More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2235 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6053  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  63.47 
 
 
472 aa  644  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.137627  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2235  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  100 
 
 
473 aa  979  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.71743 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4138  GntR family transcriptional regulator  55.06 
 
 
470 aa  558  1e-158  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0881  GntR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
478 aa  340  3e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426216  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1434  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 
480 aa  338  2e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.515471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4302  GntR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
521 aa  337  3e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0573  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
470 aa  326  5e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2912  transcriptional regulator, GntR family  37.01 
 
 
485 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.784119  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1922  GntR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
470 aa  325  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4437  GntR family transcriptional regulator  39.63 
 
 
469 aa  322  9e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3314  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.73 
 
 
494 aa  315  8e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3547  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.11 
 
 
477 aa  311  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224357  normal  0.0204741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0559  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.79 
 
 
508 aa  300  3e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7471  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
449 aa  296  5e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2637  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.79 
 
 
493 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2642  GntR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
496 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2148  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
498 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1191  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.49 
 
 
489 aa  281  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419241  normal  0.290751 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0047  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.98 
 
 
482 aa  275  9e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.493151  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0059  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.81 
 
 
487 aa  274  2e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.869186  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0043  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
492 aa  273  4e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3187  transcriptional regulator  33.55 
 
 
487 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.685376  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1025  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
499 aa  266  8e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.684124 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3935  GntR family transcriptional regulator  33.26 
 
 
503 aa  261  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.558201  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4623  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.25 
 
 
489 aa  256  9e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.609617  normal  0.250213 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3373  transcriptional regulator  31.22 
 
 
484 aa  249  6e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.98747  normal  0.499869 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.33 
 
 
488 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.48 
 
 
488 aa  239  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2755  putative transcriptional regulator, GntR family  32.75 
 
 
456 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.243959 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
490 aa  222  1e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
488 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4822  GntR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
496 aa  216  9e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.364543  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
475 aa  214  2e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
490 aa  214  3e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  30.13 
 
 
489 aa  209  9e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4020  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  30.08 
 
 
499 aa  208  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.703474  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
504 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3136  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.33 
 
 
496 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3840  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.81 
 
 
499 aa  204  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  30.66 
 
 
475 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  29.23 
 
 
485 aa  202  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
492 aa  201  2e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.92 
 
 
490 aa  200  4e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  29.04 
 
 
494 aa  200  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.29 
 
 
485 aa  200  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
491 aa  199  1e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3711  transcriptional regulator  29.45 
 
 
504 aa  198  2e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0129081 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
503 aa  198  2e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
490 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
496 aa  197  5e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  30.8 
 
 
496 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.1 
 
 
465 aa  196  7e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
496 aa  196  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  33.25 
 
 
520 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  1.52055e-05  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
493 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  29.48 
 
 
517 aa  195  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  6.15538e-06  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  28.63 
 
 
509 aa  195  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  30.68 
 
 
495 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  27.56 
 
 
494 aa  194  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
494 aa  194  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  29.18 
 
 
470 aa  193  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  28.94 
 
 
508 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  2.08159e-08  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
492 aa  193  6e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
494 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
494 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2841  transcriptional regulator  28.54 
 
 
480 aa  191  3e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.171165  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3364  transcriptional regulator  27.54 
 
 
498 aa  190  5e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0621  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
547 aa  190  5e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  29.81 
 
 
497 aa  189  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2044  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
480 aa  188  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.439116  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 
520 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3886  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
477 aa  186  6e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3600  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
477 aa  186  6e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.81 
 
 
497 aa  186  9e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3499  transcriptional regulator  27.04 
 
 
477 aa  186  1e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0033434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3767  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I protein  26.82 
 
 
477 aa  185  1e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.29089e-09 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.45 
 
 
495 aa  185  2e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3511  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
477 aa  184  2e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2820  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
480 aa  185  2e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
476 aa  184  2e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0415  GntR family transcriptional regulator  27.61 
 
 
520 aa  185  2e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1992  transcriptional regulator, GntR family  26.43 
 
 
480 aa  184  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0394003  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3799  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I protein  26.61 
 
 
477 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00124231  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
509 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  7.22465e-07 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  29.17 
 
 
509 aa  184  4e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
492 aa  183  5e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
473 aa  183  5e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.29974e-15 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3074  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I protein  27.91 
 
 
480 aa  183  5e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3058  transcriptional regulator, GntR family  27.91 
 
 
480 aa  183  5e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2781  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
480 aa  183  5e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1853  transcriptional regulator  26.22 
 
 
480 aa  183  6e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.406204  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2847  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
480 aa  183  6e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3062  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
480 aa  183  6e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
492 aa  182  9e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2188  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I protein  27.91 
 
 
483 aa  182  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.84 
 
 
489 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  30.75 
 
 
501 aa  182  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.63 
 
 
472 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  28.54 
 
 
509 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3091  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I protein  27.7 
 
 
480 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0045104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>