70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3002 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3002  PAAR  100 
 
 
99 aa  184  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  80.81 
 
 
99 aa  161  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2461  hypothetical protein  82.83 
 
 
99 aa  159  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  82.47 
 
 
100 aa  157  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0368  PAAR repeat-containing protein  79 
 
 
100 aa  152  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5249  PAAR repeat-containing protein  72.73 
 
 
96 aa  133  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000530651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  71.72 
 
 
96 aa  132  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1168  putative type VI secretion protein VasV-1, PAAR domain protein  63.64 
 
 
98 aa  122  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173375  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  66.67 
 
 
96 aa  119  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1664  PAAR repeat-containing protein  64.65 
 
 
96 aa  115  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.121011 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2816  PAAR repeat-containing protein  63.64 
 
 
96 aa  113  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3584  PAAR repeat-containing protein  67.86 
 
 
84 aa  108  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  58.33 
 
 
96 aa  102  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2373  PAAR repeat-containing protein  60.61 
 
 
96 aa  100  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0352022 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  55.88 
 
 
102 aa  100  1e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  53.61 
 
 
96 aa  92  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  47.42 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3826  PAAR repeat-containing protein  48.81 
 
 
99 aa  71.2  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1680  PAAR repeat-containing protein  52.48 
 
 
89 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2551  PAAR repeat-containing protein  52 
 
 
89 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3608  PAAR  44.76 
 
 
92 aa  68.2  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000736395 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1650  hypothetical protein  35.56 
 
 
94 aa  61.2  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2253  PAAR repeat-containing protein  46.15 
 
 
105 aa  60.5  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.175584  hitchhiker  0.000480373 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1907  PAAR repeat-containing protein  45.79 
 
 
93 aa  59.3  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0142709  hitchhiker  0.000734481 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  41.24 
 
 
481 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  41.67 
 
 
177 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  42.86 
 
 
185 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  41.24 
 
 
540 aa  57.4  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  41.67 
 
 
466 aa  56.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1043  hypothetical protein  40.95 
 
 
92 aa  56.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0985  hypothetical protein  48.57 
 
 
98 aa  54.3  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0761318  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  42.71 
 
 
172 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  42.27 
 
 
179 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000563624  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  40 
 
 
1437 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  38.89 
 
 
1422 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  36.46 
 
 
469 aa  52  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4775  PAAR repeat-containing protein  38.89 
 
 
105 aa  52  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.110358  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  43.06 
 
 
1379 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  38.78 
 
 
174 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  36.67 
 
 
1475 aa  50.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  36.67 
 
 
1457 aa  50.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  43.06 
 
 
855 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  39.58 
 
 
181 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  33.68 
 
 
386 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  32.63 
 
 
379 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5383  PAAR repeat-containing protein  41.51 
 
 
93 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  38.16 
 
 
1423 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  37.84 
 
 
592 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  40.62 
 
 
131 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1039  PAAR  43.56 
 
 
89 aa  48.1  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0895  hypothetical protein  43.56 
 
 
89 aa  48.1  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.457574 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  42.65 
 
 
1447 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  41.79 
 
 
1229 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3806  PAAR  38.14 
 
 
165 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  34.52 
 
 
1446 aa  44.7  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  37.78 
 
 
1428 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  36.94 
 
 
461 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  40.79 
 
 
1386 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3238  PAAR repeat-containing protein  28.87 
 
 
85 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198697  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0240  PAAR repeat-containing protein  39.44 
 
 
113 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0034  hypothetical protein  38.37 
 
 
94 aa  42  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.543283  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  28.87 
 
 
85 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  39.73 
 
 
86 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  28.87 
 
 
85 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  63.33 
 
 
1388 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  48.72 
 
 
1419 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1867  hypothetical protein  40 
 
 
107 aa  40.8  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0925  PAAR repeat-containing protein  40.19 
 
 
94 aa  40.4  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.334419 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  39.73 
 
 
406 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  34.34 
 
 
439 aa  40  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>