More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_730 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0826  3-isopropylmalate dehydrogenase  97.26 
 
 		 365 aa  684    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_730  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 365 aa  741    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000128158  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0745  3-isopropylmalate dehydrogenase  92.6 
 
 		 365 aa  701    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000247717  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1546  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.92 
 
 		 373 aa  415  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.178342  normal  0.073036 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.79 
 
 		 371 aa  412  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1958  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.56 
 
 		 367 aa  408  1e-113  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0192  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.12 
 
 		 373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.92 
 
 		 356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.7 
 
 		 371 aa  391  1e-108  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.69 
 
 		 358 aa  391  1e-108  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4439  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.88 
 
 		 357 aa  391  1e-107  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1754  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.16 
 
 		 354 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.994905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.17 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.95 
 
 		 352 aa  385  1e-106  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.02 
 
 		 358 aa  387  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.32 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.99 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.27 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.17 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.17 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.62 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3900  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.9 
 
 		 373 aa  385  1e-106  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.527564  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.48 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.31 
 
 		 358 aa  381  1e-105  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1886  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.82 
 
 		 353 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1807  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.82 
 
 		 353 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.833313  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.89 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.65 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.62 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2070  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.27 
 
 		 353 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.89 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.62 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.91 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.19 
 
 		 357 aa  376  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  55 
 
 		 356 aa  377  1e-103  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.42 
 
 		 357 aa  374  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.93 
 
 		 365 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 357 aa  368  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.46 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.24 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.99 
 
 		 364 aa  365  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.91 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.09 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2487  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.9 
 
 		 352 aa  367  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.24 
 
 		 357 aa  368  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1260  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.25 
 
 		 357 aa  368  1e-100  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366056  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.78 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.23 
 
 		 362 aa  363  3e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.28 
 
 		 362 aa  362  7.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.95 
 
 		 359 aa  361  1e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.58 
 
 		 353 aa  361  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0588  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.56 
 
 		 358 aa  361  1e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.526273 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.76 
 
 		 360 aa  360  2e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.24 
 
 		 359 aa  360  2e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.41 
 
 		 357 aa  360  2e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.96 
 
 		 357 aa  359  4e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.28 
 
 		 354 aa  356  2.9999999999999997e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.74 
 
 		 362 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.69 
 
 		 357 aa  356  3.9999999999999996e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.44 
 
 		 357 aa  355  5e-97  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.86 
 
 		 357 aa  355  5e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.7 
 
 		 350 aa  355  6.999999999999999e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2147  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.75 
 
 		 370 aa  355  8.999999999999999e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.377914  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.3 
 
 		 355 aa  354  1e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.25 
 
 		 356 aa  354  1e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.59 
 
 		 357 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.25 
 
 		 356 aa  354  2e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.18 
 
 		 356 aa  353  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.91 
 
 		 359 aa  352  4e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.478678 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.04 
 
 		 363 aa  353  4e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.19 
 
 		 362 aa  352  5.9999999999999994e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.25 
 
 		 355 aa  352  5.9999999999999994e-96  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2222  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.73 
 
 		 362 aa  352  8e-96  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.19 
 
 		 362 aa  351  8.999999999999999e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0788  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.03 
 
 		 357 aa  351  1e-95  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0487359  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.32 
 
 		 363 aa  350  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.86 
 
 		 362 aa  350  3e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.42 
 
 		 351 aa  350  3e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.04 
 
 		 361 aa  349  3e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.04 
 
 		 361 aa  349  3e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.93 
 
 		 359 aa  348  6e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  50 
 
 		 362 aa  348  7e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.58 
 
 		 356 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1793  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.77 
 
 		 356 aa  348  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2452  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.62 
 
 		 369 aa  347  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0855456  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0890  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.14 
 
 		 370 aa  346  3e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.4 
 
 		 369 aa  347  3e-94  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2524  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.34 
 
 		 369 aa  347  3e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.714708  normal  0.231769 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0834  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.14 
 
 		 370 aa  346  3e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.653748  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2747  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.34 
 
 		 369 aa  346  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.260828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1677  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.77 
 
 		 367 aa  346  4e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.58 
 
 		 355 aa  346  5e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3744  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.86 
 
 		 360 aa  345  6e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.14 
 
 		 357 aa  345  8e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.8 
 
 		 357 aa  345  8e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.86 
 
 		 355 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.77 
 
 		 362 aa  344  2e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3890  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.68 
 
 		 354 aa  343  2e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5898  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.14 
 
 		 358 aa  343  2e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.115502  normal  0.433986 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.78 
 
 		 358 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>