More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA2366 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  100 
 
 
223 aa  454  1e-127  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  71.75 
 
 
223 aa  336  1.9999999999999998e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  67.12 
 
 
261 aa  325  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0427  30S ribosomal protein S3  74.04 
 
 
232 aa  320  8e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159032  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  66.06 
 
 
256 aa  320  9.999999999999999e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  71.77 
 
 
226 aa  320  9.999999999999999e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  69.47 
 
 
226 aa  319  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  64.91 
 
 
236 aa  319  3e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  68.75 
 
 
286 aa  318  3.9999999999999996e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  68.28 
 
 
228 aa  318  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  68.28 
 
 
228 aa  318  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  69.86 
 
 
228 aa  317  6e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  72.99 
 
 
224 aa  317  7e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  70.33 
 
 
244 aa  317  1e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  67.4 
 
 
228 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  67.4 
 
 
228 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  67.4 
 
 
228 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  72.12 
 
 
228 aa  315  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0852  30S ribosomal protein S3  70.81 
 
 
228 aa  316  2e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  67.4 
 
 
228 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  69.52 
 
 
227 aa  314  7e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  69.52 
 
 
227 aa  314  7e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  66.96 
 
 
228 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  66.96 
 
 
228 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  66.96 
 
 
228 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  68.9 
 
 
244 aa  311  5.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  69.23 
 
 
226 aa  310  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  68.25 
 
 
228 aa  309  2e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  69.81 
 
 
228 aa  308  5e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0725  30S ribosomal protein S3  71.63 
 
 
227 aa  307  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000305587  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  66.83 
 
 
308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  67.31 
 
 
224 aa  303  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
229 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
229 aa  302  2.0000000000000002e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  66.99 
 
 
299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
295 aa  302  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
229 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 
264 aa  301  5.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  64.38 
 
 
229 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 
264 aa  301  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 
262 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  66.5 
 
 
285 aa  301  6.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  64.9 
 
 
275 aa  301  8.000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 
265 aa  300  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  69.86 
 
 
220 aa  300  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
290 aa  300  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3173  30S ribosomal protein S3  63.18 
 
 
264 aa  299  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000329373  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
301 aa  299  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  69.86 
 
 
228 aa  300  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1270  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
294 aa  299  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00251085  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  61.26 
 
 
234 aa  299  3e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
298 aa  298  4e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
293 aa  298  5e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  62.11 
 
 
232 aa  298  6e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
268 aa  297  9e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  63.93 
 
 
230 aa  297  9e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  296  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  65.87 
 
 
231 aa  296  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
288 aa  296  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
288 aa  296  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
230 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  63.46 
 
 
271 aa  296  2e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
230 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  296  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
230 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
230 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
233 aa  296  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
229 aa  296  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3163  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  295  3e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161585  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3798  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  295  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  63.93 
 
 
230 aa  295  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3484  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  295  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00131963  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2626  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  295  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0741143  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1930  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  295  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000560778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  295  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3740  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 
266 aa  295  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3062  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 
266 aa  295  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000122398  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
232 aa  295  3e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
232 aa  295  3e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
232 aa  295  3e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  63.93 
 
 
230 aa  295  3e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  63.93 
 
 
230 aa  295  3e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  63.93 
 
 
230 aa  295  3e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  64.84 
 
 
230 aa  295  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
233 aa  295  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>