167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1144 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1144  chemotaxis protein CheD, putative  100 
 
 		 131 aa  266  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000787559  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2419  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  71.43 
 
 		 160 aa  169  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.333698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2983  CheD, stimulates methylation of MCP protein  51.8 
 
 		 175 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2617  CheD, stimulates methylation of MCP protein  45.93 
 
 		 165 aa  121  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1596  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  43.07 
 
 		 165 aa  118  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3212  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  47.41 
 
 		 212 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1430  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  47.73 
 
 		 178 aa  106  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.166298  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0877  hypothetical protein  42.03 
 
 		 186 aa  102  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0701  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40.43 
 
 		 167 aa  95.5  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0356622  normal  0.347186 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0398  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  42.25 
 
 		 183 aa  95.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.152516 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1782  CheD  40.43 
 
 		 234 aa  90.5  7e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.544534 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0977  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.59 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0235  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.59 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.367659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3146  CheD  34.62 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1308  CheD  35.11 
 
 		 163 aa  81.6  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.950792  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1407  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.51 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.577059  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2022  CheD, stimulates methylation of MCP protein  32.35 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.78 
 
 		 157 aa  79  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0363  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.4 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.3362  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.78 
 
 		 157 aa  79  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2147  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.09 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1147  chemotaxis protein  35.94 
 
 		 170 aa  77.8  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.332567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.87 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07640  chemotaxis protein CheD  31.71 
 
 		 158 aa  78.2  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000135078  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.4 
 
 		 194 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1417  CheD  35.65 
 
 		 145 aa  77  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0653716  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0955  CheD, stimulates methylation of MCP protein  31.3 
 
 		 173 aa  75.1  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1527  hypothetical protein  33.83 
 
 		 160 aa  74.7  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101375 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3294  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.03 
 
 		 175 aa  74.7  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.370177 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  35.88 
 
 		 195 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0208  chemotaxis protein; stimulates methylation of MCP proteins  36.43 
 
 		 200 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  32.06 
 
 		 209 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2146  CheD  30 
 
 		 160 aa  73.6  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00139115  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1321  CheD, stimulates methylation of MCP protein  38.52 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.776014  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3209  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.58 
 
 		 162 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000200637 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0221  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.24 
 
 		 154 aa  72.8  0.000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0450541  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1665  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.91 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00633684  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1145  hypothetical protein  31.01 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  33.6 
 
 		 161 aa  72  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1334  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.75 
 
 		 137 aa  72  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.104931  normal  0.313636 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1007  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.86 
 
 		 157 aa  72  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000449804  normal  0.590403 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1137  CheD  30.83 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0176263  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0735  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.78 
 
 		 154 aa  72  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.466982  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.48 
 
 		 159 aa  71.6  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1986  CheD family protein  29.03 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0103025  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1421  CheD  29.77 
 
 		 160 aa  71.2  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.216006  normal  0.348077 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.85 
 
 		 201 aa  70.9  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0800  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  29.55 
 
 		 167 aa  70.9  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0621769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.82 
 
 		 234 aa  70.9  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.82 
 
 		 202 aa  70.1  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0955  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.34 
 
 		 171 aa  69.3  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.301241  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0610  hypothetical protein  28.79 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0169  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.77 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  31.06 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  31.34 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2385  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.68 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.8 
 
 		 171 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0782  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.54 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.8 
 
 		 171 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0712  CheD  32.56 
 
 		 157 aa  68.6  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  32.8 
 
 		 171 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2024  CheD  27.91 
 
 		 162 aa  68.2  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2845  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.33 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244077  normal  0.188439 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.79 
 
 		 210 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1727  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.4 
 
 		 154 aa  68.2  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.5 
 
 		 203 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  30.88 
 
 		 200 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0982  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.24 
 
 		 151 aa  67  0.00000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0493  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.01 
 
 		 161 aa  67  0.00000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.3 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0175  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.77 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.155132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.3 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.79 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.3 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.03 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0153  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.58 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.3 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1432  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.92 
 
 		 160 aa  65.1  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22580  chemotaxis protein CheD  30.3 
 
 		 168 aa  64.7  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2847  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.23 
 
 		 247 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0260  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.46 
 
 		 247 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00168623  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0242  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.23 
 
 		 247 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  26.52 
 
 		 191 aa  64.3  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3201  chemotaxis protein CheD, putative  31.82 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.945605  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2687  hypothetical protein  25.56 
 
 		 161 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0941  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  24.81 
 
 		 163 aa  63.9  0.0000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.326065  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1741  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.91 
 
 		 171 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.3 
 
 		 219 aa  63.5  0.0000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0658  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.4 
 
 		 245 aa  63.5  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0909  chemotaxis protein CheD, putative  29.5 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.29 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>