224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0409 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  688    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  80.37 
 
 		 333 aa  538  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  73.4 
 
 		 318 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  69.18 
 
 		 339 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  69.18 
 
 		 339 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  69.18 
 
 		 339 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  69.18 
 
 		 339 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  69.18 
 
 		 339 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  69.18 
 
 		 339 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  69.18 
 
 		 339 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  64.72 
 
 		 326 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  60.73 
 
 		 337 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 310 aa  413  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  62.9 
 
 		 363 aa  408  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  53.85 
 
 		 323 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 323 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  53.85 
 
 		 319 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0087  transcriptional regulator  52.41 
 
 		 326 aa  340  2.9999999999999998e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.284033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0563  SorC family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 331 aa  337  9.999999999999999e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0753  transcriptional regulator, DeoR family  53.25 
 
 		 332 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000492  transcriptional regulator  53.57 
 
 		 333 aa  336  3.9999999999999995e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0989  transcriptional regulator, DeoR family  53.57 
 
 		 321 aa  335  5e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  52.41 
 
 		 320 aa  334  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0455  HTH-type transcriptional regulator  50.15 
 
 		 326 aa  334  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06255  deoxyribonucleoside regulator/dihydroxyacetone kinase  52.6 
 
 		 333 aa  331  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  29.93 
 
 		 321 aa  159  6e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  34.7 
 
 		 323 aa  153  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1160  citrate lyase regulator, putative  27.85 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152534  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  24.76 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  29.77 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5157  transcriptional regulator, DeoR family  29.19 
 
 		 334 aa  126  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3075  DeoR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 335 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3725  transcriptional regulator, DeoR family  26.51 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000852212  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  27.94 
 
 		 319 aa  123  5e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 342 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3606  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  30.07 
 
 		 338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  29.11 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  29.64 
 
 		 694 aa  119  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4524  sorbitol operon regulator SorC  29.41 
 
 		 315 aa  119  7.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4482  sorbitol operon regulator SorC  29.41 
 
 		 315 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.543234 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  29.7 
 
 		 694 aa  119  9e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  30.16 
 
 		 320 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  25.08 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5499  sorbitol operon regulator SorC  29.08 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  30.34 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3825  Glycerone kinase  32.79 
 
 		 695 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0322545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  28.9 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  28.57 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  29.32 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03820  transcriptional regulator with sigma factor-related N-terminal domain  31.74 
 
 		 318 aa  112  6e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 339 aa  112  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2790  DeoR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2834  DeoR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2817  DeoR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0275474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  30.7 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 312 aa  110  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  27.8 
 
 		 317 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  30.16 
 
 		 700 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2827  hypothetical protein  66.25 
 
 		 80 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00024785  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  29.08 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  27.5 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1069  transcriptional regulator, DeoR family  24.28 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000512012  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  27.5 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  27.5 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  27.5 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  27.55 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  27.55 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  27.55 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  27.55 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  26.58 
 
 		 311 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3705  transcriptional regulator, DeoR family  25.71 
 
 		 328 aa  105  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1071  transcriptional regulator, DeoR family  23.15 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0743327  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  27.24 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  27.19 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2702  DeoR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>