More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0023 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0023  ribonuclease HII  100 
 
 		 206 aa  411  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0404773  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  62.93 
 
 		 212 aa  248  7e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  62.93 
 
 		 212 aa  247  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  62.44 
 
 		 229 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  59.71 
 
 		 210 aa  238  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0067  ribonuclease HII  63.9 
 
 		 212 aa  234  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  57.29 
 
 		 199 aa  216  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  56.65 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  56.35 
 
 		 210 aa  208  6e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  55.28 
 
 		 269 aa  198  6e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0936  ribonuclease HII  53.03 
 
 		 279 aa  195  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1166  ribonuclease HII  52.02 
 
 		 206 aa  184  7e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2343  ribonuclease HII  52.31 
 
 		 292 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.391883 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3221  ribonuclease HII  55.38 
 
 		 267 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  53.3 
 
 		 198 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  49.49 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  55.14 
 
 		 201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0920  ribonuclease HII  49.24 
 
 		 255 aa  180  1e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  49.24 
 
 		 229 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2598  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 258 aa  178  4e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2192  RNase HII  54.59 
 
 		 218 aa  178  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  51.32 
 
 		 207 aa  178  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  55.14 
 
 		 203 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  52.48 
 
 		 214 aa  177  7e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3007  ribonuclease HII  54.79 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.654478  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0388  ribonuclease HII  49.49 
 
 		 222 aa  176  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.49671  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  50.81 
 
 		 202 aa  173  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  54.44 
 
 		 202 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  50.81 
 
 		 202 aa  173  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1103  ribonuclease HII  46.23 
 
 		 198 aa  173  1.9999999999999998e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3209  ribonuclease HII  57.37 
 
 		 218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  51.55 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1596  Ribonuclease H  53.54 
 
 		 208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0869663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  52.02 
 
 		 202 aa  172  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0812  ribonuclease HII  47.24 
 
 		 256 aa  171  5.999999999999999e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000539552  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0451  ribonuclease HII  50 
 
 		 216 aa  171  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.286866  normal  0.12494 
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  47.18 
 
 		 217 aa  170  1e-41  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  45.41 
 
 		 277 aa  170  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0386  ribonuclease HII  53.81 
 
 		 220 aa  169  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  46.5 
 
 		 212 aa  168  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  54.59 
 
 		 208 aa  169  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  46.27 
 
 		 204 aa  168  5e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  46.73 
 
 		 268 aa  167  9e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0765  ribonuclease HII  46.97 
 
 		 253 aa  167  9e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.587559  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  48.77 
 
 		 213 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  53.51 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  51.09 
 
 		 198 aa  166  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1303  ribonuclease HII  47.83 
 
 		 255 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00555633  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0703  ribonuclease HII  51 
 
 		 258 aa  166  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.414695  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  52.17 
 
 		 197 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1328  ribonuclease HII  47.83 
 
 		 255 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.506161  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0398  ribonuclease HII  53.3 
 
 		 220 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1850  RNase HII  55.21 
 
 		 198 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  52.17 
 
 		 201 aa  165  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  53.07 
 
 		 198 aa  165  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  47 
 
 		 211 aa  165  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  51.63 
 
 		 201 aa  165  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  52.49 
 
 		 207 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  51.61 
 
 		 213 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  50.54 
 
 		 211 aa  165  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2145  ribonuclease HII  47.67 
 
 		 231 aa  164  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0734757  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4361  ribonuclease HII  52.82 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4593  normal  0.0104654 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  44.67 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07370  Ribonuclease H  46.8 
 
 		 308 aa  162  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000149287  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  51.63 
 
 		 198 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0482  ribonuclease HII  47.62 
 
 		 211 aa  163  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  52.22 
 
 		 207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0507  ribonuclease HII  53.03 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.140576  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  45.23 
 
 		 206 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  51.1 
 
 		 217 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  52.22 
 
 		 207 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0521  ribonuclease HII  54.21 
 
 		 197 aa  161  6e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  45.41 
 
 		 216 aa  161  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  52.22 
 
 		 207 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2218  ribonuclease HII  52.04 
 
 		 209 aa  161  8.000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000329039  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1012  ribonuclease HII  44.9 
 
 		 253 aa  160  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0454013  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  51.67 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0667  ribonuclease H  46.7 
 
 		 221 aa  160  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.368068  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  51.1 
 
 		 198 aa  160  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0300  ribonuclease HII  48.76 
 
 		 283 aa  159  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  44.67 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  45.5 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0173  ribonuclease HII  41.5 
 
 		 209 aa  159  3e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  50.54 
 
 		 198 aa  159  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  48.7 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  48.42 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1208  ribonuclease HII  51.52 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.621532 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  50 
 
 		 198 aa  158  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1437  ribonuclease HII  53.16 
 
 		 196 aa  158  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.480003  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  50 
 
 		 198 aa  158  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  50 
 
 		 198 aa  158  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  49.46 
 
 		 199 aa  158  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1478  ribonuclease H  44.95 
 
 		 255 aa  158  5e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  50 
 
 		 198 aa  158  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  50.54 
 
 		 198 aa  158  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  50 
 
 		 198 aa  158  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0289  ribonuclease HII  48.26 
 
 		 283 aa  158  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.267831  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6108  Ribonuclease H  51.4 
 
 		 191 aa  158  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>