More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2550 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3165  hypothetical protein  100 
 
 
237 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2550  hypothetical protein  100 
 
 
237 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390667  decreased coverage  0.00627186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3366  hypothetical protein  98.31 
 
 
237 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.699657  normal  0.467325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2221  hypothetical protein  94.94 
 
 
236 aa  438  1e-122  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3677  hypothetical protein  77.02 
 
 
234 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3178  hypothetical protein  75.32 
 
 
233 aa  358  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.235776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18190  hypothetical protein  73.31 
 
 
232 aa  349  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0382  hypothetical protein  69.79 
 
 
237 aa  348  6e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.681475  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3561  hypothetical protein  69.36 
 
 
237 aa  346  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200071  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3028  hypothetical protein  73.19 
 
 
234 aa  338  3e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.154556 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2376  hypothetical protein  64.26 
 
 
237 aa  330  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2928  hypothetical protein  65.96 
 
 
237 aa  329  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.848921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3162  hypothetical protein  70.64 
 
 
234 aa  324  9e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0308091  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1700  hypothetical protein  65.4 
 
 
234 aa  318  6e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3517  hypothetical protein  61.6 
 
 
233 aa  298  7e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000201859  normal  0.326196 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3172  hypothetical protein  45.45 
 
 
243 aa  180  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0624  hypothetical protein  44.12 
 
 
244 aa  166  3e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0655  hypothetical protein  42.13 
 
 
248 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0958  protein of unknown function DUF28  41 
 
 
252 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0577  hypothetical protein  41.7 
 
 
248 aa  159  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.236121  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2308  hypothetical protein  41.7 
 
 
248 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.431489  normal  0.117154 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0743  hypothetical protein  41.6 
 
 
247 aa  158  6e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000326938  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0371  hypothetical protein  41.1 
 
 
246 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00064064  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1487  hypothetical protein  43.22 
 
 
247 aa  155  5e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000223264  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0165  hypothetical protein  41.08 
 
 
250 aa  155  6e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1416  hypothetical protein  41 
 
 
247 aa  155  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.54749e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2629  hypothetical protein  39.24 
 
 
251 aa  154  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1074  hypothetical protein  40.66 
 
 
247 aa  154  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0933  hypothetical protein  41 
 
 
247 aa  154  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.14789e-15 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1905  hypothetical protein  41.28 
 
 
246 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.192843 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1449  hypothetical protein  40.51 
 
 
246 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1269  hypothetical protein  44.49 
 
 
249 aa  153  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196217  normal  0.639481 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2641  hypothetical protein  43.67 
 
 
248 aa  153  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1643  hypothetical protein  40.83 
 
 
250 aa  152  3e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3313  hypothetical protein  40.59 
 
 
247 aa  152  3e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3631  hypothetical protein  41.92 
 
 
248 aa  152  3e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2335  hypothetical protein  41.7 
 
 
248 aa  152  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000225431  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3911  protein of unknown function DUF28  40.76 
 
 
249 aa  152  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.662224  normal  0.0433199 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2673  hypothetical protein  40 
 
 
247 aa  152  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  9.69674e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1893  hypothetical protein  40.43 
 
 
246 aa  151  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.519482  normal  0.766951 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1660  hypothetical protein  42.24 
 
 
248 aa  150  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1717  hypothetical protein  42.24 
 
 
248 aa  150  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0839  DNA-binding regulatory protein, YebC/PmpR family  42.98 
 
 
252 aa  150  2e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0137  hypothetical protein  39.57 
 
 
248 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.153689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0060  hypothetical protein  42.02 
 
 
250 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0149328  normal  0.895421 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1200  hypothetical protein  43.1 
 
 
248 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0059  hypothetical protein  42.02 
 
 
250 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.852085  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12350  hypothetical protein  39.33 
 
 
253 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.242675  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1245  hypothetical protein  40.68 
 
 
247 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0508  hypothetical protein  41.28 
 
 
246 aa  149  3e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3179  protein of unknown function DUF28  38.49 
 
 
250 aa  149  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36720  hypothetical protein  42.13 
 
 
249 aa  149  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0657  hypothetical protein  40.83 
 
 
250 aa  149  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.384968  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0475  hypothetical protein  38.75 
 
 
250 aa  149  4e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0454  hypothetical protein  41.6 
 
 
253 aa  148  6e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.588948  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0538  hypothetical protein  40 
 
 
250 aa  148  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3214  hypothetical protein  43.48 
 
 
248 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1954  hypothetical protein  40.08 
 
 
248 aa  148  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.04417  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0469  hypothetical protein  41.35 
 
 
253 aa  148  9e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2079  hypothetical protein  40.08 
 
 
248 aa  148  9e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00551786  hitchhiker  0.0017448 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1899  hypothetical protein  40.08 
 
 
248 aa  148  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000661567  hitchhiker  0.000893936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3509  hypothetical protein  43.48 
 
 
248 aa  147  1e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208978 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1106  hypothetical protein  40.51 
 
 
252 aa  147  2e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2524  hypothetical protein  38.27 
 
 
246 aa  146  2e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.4403  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0496  hypothetical protein  39.17 
 
 
250 aa  146  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.813063  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003925  hypothetical protein  40.25 
 
 
248 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00219055  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4544  hypothetical protein  41.7 
 
 
248 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2365  hypothetical protein  39.66 
 
 
247 aa  145  4e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00180131  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2432  hypothetical protein  40.08 
 
 
248 aa  145  4e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1842  hypothetical protein  40.08 
 
 
248 aa  145  4e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1371  protein of unknown function DUF28  39.92 
 
 
252 aa  145  5e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.82714  normal  0.0256064 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1103  hypothetical protein  36.82 
 
 
243 aa  145  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  6.10466e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2722  hypothetical protein  38.98 
 
 
240 aa  145  6e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51810  hypothetical protein  41.28 
 
 
248 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73043  hitchhiker  5.47975e-05 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4171  hypothetical protein  40.95 
 
 
248 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265987  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3192  hypothetical protein  42.49 
 
 
249 aa  145  7e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1800  hypothetical protein  36.63 
 
 
250 aa  145  7e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453018 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1220  hypothetical protein  39.41 
 
 
248 aa  144  8e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1435  hypothetical protein  36.07 
 
 
251 aa  144  9e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0748903  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2041  hypothetical protein  41.08 
 
 
248 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000668061  hitchhiker  6.68977e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2039  hypothetical protein  41.08 
 
 
248 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2492  hypothetical protein  40.08 
 
 
250 aa  144  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0536  hypothetical protein  41.18 
 
 
245 aa  144  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.297552  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0163  hypothetical protein  40.52 
 
 
248 aa  144  2e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2779  hypothetical protein  39.83 
 
 
247 aa  143  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0375824  normal  0.0326422 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2114  hypothetical protein  40.52 
 
 
248 aa  143  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.308852  normal  0.355584 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2215  hypothetical protein  39.92 
 
 
243 aa  143  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0612934 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2018  protein of unknown function DUF28  39.83 
 
 
245 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.687235  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2306  hypothetical protein  41.08 
 
 
248 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00197948  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0450  hypothetical protein  42.32 
 
 
251 aa  143  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2433  hypothetical protein  39.92 
 
 
253 aa  143  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2600  hypothetical protein  39.15 
 
 
246 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.21652  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2094  hypothetical protein  39.15 
 
 
246 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1957  hypothetical protein  39.15 
 
 
246 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.522715  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2422  hypothetical protein  40 
 
 
248 aa  142  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  1.38795e-05  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1322  hypothetical protein  39.15 
 
 
246 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01835  hypothetical protein  39.15 
 
 
246 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.712982  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0924  hypothetical protein  37.45 
 
 
246 aa  142  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4273  hypothetical protein  39.66 
 
 
248 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.538279  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01823  hypothetical protein  39.15 
 
 
246 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.562952  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>