More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0053 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0082  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  69.17 
 
 
837 aa  1167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0382  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  73.22 
 
 
843 aa  1257  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0045  histidine kinase  89.86 
 
 
838 aa  1535  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.327934 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4896  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.35 
 
 
842 aa  678  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0742  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.86 
 
 
862 aa  665  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0053  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
838 aa  1687  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.2 
 
 
830 aa  717  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0705844  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0624  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  70.48 
 
 
837 aa  1173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0348163  normal  0.542065 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4432  ATPase domain-containing protein  47.76 
 
 
846 aa  676  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.645763 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0588  histidine kinase  44.98 
 
 
903 aa  662  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.95 
 
 
857 aa  677  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485802  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0207  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  71.07 
 
 
837 aa  1196  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.749864  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0667  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.3 
 
 
859 aa  656  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370657 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0500  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.89 
 
 
830 aa  708  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.919247  hitchhiker  0.00131243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0085  putative sensor histidine kinase  70.41 
 
 
835 aa  1161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.376568 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3577  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.29 
 
 
843 aa  605  1e-172  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3246  histidine kinase  40.82 
 
 
826 aa  583  1e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0821  histidine kinase  41.45 
 
 
858 aa  580  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2016  putative sensory box histidine kinase  41.89 
 
 
837 aa  577  1e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.377194  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2099  sensory box histidine kinase, putative  41.89 
 
 
859 aa  577  1e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.320612  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0118  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.55 
 
 
861 aa  570  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.235165  normal  0.571653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4290  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.31 
 
 
861 aa  571  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.731111  normal  0.889005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3296  histidine kinase  48.75 
 
 
837 aa  566  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.584314 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3963  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.92 
 
 
861 aa  563  1e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0050  two component sensor kinase  36.95 
 
 
911 aa  555  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1354  sensor histidine kinase  33.12 
 
 
824 aa  456  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.53 
 
 
829 aa  433  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.572947 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3443  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
801 aa  372  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.92 
 
 
770 aa  342  1e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.97 
 
 
782 aa  328  3e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0262543  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2675  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 
798 aa  324  5e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0162  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 
787 aa  294  4e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.842242  normal  0.67921 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2119  multisensor signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 
582 aa  161  5e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.13 
 
 
646 aa  160  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.119288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2018  ATP-binding region, ATPase-like  30.24 
 
 
771 aa  157  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88254  normal  0.468508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3094  two-component sensor histidine kinase  28.99 
 
 
774 aa  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2725  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 
568 aa  155  3e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1626  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 
770 aa  155  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.255804  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 
778 aa  155  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3009  histidine kinase  35.83 
 
 
603 aa  155  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
769 aa  154  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3284  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 
856 aa  154  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0250894  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 
617 aa  153  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.422617  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
969 aa  153  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
885 aa  152  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.193403  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2944  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.95 
 
 
573 aa  150  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1586  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
442 aa  150  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1611  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
442 aa  150  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0007  sensory box histidine kinase  28.53 
 
 
762 aa  150  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1100  PAS  32.97 
 
 
576 aa  150  1e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897667  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0839  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.02 
 
 
1207 aa  149  2e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0950  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 
911 aa  149  2e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.666627 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
614 aa  149  3e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.899415  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1031  histidine kinase  30.51 
 
 
617 aa  149  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0905  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
774 aa  148  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.226148  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1547  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
613 aa  147  6e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.77 
 
 
1350 aa  147  7e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.29 
 
 
928 aa  147  7e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.467526 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3436  histidine kinase  29.05 
 
 
771 aa  147  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.416045  normal  0.0284383 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.53 
 
 
1007 aa  146  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1449  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.41 
 
 
775 aa  146  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00109411  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0047  histidine kinase  36.03 
 
 
508 aa  146  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0559  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.22 
 
 
704 aa  146  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0072  histidine kinase  36.25 
 
 
810 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.45 
 
 
1193 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.45 
 
 
1193 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1645  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
906 aa  144  6e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.884619  normal  0.02986 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0054  histidine kinase  41.62 
 
 
215 aa  144  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.666913 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0008  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
758 aa  144  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.99 
 
 
920 aa  144  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03428  PAS signal transduction protein  29.46 
 
 
962 aa  144  1e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1847  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 
775 aa  143  1e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0491237  normal  0.422245 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0639  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
456 aa  143  1e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3007  two component system histidine kinase  34.11 
 
 
729 aa  143  1e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0422303  hitchhiker  0.00299589 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0438  putative non-motile and phage-resistance protein  32 
 
 
773 aa  143  1e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2788  histidine kinase  32.4 
 
 
576 aa  143  1e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5476  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 
782 aa  142  2e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  31.8 
 
 
1046 aa  142  2e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.63 
 
 
973 aa  142  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0831  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.21 
 
 
957 aa  142  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2430  histidine kinase  35.91 
 
 
629 aa  142  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.73405  normal  0.136698 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0956  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
600 aa  141  4e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
1069 aa  141  4e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2061  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.33 
 
 
738 aa  141  5e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0204  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 
687 aa  141  5e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.478023 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0819  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 
844 aa  141  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0848  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 
844 aa  141  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 
1316 aa  141  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.1 
 
 
940 aa  140  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3996  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 
1159 aa  140  8e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.374046  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.15 
 
 
1369 aa  140  8e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 
605 aa  140  8e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0997338  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0191  histidine kinase  35.02 
 
 
666 aa  140  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 
764 aa  140  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0862951 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2841  hypothetical protein  27.32 
 
 
516 aa  140  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5390  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 
1195 aa  140  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.596605  hitchhiker  0.00757911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.69 
 
 
995 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2621  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 
610 aa  139  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272408  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1571  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 
592 aa  139  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  1.1549e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
763 aa  139  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.172925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>