More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_01305 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 299 aa  588  1e-167  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0205  tRNA pseudouridine synthase B  68.38 
 
 		 300 aa  379  1e-104  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0181  tRNA pseudouridine synthase B  68.73 
 
 		 300 aa  379  1e-104  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2813  tRNA pseudouridine synthase B  69.97 
 
 		 302 aa  374  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 307 aa  265  5e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  48.64 
 
 		 304 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  48.64 
 
 		 304 aa  244  9e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 321 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  48.81 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 321 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  49.48 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  47.3 
 
 		 302 aa  241  9e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  48.12 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 		 314 aa  238  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  47.78 
 
 		 305 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  47.44 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  47.77 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  47.77 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  48.68 
 
 		 314 aa  235  7e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.97 
 
 		 309 aa  234  9e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  51.38 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 311 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  43.71 
 
 		 314 aa  232  7.000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  43.67 
 
 		 314 aa  231  8.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  50.59 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  47.08 
 
 		 299 aa  230  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 311 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 318 aa  229  6e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  46.76 
 
 		 305 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  46.75 
 
 		 318 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  50.2 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  46.08 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  46.46 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  50.2 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  46.46 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  44.67 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  44.18 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  46.1 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  42.12 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  42.39 
 
 		 318 aa  223  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  47.19 
 
 		 338 aa  222  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 314 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  49.41 
 
 		 322 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  44.52 
 
 		 347 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  47.24 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  47.18 
 
 		 321 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  42.23 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  48.8 
 
 		 328 aa  217  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  42.33 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  46.94 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 314 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 314 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 337 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 318 aa  215  5.9999999999999996e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  42 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  43.05 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 314 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 339 aa  212  5.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 313 aa  212  5.999999999999999e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 317 aa  212  7e-54  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 313 aa  212  7.999999999999999e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  41.12 
 
 		 318 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 317 aa  209  6e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 		 332 aa  206  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  42.09 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 303 aa  205  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  42.43 
 
 		 321 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 321 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>