More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0073 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0073  thioredoxin-related  100 
 
 
336 aa  679  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0081  thioredoxin-related  83.92 
 
 
310 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  71.7 
 
 
305 aa  444  1e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  71.47 
 
 
306 aa  438  1e-122  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  70.51 
 
 
306 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  70.51 
 
 
306 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0264  thioredoxin-related  70.74 
 
 
305 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  55.25 
 
 
300 aa  315  9e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  53.9 
 
 
302 aa  306  4e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  53.9 
 
 
302 aa  306  4e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  55.44 
 
 
317 aa  302  5e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  53 
 
 
326 aa  296  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  52.2 
 
 
302 aa  293  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  52.2 
 
 
302 aa  293  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  50.82 
 
 
330 aa  291  9e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1312  thioredoxin  55.37 
 
 
302 aa  291  9e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.968155  hitchhiker  0.00158392 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  51.02 
 
 
324 aa  288  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4245  thioredoxin  51.19 
 
 
334 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.902531  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  52.96 
 
 
304 aa  286  3e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  49.32 
 
 
324 aa  279  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  48.69 
 
 
324 aa  275  9e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3284  thioredoxin  49.66 
 
 
320 aa  275  1e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  48.69 
 
 
329 aa  275  1e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1865  thioredoxin  49.66 
 
 
306 aa  269  4e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.938725 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2792  thioredoxin  50.7 
 
 
307 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336164  normal  0.284427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3711  thioredoxin-related  47.12 
 
 
312 aa  254  2e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2938  thioredoxin  43.56 
 
 
315 aa  240  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0422  thioredoxin-related  45.76 
 
 
306 aa  240  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0054  thioredoxin domain-containing protein  45.12 
 
 
311 aa  238  7e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.621806 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2254  Thioredoxin domain  45.97 
 
 
338 aa  237  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.708544  normal  0.526752 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4590  thioredoxin  49.83 
 
 
304 aa  236  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0035  thioredoxin domain protein  42.43 
 
 
303 aa  234  2e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000613737 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2894  thioredoxin  43.81 
 
 
304 aa  233  4e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225286  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2127  thioredoxin domain-containing protein  42.72 
 
 
311 aa  228  8e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0139  thioredoxin  44.22 
 
 
304 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.47686 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1489  thioredoxin domain-containing protein  44.22 
 
 
304 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481302  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2371  thioredoxin domain-containing protein  44.52 
 
 
303 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  41.5 
 
 
282 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  41.5 
 
 
282 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3667  thioredoxin domain-containing protein  38.8 
 
 
298 aa  176  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  39.59 
 
 
282 aa  175  1e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  38.85 
 
 
280 aa  169  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  37.67 
 
 
282 aa  169  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  37 
 
 
282 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  37 
 
 
282 aa  164  1e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  37.54 
 
 
281 aa  164  2e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  36.24 
 
 
301 aa  163  4e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2527  thioredoxin  37.16 
 
 
293 aa  162  7e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0179199 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  38.01 
 
 
301 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0719  thioredoxin  38.23 
 
 
282 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0060777  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  38.57 
 
 
282 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  36.18 
 
 
281 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  38.01 
 
 
282 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  38.01 
 
 
282 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  39.12 
 
 
282 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  39.12 
 
 
282 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  38.01 
 
 
918 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  38.1 
 
 
280 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  36.91 
 
 
310 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  37.33 
 
 
282 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1818  thioredoxin  35.81 
 
 
293 aa  153  3e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0314014 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  34.13 
 
 
287 aa  153  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  33.33 
 
 
290 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  35.71 
 
 
302 aa  152  9e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  37.66 
 
 
302 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  33.45 
 
 
290 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3035  thioredoxin-related  34.97 
 
 
274 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2665  thioredoxin-related  37.71 
 
 
303 aa  149  6e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  33.45 
 
 
290 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  33.45 
 
 
290 aa  148  1e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  37.34 
 
 
302 aa  146  4e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  39.55 
 
 
280 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  30.82 
 
 
287 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0294  putative thioredoxin protein  36.3 
 
 
314 aa  142  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.918989  normal  0.0369237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  33.79 
 
 
289 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0993  thioredoxin  37.23 
 
 
318 aa  139  5e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  32.77 
 
 
286 aa  139  5e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0198  thioredoxin  32.08 
 
 
326 aa  139  6e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  31.85 
 
 
287 aa  139  6e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  34.42 
 
 
302 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0364  thioredoxin domain-containing protein  35.77 
 
 
312 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.10184e-05 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4628  thioredoxin  33.12 
 
 
341 aa  137  3e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  34.22 
 
 
286 aa  136  6e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  34.13 
 
 
289 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  3.84652e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  32.42 
 
 
290 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1276  thioredoxin domain protein  34.64 
 
 
337 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  32.43 
 
 
289 aa  132  1e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  31.08 
 
 
290 aa  131  2e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  32.77 
 
 
290 aa  131  2e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5094  thioredoxin  32.58 
 
 
306 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  30 
 
 
290 aa  129  7e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3864  thioredoxin domain-containing protein  30.79 
 
 
295 aa  128  1e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  29.25 
 
 
285 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  30.64 
 
 
269 aa  127  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  1.41662e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3232  thioredoxin domain-containing protein  35.17 
 
 
285 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.941804  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  32.42 
 
 
289 aa  126  4e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0664  Thioredoxin domain protein  35.35 
 
 
282 aa  125  8e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  3.62321e-07  hitchhiker  2.55831e-06 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28500  thioredoxin  31.37 
 
 
299 aa  120  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.173246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  30.27 
 
 
286 aa  120  4e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0675  thioredoxin domain-containing protein  31.97 
 
 
297 aa  119  9e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.357396  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>