More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0096 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  100 
 
 		 251 aa  513  1e-144  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0675  RNase HI  42.8 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00564267  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  41.45 
 
 		 149 aa  92.8  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  46.55 
 
 		 149 aa  88.6  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  30.57 
 
 		 236 aa  88.2  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  35.44 
 
 		 148 aa  85.5  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  36.77 
 
 		 153 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  27.5 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06470  RNase HI  38.06 
 
 		 150 aa  83.6  0.000000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0800016  normal  0.300256 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  35.67 
 
 		 161 aa  83.2  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  36.55 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  36.55 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  43.12 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  40 
 
 		 147 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  38.71 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  38.06 
 
 		 148 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  38.06 
 
 		 147 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  38.06 
 
 		 148 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  38.06 
 
 		 148 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  38.06 
 
 		 148 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  38.06 
 
 		 146 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  38.06 
 
 		 148 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  38.06 
 
 		 148 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  38.06 
 
 		 147 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  38.06 
 
 		 147 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  36.77 
 
 		 147 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  35.26 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  36.24 
 
 		 158 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  38.24 
 
 		 527 aa  79.7  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  41.38 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  41.03 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  39.19 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  36.77 
 
 		 147 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  36.77 
 
 		 147 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  34.81 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  30.7 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  34 
 
 		 156 aa  79  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  37.12 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  37.12 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  33.33 
 
 		 154 aa  78.6  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  37.12 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  35.17 
 
 		 225 aa  78.6  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  41.59 
 
 		 160 aa  78.6  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2729  ribonuclease H  34.52 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  36.42 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  34.84 
 
 		 150 aa  78.6  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  35.76 
 
 		 148 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  28.78 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  34.62 
 
 		 160 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  37.91 
 
 		 155 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  40.52 
 
 		 149 aa  77.4  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  34.72 
 
 		 157 aa  77.4  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  34.39 
 
 		 146 aa  77.4  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1484  ribonuclease H  58.73 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000443868  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  33.47 
 
 		 251 aa  77  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  34.62 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  31.98 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  33.97 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  32.74 
 
 		 170 aa  76.6  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  37.12 
 
 		 150 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  36.91 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  36.91 
 
 		 152 aa  75.9  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  36.91 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  33.13 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  37.24 
 
 		 147 aa  75.9  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  32.64 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  36.24 
 
 		 155 aa  75.9  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  32.69 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  35.9 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154889  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  36.77 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  40 
 
 		 149 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.6 
 
 		 532 aa  75.5  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  43.1 
 
 		 149 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0896  Ribonuclease H  35.11 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.317285 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  35.57 
 
 		 155 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  35.57 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  35.57 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  35.57 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  35.57 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  39.33 
 
 		 148 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  37.01 
 
 		 154 aa  73.9  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  39.01 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  35.9 
 
 		 153 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0246  ribonuclease H  42.31 
 
 		 149 aa  74.3  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  34.67 
 
 		 154 aa  73.9  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  35.57 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  44.04 
 
 		 157 aa  73.9  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  35.57 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  34.52 
 
 		 163 aa  73.9  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  35.57 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  35.57 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  35.85 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  38.71 
 
 		 154 aa  73.6  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  38.71 
 
 		 154 aa  73.6  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  35.44 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  35.17 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  43.64 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27831  ribonuclease HI  35.54 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  39.38 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  27.38 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>