More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4024 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  469  1.0000000000000001e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  63.79 
 
 
247 aa  286  2.9999999999999996e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.81 
 
 
260 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.81 
 
 
260 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.81 
 
 
260 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.1 
 
 
249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.25 
 
 
247 aa  267  8.999999999999999e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  62.7 
 
 
249 aa  264  8.999999999999999e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.66 
 
 
252 aa  260  2e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.55 
 
 
246 aa  250  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
256 aa  237  1e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
249 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  53.63 
 
 
255 aa  191  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
251 aa  183  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  43.67 
 
 
251 aa  175  7e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
256 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
256 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
256 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 
254 aa  156  3e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
260 aa  146  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
260 aa  146  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
253 aa  142  7e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
254 aa  135  7.000000000000001e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  36.93 
 
 
244 aa  132  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  31.67 
 
 
243 aa  125  6e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  31.67 
 
 
243 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  34.71 
 
 
246 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  34.71 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  32.92 
 
 
245 aa  118  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  35.48 
 
 
247 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
245 aa  115  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  37.21 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  32.37 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  41.74 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  29.58 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  34.21 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 
243 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 
246 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  28.05 
 
 
240 aa  100  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
255 aa  90.5  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
254 aa  88.6  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
247 aa  88.6  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
248 aa  85.5  7e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.94 
 
 
249 aa  79.7  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.94 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
249 aa  78.2  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  21.99 
 
 
244 aa  77.4  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.29 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.39 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.15 
 
 
241 aa  71.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
254 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.65 
 
 
245 aa  69.7  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23650  Acetoacetl-CoA reductase in PHB biosynthesis  25.11 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2486  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.97 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.38654  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2625  acetoacetyl-CoA reductase  27.62 
 
 
248 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
257 aa  67.8  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.02 
 
 
245 aa  67.8  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.32 
 
 
247 aa  67.8  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0695  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.94 
 
 
247 aa  66.2  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.825403  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11068  oxidoreductase  31.69 
 
 
301 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.205536 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.25 
 
 
260 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.65 
 
 
258 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
243 aa  63.5  0.000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.809428  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.44 
 
 
249 aa  63.9  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.87 
 
 
238 aa  63.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.8 
 
 
266 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
263 aa  62.8  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5119  acetoacetyl-CoA reductase  26.42 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.28454  normal  0.417051 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3470  acetoacetyl-CoA reductase  26.03 
 
 
242 aa  62  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.887481  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3668  acetoacetyl-CoA reductase  26.03 
 
 
242 aa  62  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.814536  normal  0.461474 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl172  dehydrogenase  26.24 
 
 
279 aa  61.2  0.00000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  25 
 
 
240 aa  61.6  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2205  acetoacetyl-CoA reductase  27.23 
 
 
248 aa  61.2  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000734439  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2596  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.73 
 
 
287 aa  61.6  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.7335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3778  acetoacetyl-CoA reductase  26.03 
 
 
242 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576302  normal  0.884276 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  26.37 
 
 
252 aa  61.6  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
278 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 
256 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.4 
 
 
266 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.4 
 
 
266 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2479  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.45 
 
 
245 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.200677  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  23.86 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.31 
 
 
271 aa  60.5  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  23.29 
 
 
249 aa  60.1  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.52 
 
 
272 aa  59.7  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.35 
 
 
248 aa  59.7  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.36 
 
 
230 aa  59.3  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
257 aa  59.3  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.18 
 
 
453 aa  59.3  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0965577  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2347  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.11 
 
 
244 aa  58.9  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1422  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.49 
 
 
253 aa  58.5  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182902  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3602  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25 
 
 
245 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0780439  normal  0.144025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>