More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2563 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 329 aa  671    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  45.77 
 
 		 336 aa  298  1e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0905  ApbE family lipoprotein  32.59 
 
 		 406 aa  179  4e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  29.91 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.24 
 
 		 363 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  28.7 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  29.25 
 
 		 317 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  29.87 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  29.03 
 
 		 309 aa  144  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  31.97 
 
 		 417 aa  141  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  28.53 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  30.79 
 
 		 346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  34.45 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  29.52 
 
 		 348 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  30.34 
 
 		 315 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  28.79 
 
 		 345 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  28.39 
 
 		 380 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  29.82 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  33.71 
 
 		 379 aa  136  6.0000000000000005e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  27.91 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.01 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  30.46 
 
 		 348 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1186  ApbE family lipoprotein  32.63 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0352655  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  30.86 
 
 		 371 aa  132  6e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.2 
 
 		 343 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  29.04 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  30.14 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.05 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  28.14 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  26.54 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  27.95 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  28.31 
 
 		 366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.2 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  29.35 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  28.79 
 
 		 350 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  28.74 
 
 		 342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  30.34 
 
 		 360 aa  126  7e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  32.27 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  24.77 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  31.28 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  29.18 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  31.65 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  26.48 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.21 
 
 		 351 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  28.79 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  26.22 
 
 		 354 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  26.8 
 
 		 358 aa  122  9.999999999999999e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  29.23 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  30.8 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  29.11 
 
 		 361 aa  120  3e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  30.2 
 
 		 362 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  30.45 
 
 		 339 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 		 368 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  30.43 
 
 		 365 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1117  ApbE family lipoprotein  27.74 
 
 		 350 aa  119  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  29 
 
 		 344 aa  119  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  31.68 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.51 
 
 		 361 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  28.85 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  30.3 
 
 		 370 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  31.23 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  31.76 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  27.96 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  27.27 
 
 		 279 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  31.09 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  28.1 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  28.1 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.74 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.1 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  28.1 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  29.84 
 
 		 345 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.72 
 
 		 351 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.28 
 
 		 350 aa  112  9e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.74 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.58 
 
 		 349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.74 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.72 
 
 		 351 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  26.85 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  29.69 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  25.72 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  28.83 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.9 
 
 		 343 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  28.78 
 
 		 300 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  30.45 
 
 		 338 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  27.04 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.92 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  30.48 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  28.28 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  29.96 
 
 		 275 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.87 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.92 
 
 		 350 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  27.18 
 
 		 369 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  29.22 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  25.7 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  26.06 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.47 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.92 
 
 		 350 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.92 
 
 		 350 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  30.55 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>