More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0974 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  77.5 
 
 
439 aa  695  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
435 aa  890  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  73.85 
 
 
435 aa  654  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  68.93 
 
 
441 aa  610  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  67.99 
 
 
436 aa  604  1e-172  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  66.44 
 
 
439 aa  604  1e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  68.91 
 
 
436 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  68.91 
 
 
436 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  68.45 
 
 
436 aa  590  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  64.91 
 
 
436 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  64.91 
 
 
436 aa  589  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  64.73 
 
 
443 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  62.39 
 
 
447 aa  565  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  60.78 
 
 
437 aa  546  1e-154  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  61.24 
 
 
437 aa  541  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  62.44 
 
 
435 aa  536  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  55.68 
 
 
436 aa  492  1e-138  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  55.94 
 
 
436 aa  493  1e-138  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  55.63 
 
 
434 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  54.76 
 
 
440 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  54.71 
 
 
439 aa  480  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  53.49 
 
 
438 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  54.71 
 
 
436 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  53.13 
 
 
440 aa  470  1e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  53.69 
 
 
440 aa  470  1e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  53.92 
 
 
437 aa  469  1e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  54.29 
 
 
436 aa  465  1e-130  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34420  putative binding protein component of ABC maltose/mannitol transporter  55.45 
 
 
436 aa  465  1e-130  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000870468  normal  0.425479 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  51.72 
 
 
438 aa  465  1e-130  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  53.76 
 
 
434 aa  464  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  54.86 
 
 
443 aa  463  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  53.61 
 
 
438 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  53 
 
 
440 aa  461  1e-128  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  2.41977e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  55.64 
 
 
439 aa  460  1e-128  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2925  putative maltose/mannitol ABC transporter binding protein subunit  54.71 
 
 
436 aa  460  1e-128  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.732093  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  51.38 
 
 
435 aa  457  1e-127  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  53.64 
 
 
440 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  51.61 
 
 
435 aa  454  1e-126  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  50.12 
 
 
447 aa  446  1e-124  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  51.15 
 
 
436 aa  447  1e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  51.94 
 
 
454 aa  446  1e-124  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  51.06 
 
 
436 aa  444  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  51.94 
 
 
442 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  51.94 
 
 
442 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  51.94 
 
 
442 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  51.94 
 
 
442 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  51.94 
 
 
442 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  51.94 
 
 
442 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  51.94 
 
 
442 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  52.67 
 
 
440 aa  439  1e-122  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  52.4 
 
 
436 aa  440  1e-122  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  52.18 
 
 
441 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  52.31 
 
 
441 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  52.18 
 
 
441 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  52.18 
 
 
441 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  52.18 
 
 
441 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  52.18 
 
 
441 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  50.98 
 
 
441 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  51.71 
 
 
441 aa  431  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  48.85 
 
 
435 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  50.45 
 
 
453 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3415  extracellular solute-binding protein  48.84 
 
 
438 aa  416  1e-115  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.136491  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  45.66 
 
 
450 aa  353  4e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  42.63 
 
 
452 aa  350  3e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  44.87 
 
 
455 aa  346  5e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  44.63 
 
 
455 aa  344  2e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  44.63 
 
 
455 aa  344  2e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  44.61 
 
 
478 aa  342  9e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  44.23 
 
 
447 aa  340  2e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  43.96 
 
 
468 aa  340  4e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  32.9 
 
 
675 aa  232  1e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  28.37 
 
 
422 aa  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  28.13 
 
 
422 aa  135  1e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 
422 aa  133  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 
428 aa  129  1e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
397 aa  117  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 
423 aa  104  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
439 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 
443 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.56 
 
 
423 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.07 
 
 
426 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
495 aa  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  27.33 
 
 
439 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
424 aa  100  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
444 aa  100  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  26.32 
 
 
426 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.32 
 
 
426 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.32 
 
 
426 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.32 
 
 
426 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.32 
 
 
426 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2566  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 
478 aa  99.8  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.13 
 
 
421 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3225  putative sugar ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  24.88 
 
 
479 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0178955  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.07 
 
 
399 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  24.95 
 
 
447 aa  97.1  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  22.69 
 
 
484 aa  97.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 
433 aa  97.1  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
412 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  28.22 
 
 
442 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
419 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>