More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3104 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  91.27 
 
 
355 aa  674  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  100 
 
 
355 aa  725  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  79.72 
 
 
355 aa  611  1e-174  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4061  peptide chain release factor 1  82.54 
 
 
355 aa  598  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.677357  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2647  peptide chain release factor 1  81.87 
 
 
354 aa  597  1e-169  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00109947  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3709  peptide chain release factor 1  78.65 
 
 
359 aa  582  1e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.231674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3804  peptide chain release factor 1  78.65 
 
 
359 aa  583  1e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  70.82 
 
 
356 aa  531  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0451  peptide chain release factor 1  61.34 
 
 
357 aa  462  1e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2176  peptide chain release factor 1  58.36 
 
 
360 aa  460  1e-128  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  3.28118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2466  peptide chain release factor 1  58.36 
 
 
360 aa  460  1e-128  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  7.99175e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2299  peptide chain release factor 1  62.71 
 
 
356 aa  454  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  60 
 
 
360 aa  454  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3522  peptide chain release factor 1  59.44 
 
 
360 aa  451  1e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217548  normal  0.148888 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  60 
 
 
360 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0436  peptide chain release factor 1  59.15 
 
 
360 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  60 
 
 
360 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  60 
 
 
360 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0414  peptide chain release factor 1  60.4 
 
 
360 aa  446  1e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.592527  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  59.89 
 
 
360 aa  446  1e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0440  peptide chain release factor 1  60.4 
 
 
360 aa  446  1e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.518401 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  59.04 
 
 
360 aa  445  1e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  58.64 
 
 
363 aa  447  1e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1424  peptide chain release factor 1  61.58 
 
 
360 aa  443  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.997988  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  59.04 
 
 
360 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2888  peptide chain release factor 1  58.87 
 
 
360 aa  442  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.362694 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0472  peptide chain release factor 1  56.86 
 
 
356 aa  444  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.57905e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3170  peptide chain release factor 1  57.79 
 
 
356 aa  443  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000384415  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1713  peptide chain release factor 1  56.82 
 
 
355 aa  441  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0456393  normal  0.957916 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0821  peptide chain release factor 1  58.19 
 
 
357 aa  441  1e-123  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.16719  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3597  peptide chain release factor 1  58.87 
 
 
360 aa  441  1e-122  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1051  peptide chain release factor 1  61.08 
 
 
360 aa  439  1e-122  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0598725  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4472  peptide chain release factor 1  56.58 
 
 
359 aa  437  1e-121  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3146  peptide chain release factor 1  57.58 
 
 
360 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0205917 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0255  peptide chain release factor 1  56.41 
 
 
359 aa  434  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018292  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  58.62 
 
 
363 aa  433  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2593  peptide chain release factor 1  59.83 
 
 
360 aa  432  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  3.61971e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  58.36 
 
 
360 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2901  peptide chain release factor 1  56.46 
 
 
360 aa  431  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 
360 aa  431  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  56.82 
 
 
355 aa  432  1e-120  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2930  peptide chain release factor 1  57.75 
 
 
360 aa  434  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3614  peptide chain release factor 1  57.75 
 
 
360 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528922  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1444  peptide chain release factor 1  61.69 
 
 
357 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3603  peptide chain release factor 1  57.75 
 
 
360 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3590  peptide chain release factor 1  57.75 
 
 
360 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.637465  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0136  peptide chain release factor 1  58.03 
 
 
359 aa  429  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.056338  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4833  peptide chain release factor 1  58.59 
 
 
355 aa  431  1e-119  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.63816e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0504  peptide chain release factor 1  57.46 
 
 
360 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0972  peptide chain release factor 1  57.46 
 
 
360 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0793395  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0676  peptide chain release factor 1  57.46 
 
 
360 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2641  peptide chain release factor 1  57.63 
 
 
358 aa  429  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 
360 aa  428  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1943  peptide chain release factor 1  57.46 
 
 
360 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2083  peptide chain release factor 1  57.75 
 
 
356 aa  431  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  9.63425e-09  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2798  peptide chain release factor 1  56.7 
 
 
360 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1060  peptide chain release factor 1  57.51 
 
 
360 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2397  peptide chain release factor 1  56.53 
 
 
355 aa  424  1e-118  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  7.06535e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0761  peptide chain release factor 1  57.22 
 
 
360 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.169079  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61700  peptide chain release factor 1  59.21 
 
 
360 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02573  peptide chain release factor 1  58.86 
 
 
361 aa  425  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0263327  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  56.41 
 
 
361 aa  425  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3685  peptide chain release factor 1  57.3 
 
 
361 aa  426  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369473  normal  0.712251 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  56.41 
 
 
361 aa  425  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.99484e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0733  peptide chain release factor 1  56.94 
 
 
360 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0774  peptide chain release factor 1  56.94 
 
 
360 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2984  peptide chain release factor 1  58.47 
 
 
357 aa  424  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0950  peptide chain release factor 1  56.9 
 
 
360 aa  421  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.568062  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1856  peptide chain release factor 1  56.98 
 
 
361 aa  421  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227654  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  57.02 
 
 
360 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  55.46 
 
 
362 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2791  peptide chain release factor 1  55.84 
 
 
353 aa  420  1e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1109  peptide chain release factor 1  56.74 
 
 
360 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  55.46 
 
 
362 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2397  peptide chain release factor 1  54.83 
 
 
356 aa  418  1e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.456174 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0148  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 
359 aa  419  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.570569  normal  0.18601 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3459  peptide chain release factor 1  54.78 
 
 
361 aa  415  1e-115  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.439809  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6577  peptide chain release factor 1  56.02 
 
 
363 aa  416  1e-115  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.940895 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2623  peptide chain release factor 1  59.54 
 
 
360 aa  414  1e-115  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.481953 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1529  peptide chain release factor 1  56.29 
 
 
361 aa  417  1e-115  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1756  peptide chain release factor 1  55.34 
 
 
362 aa  417  1e-115  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  8.01734e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3251  peptide chain release factor 1  58.99 
 
 
360 aa  416  1e-115  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.227833  normal  0.0955024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5314  peptide chain release factor 1  58.92 
 
 
360 aa  416  1e-115  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2154  peptide chain release factor 1  56.37 
 
 
355 aa  413  1e-114  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  5.09235e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2566  peptide chain release factor 1  55.31 
 
 
363 aa  413  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0384672  normal  0.342733 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5456  peptide chain release factor 1  53.26 
 
 
355 aa  411  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  1.28855e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3645  peptide chain release factor 1  55.43 
 
 
361 aa  412  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00304909  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3126  peptide chain release factor 1  56.3 
 
 
361 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000819953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2912  peptide chain release factor 1  55.18 
 
 
361 aa  413  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107492  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0790  peptide chain release factor 1  54.67 
 
 
362 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.224449  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0278  peptide chain release factor 1  57.1 
 
 
361 aa  413  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.728879  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3850  peptide chain release factor 1  53.54 
 
 
355 aa  412  1e-114  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.69919e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5572  peptide chain release factor 1  53.26 
 
 
355 aa  411  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  1.00734e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5507  peptide chain release factor 1  52.97 
 
 
358 aa  410  1e-113  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.04378e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5452  peptide chain release factor 1  52.97 
 
 
358 aa  409  1e-113  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  5.02201e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1375  peptide chain release factor 1  57.83 
 
 
360 aa  408  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.7097e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1692  peptide chain release factor 1  58.12 
 
 
360 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0012914  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01196  hypothetical protein  58.12 
 
 
360 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.26987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1931  peptide chain release factor 1  58.12 
 
 
360 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.08431e-07  normal  0.0690317 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2415  peptide chain release factor 1  58.12 
 
 
360 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00102463  hitchhiker  3.0401e-05 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>