More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3999 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
452 aa  921  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  56.49 
 
 
455 aa  498  1e-140  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  56.49 
 
 
455 aa  498  1e-140  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  55.81 
 
 
455 aa  495  1e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  48.79 
 
 
468 aa  415  1e-115  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  47.22 
 
 
447 aa  414  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  47.1 
 
 
450 aa  395  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  46.99 
 
 
478 aa  394  1e-108  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  43.98 
 
 
436 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  42.99 
 
 
447 aa  382  1e-105  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 
436 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  45.26 
 
 
436 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  42.82 
 
 
437 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  44.64 
 
 
440 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  44.39 
 
 
440 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  2.41977e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  43.29 
 
 
436 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  44.36 
 
 
441 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  42.82 
 
 
437 aa  363  3e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  43.9 
 
 
435 aa  363  5e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  42.59 
 
 
439 aa  362  6e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  42.79 
 
 
436 aa  362  8e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  44.56 
 
 
442 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  44.56 
 
 
442 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  44.56 
 
 
442 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  44.56 
 
 
442 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  44.56 
 
 
442 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  44.56 
 
 
442 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  44.56 
 
 
442 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  44.58 
 
 
438 aa  362  9e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  43.8 
 
 
440 aa  361  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  43.91 
 
 
441 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  43.22 
 
 
440 aa  360  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  43.54 
 
 
441 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  43.54 
 
 
441 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  43.54 
 
 
441 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  44.33 
 
 
438 aa  359  5e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  43.51 
 
 
441 aa  359  6e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  43.8 
 
 
441 aa  359  7e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  43.8 
 
 
441 aa  359  7e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  44.02 
 
 
441 aa  358  8e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  43.51 
 
 
447 aa  358  2e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  41.23 
 
 
435 aa  356  4e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  40.94 
 
 
435 aa  353  3e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  43.31 
 
 
436 aa  352  8e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  42.63 
 
 
435 aa  350  3e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 
439 aa  348  9e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  42.34 
 
 
436 aa  348  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  42.34 
 
 
436 aa  346  4e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 
443 aa  346  4e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3415  extracellular solute-binding protein  39.55 
 
 
438 aa  344  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.136491  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  40.48 
 
 
437 aa  343  3e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  41.59 
 
 
436 aa  340  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  42.68 
 
 
436 aa  340  3e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  40.57 
 
 
435 aa  340  3e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  41.84 
 
 
434 aa  340  4e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  42.61 
 
 
436 aa  340  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  43.17 
 
 
434 aa  339  7e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 
436 aa  339  7e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  38.94 
 
 
440 aa  338  9e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  41.81 
 
 
443 aa  338  9e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  39.3 
 
 
440 aa  338  2e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  42.22 
 
 
435 aa  337  4e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  39.82 
 
 
453 aa  336  4e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  40.97 
 
 
436 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  41.83 
 
 
454 aa  335  1e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34420  putative binding protein component of ABC maltose/mannitol transporter  41.77 
 
 
436 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000870468  normal  0.425479 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2925  putative maltose/mannitol ABC transporter binding protein subunit  41.67 
 
 
436 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.732093  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  41.16 
 
 
438 aa  331  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 
439 aa  324  2e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  40.51 
 
 
439 aa  316  5e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.34 
 
 
675 aa  173  6e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  31.23 
 
 
428 aa  167  3e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  30.57 
 
 
422 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  30.57 
 
 
422 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 
422 aa  152  9e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  27.36 
 
 
439 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  25.89 
 
 
431 aa  116  8e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  27.35 
 
 
439 aa  116  8e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
412 aa  116  9e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.04 
 
 
496 aa  116  1e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 
419 aa  116  1e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.87 
 
 
399 aa  114  2e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.61 
 
 
426 aa  114  2e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.61 
 
 
426 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.61 
 
 
426 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.61 
 
 
426 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  26.61 
 
 
426 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.61 
 
 
426 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 
446 aa  114  4e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 
470 aa  112  1e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
439 aa  112  1e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
439 aa  112  1e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
412 aa  112  2e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.96 
 
 
423 aa  111  2e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  27.37 
 
 
429 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 
441 aa  111  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
444 aa  110  4e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 
432 aa  110  4e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.15 
 
 
421 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
444 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>