232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03577 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03577  RNA-binding protein  100 
 
 
154 aa  316  6e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000014599  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  49.31 
 
 
151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  57.65 
 
 
160 aa  110  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  45.07 
 
 
154 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  45.07 
 
 
154 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  45.07 
 
 
154 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  45.07 
 
 
154 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  50.89 
 
 
149 aa  104  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  40.88 
 
 
152 aa  103  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  39.86 
 
 
160 aa  103  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  40.74 
 
 
161 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  44.44 
 
 
152 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  43.36 
 
 
155 aa  102  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  42.66 
 
 
156 aa  102  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  42.55 
 
 
153 aa  100  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  40.43 
 
 
154 aa  98.6  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00255  RNA binding protein  39.58 
 
 
226 aa  99  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  39.16 
 
 
154 aa  98.6  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  39.16 
 
 
154 aa  98.6  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  42.55 
 
 
147 aa  98.2  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  39.16 
 
 
154 aa  98.6  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  44.92 
 
 
151 aa  97.4  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  49.48 
 
 
151 aa  97.1  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
89 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
88 aa  72  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
88 aa  70.5  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  38.75 
 
 
90 aa  70.5  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  36.25 
 
 
87 aa  70.1  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 
88 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
86 aa  68.2  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
88 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
101 aa  67.4  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  40.79 
 
 
90 aa  67  0.00000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 
87 aa  67  0.00000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  35.06 
 
 
103 aa  66.2  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  41.1 
 
 
88 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  38.46 
 
 
89 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  38.75 
 
 
81 aa  65.5  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  37.66 
 
 
87 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
94 aa  64.3  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  40.26 
 
 
82 aa  63.9  0.0000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
96 aa  63.9  0.0000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  36.71 
 
 
88 aa  63.5  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  36.25 
 
 
83 aa  63.5  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  37.18 
 
 
88 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
92 aa  62.4  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1009  glycine-rich RNA binding protein  37.97 
 
 
128 aa  62.4  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000973374  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
90 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1139  RNA binding protein  37.97 
 
 
129 aa  62  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00000522116  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
90 aa  61.6  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  35.62 
 
 
99 aa  61.2  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
176 aa  61.2  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
82 aa  61.6  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
146 aa  61.2  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  36.99 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  36.71 
 
 
89 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  40.79 
 
 
104 aa  60.1  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4264  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 
155 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  37.66 
 
 
90 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
90 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  39.47 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4324  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 
155 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000014654  normal  0.0291528 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  37.18 
 
 
85 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
157 aa  59.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  35.44 
 
 
143 aa  58.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  36.84 
 
 
176 aa  59.7  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
110 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
137 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  38.16 
 
 
121 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  35.62 
 
 
90 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
89 aa  58.5  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  38.16 
 
 
121 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  36.84 
 
 
112 aa  57.8  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  35.06 
 
 
85 aa  57.8  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0321  hypothetical protein  36.71 
 
 
91 aa  57.4  0.00000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
155 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
150 aa  57.4  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
149 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
148 aa  57.4  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  35.06 
 
 
90 aa  57.4  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05560  ribosomal large subunit biogenesis-related protein, putative  39.76 
 
 
479 aa  57.4  0.00000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  37.97 
 
 
86 aa  57.4  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  35.9 
 
 
116 aa  57.4  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
152 aa  57.4  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
175 aa  57.4  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3437  RNP-1 like RNA-binding protein  36.47 
 
 
158 aa  57  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369251 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  34.21 
 
 
95 aa  57  0.00000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  35.53 
 
 
95 aa  57  0.00000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  35.44 
 
 
108 aa  57  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  35.44 
 
 
101 aa  56.6  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
181 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  34.21 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  35.53 
 
 
151 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  36.84 
 
 
123 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
132 aa  56.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  35.53 
 
 
162 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  34.21 
 
 
104 aa  55.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  35.44 
 
 
103 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_710  predicted protein  35.79 
 
 
874 aa  55.1  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000103935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>