More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2812 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  65.84 
 
 		 719 aa  991    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  55.82 
 
 		 714 aa  814    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  59.24 
 
 		 768 aa  871    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  54.64 
 
 		 724 aa  719    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  75.73 
 
 		 789 aa  992    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 719 aa  1457    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  42.57 
 
 		 681 aa  472  1e-132  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  39.78 
 
 		 754 aa  447  1.0000000000000001e-124  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  38.32 
 
 		 669 aa  398  1e-109  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  38.21 
 
 		 655 aa  395  1e-108  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  36.82 
 
 		 733 aa  390  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  41.18 
 
 		 745 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  41.12 
 
 		 702 aa  383  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  38.78 
 
 		 725 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  36.35 
 
 		 742 aa  379  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  39.88 
 
 		 726 aa  379  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  39.72 
 
 		 726 aa  376  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  37.25 
 
 		 700 aa  371  1e-101  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  35.3 
 
 		 648 aa  365  2e-99  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  39.62 
 
 		 702 aa  365  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  35.3 
 
 		 648 aa  365  2e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  39.2 
 
 		 725 aa  362  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  36.53 
 
 		 668 aa  357  5.999999999999999e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  39.33 
 
 		 712 aa  355  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  38.68 
 
 		 688 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  32.86 
 
 		 769 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  37.01 
 
 		 717 aa  354  2.9999999999999997e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  37.99 
 
 		 687 aa  352  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  39.24 
 
 		 686 aa  347  5e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  37.42 
 
 		 710 aa  347  6e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.16 
 
 		 686 aa  346  8.999999999999999e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  31.87 
 
 		 749 aa  345  2e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  37.25 
 
 		 750 aa  340  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  37.42 
 
 		 720 aa  340  5e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  37.11 
 
 		 694 aa  340  8e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  32.86 
 
 		 755 aa  339  9.999999999999999e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  37.48 
 
 		 708 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  36.78 
 
 		 689 aa  338  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  35.28 
 
 		 689 aa  336  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  37.19 
 
 		 687 aa  334  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  33.91 
 
 		 723 aa  333  6e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  36.08 
 
 		 686 aa  333  6e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  32.51 
 
 		 706 aa  333  1e-89  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  35.26 
 
 		 707 aa  332  2e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  33.23 
 
 		 656 aa  331  3e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  33.78 
 
 		 723 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  37.12 
 
 		 716 aa  328  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  37.12 
 
 		 716 aa  328  3e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  36.18 
 
 		 739 aa  326  8.000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  37.19 
 
 		 745 aa  325  1e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  34.89 
 
 		 789 aa  325  2e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  36.28 
 
 		 685 aa  324  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.97 
 
 		 741 aa  324  3e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  38.12 
 
 		 676 aa  324  4e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.73 
 
 		 737 aa  323  6e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.95 
 
 		 742 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  34.31 
 
 		 728 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  33.86 
 
 		 728 aa  320  5e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  34 
 
 		 760 aa  320  5e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  34.61 
 
 		 730 aa  319  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  30.41 
 
 		 764 aa  319  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.27 
 
 		 731 aa  319  1e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2436  UvrD/REP helicase  34.66 
 
 		 778 aa  319  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0016628  normal  0.650689 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.98 
 
 		 729 aa  318  3e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  33.87 
 
 		 726 aa  317  4e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  32.63 
 
 		 765 aa  315  9.999999999999999e-85  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.29 
 
 		 755 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  33.51 
 
 		 720 aa  316  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  30.85 
 
 		 706 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.42 
 
 		 713 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  31.24 
 
 		 773 aa  315  1.9999999999999998e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  33.69 
 
 		 724 aa  315  1.9999999999999998e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  32.97 
 
 		 706 aa  314  2.9999999999999996e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.18 
 
 		 725 aa  314  2.9999999999999996e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  33.38 
 
 		 720 aa  314  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  33.38 
 
 		 720 aa  314  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  33.38 
 
 		 720 aa  314  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  33.38 
 
 		 720 aa  314  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  33.38 
 
 		 720 aa  314  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  33.38 
 
 		 720 aa  314  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  33.38 
 
 		 720 aa  314  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  33.73 
 
 		 720 aa  314  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  33.38 
 
 		 720 aa  313  4.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  33.73 
 
 		 720 aa  314  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  30.76 
 
 		 778 aa  313  4.999999999999999e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  33.73 
 
 		 720 aa  314  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  33.73 
 
 		 720 aa  314  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  34.39 
 
 		 736 aa  313  5.999999999999999e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  33.73 
 
 		 720 aa  313  5.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  33.2 
 
 		 720 aa  313  5.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  35.72 
 
 		 816 aa  313  7.999999999999999e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  33.02 
 
 		 757 aa  312  1e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  35.76 
 
 		 817 aa  312  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  32.1 
 
 		 721 aa  311  2e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.75 
 
 		 785 aa  311  2.9999999999999997e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  35.51 
 
 		 721 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  33.77 
 
 		 723 aa  310  6.999999999999999e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  35.03 
 
 		 726 aa  310  6.999999999999999e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.79 
 
 		 662 aa  310  8e-83  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.41 
 
 		 694 aa  310  9e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>