46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2827 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2827  hypothetical protein  100 
 
 		 80 aa  160  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00024785  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  98.73 
 
 		 337 aa  157  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  84.21 
 
 		 310 aa  128  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  76.62 
 
 		 326 aa  122  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 363 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  66.25 
 
 		 339 aa  108  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  66.23 
 
 		 339 aa  103  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  66.23 
 
 		 339 aa  103  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  66.23 
 
 		 339 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  66.23 
 
 		 339 aa  103  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  66.23 
 
 		 339 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  66.23 
 
 		 339 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  66.23 
 
 		 339 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  64.94 
 
 		 333 aa  103  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 318 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  59.72 
 
 		 323 aa  88.6  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 323 aa  88.6  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  59.72 
 
 		 319 aa  88.2  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0753  transcriptional regulator, DeoR family  54.17 
 
 		 332 aa  84.3  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0989  transcriptional regulator, DeoR family  54.17 
 
 		 321 aa  84  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  52 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000492  transcriptional regulator  54.05 
 
 		 333 aa  82  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06255  deoxyribonucleoside regulator/dihydroxyacetone kinase  54.05 
 
 		 333 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0563  SorC family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 331 aa  77.8  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0455  HTH-type transcriptional regulator  48.05 
 
 		 326 aa  75.1  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0087  transcriptional regulator  50 
 
 		 326 aa  73.9  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.284033  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  39.73 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03820  transcriptional regulator with sigma factor-related N-terminal domain  44.12 
 
 		 318 aa  52.4  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  38.81 
 
 		 316 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3825  Glycerone kinase  36.99 
 
 		 695 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0322545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  39.73 
 
 		 694 aa  48.1  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 316 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  37.31 
 
 		 316 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  37.84 
 
 		 694 aa  46.2  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  38.24 
 
 		 317 aa  45.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3997  transcriptional regulator, DeoR family  36.99 
 
 		 312 aa  44.3  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.150923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  31.51 
 
 		 319 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  35.62 
 
 		 700 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  37.33 
 
 		 319 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  37.33 
 
 		 319 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  37.33 
 
 		 319 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  37.33 
 
 		 319 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  36 
 
 		 319 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3537  DeoR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 323 aa  41.6  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.165471 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5338  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 313 aa  40.8  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2797  transcriptional regulator, DeoR family  29.85 
 
 		 315 aa  40  0.01  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>