More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_2374 on replicon NC_011061
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 165 aa  340  4e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1619  DNA repair protein RadC  49.07 
 
 		 166 aa  159  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0803  DNA repair protein, RadC-like  56.48 
 
 		 166 aa  130  9e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  51.85 
 
 		 222 aa  127  6e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  53.77 
 
 		 222 aa  127  7.000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3111  DNA repair protein RadC  40.24 
 
 		 169 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000111017  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2168  DNA repair protein RadC  43.57 
 
 		 163 aa  125  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00702134  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  54.63 
 
 		 223 aa  124  4.0000000000000003e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0216  DNA repair protein RadC  43.57 
 
 		 163 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  49.59 
 
 		 228 aa  123  1e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  52.83 
 
 		 223 aa  123  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1463  DNA repair protein RadC  39.88 
 
 		 167 aa  123  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.794646 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3737  DNA repair protein RadC  39.88 
 
 		 168 aa  122  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  48.15 
 
 		 229 aa  121  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  44.53 
 
 		 160 aa  121  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  55.88 
 
 		 229 aa  121  4e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  45.53 
 
 		 223 aa  121  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  48.11 
 
 		 222 aa  121  5e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  51.89 
 
 		 223 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  47.15 
 
 		 227 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0275  DNA repair protein RadC  38.32 
 
 		 163 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00125645  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  43.42 
 
 		 227 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  48.67 
 
 		 158 aa  117  7e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  43.8 
 
 		 159 aa  117  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  45.86 
 
 		 227 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  54.9 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3004  DNA repair protein RadC  43.88 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00190795  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  52.38 
 
 		 231 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  42.14 
 
 		 222 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  42.14 
 
 		 222 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  42.14 
 
 		 222 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  42.14 
 
 		 222 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  42.14 
 
 		 222 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  42.14 
 
 		 222 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  51.89 
 
 		 231 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0244  DNA repair protein  40.28 
 
 		 151 aa  115  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  42.14 
 
 		 214 aa  115  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  49.14 
 
 		 230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  44.53 
 
 		 158 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2277  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 		 166 aa  114  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 222 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0983  DNA repair protein RadC  48 
 
 		 231 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  53.47 
 
 		 206 aa  114  8.999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 225 aa  114  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  51.92 
 
 		 236 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  46.22 
 
 		 228 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 221 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 229 aa  113  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 221 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 221 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 221 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  46.72 
 
 		 158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 221 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  46.72 
 
 		 148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  44.54 
 
 		 222 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  46.72 
 
 		 158 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  46.72 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  51.46 
 
 		 225 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  47.22 
 
 		 228 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  51.96 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  51.96 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1885  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  51.96 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  46.72 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  46.72 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  48.15 
 
 		 224 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 222 aa  112  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 224 aa  112  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  54.46 
 
 		 227 aa  112  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  48.15 
 
 		 224 aa  112  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 232 aa  112  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  49.5 
 
 		 230 aa  111  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  50.98 
 
 		 158 aa  111  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  45.13 
 
 		 224 aa  111  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  48.08 
 
 		 226 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  49.5 
 
 		 232 aa  110  8.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  48.67 
 
 		 224 aa  110  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1216  DNA repair protein  45.71 
 
 		 206 aa  110  9e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  48.15 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  46.72 
 
 		 158 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  46.15 
 
 		 226 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  46.55 
 
 		 229 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  48.15 
 
 		 241 aa  109  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  49.02 
 
 		 235 aa  108  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  42.74 
 
 		 224 aa  109  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  49 
 
 		 233 aa  108  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  42.64 
 
 		 224 aa  108  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  108  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0786  DNA repair protein RadC  40.14 
 
 		 166 aa  108  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  51.49 
 
 		 233 aa  108  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  48.65 
 
 		 158 aa  108  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>