More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_00400 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  91.64 
 
 		 299 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.7 
 
 		 316 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  62.05 
 
 		 316 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 299 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  63.42 
 
 		 299 aa  363  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  63.76 
 
 		 299 aa  363  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  68.15 
 
 		 317 aa  362  4e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  62.42 
 
 		 299 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 306 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 343 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  43.4 
 
 		 339 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 292 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 317 aa  187  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 341 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  39.42 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  35.14 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  35.4 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 330 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 330 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 330 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 326 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.68 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  34.93 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.68 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 325 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 321 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  30.59 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 308 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6583  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422748  normal  0.335844 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>