  41.6  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  38.18 
 
 
1381 aa  41.6  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  40.21 
 
 
540 aa  41.2  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  39.68 
 
 
1229 aa  41.2  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  47.06 
 
 
101 aa  41.2  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01943  hypothetical protein  37.93 
 
 
89 aa  41.2  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5205  PAAR repeat-containing protein  43.64 
 
 
85 aa  41.2  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  4.29039e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  38.18 
 
 
1541 aa  41.2  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  38.18 
 
 
1541 aa  41.2  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  38.18 
 
 
1541 aa  40.8  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  38.18 
 
 
1541 aa  41.2  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  38.18 
 
 
1541 aa  41.2  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  38.18 
 
 
1541 aa  41.2  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>