142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0045 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  70.13 
 
 
464 aa  715  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  71 
 
 
464 aa  718  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  100 
 
 
468 aa  982  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  68.83 
 
 
464 aa  704  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  69.7 
 
 
464 aa  713  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  60.6 
 
 
461 aa  583  1e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  60.37 
 
 
461 aa  578  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  59.38 
 
 
479 aa  568  1e-161  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  56.64 
 
 
466 aa  570  1e-161  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03318  hypothetical protein  55.95 
 
 
466 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  56.17 
 
 
466 aa  551  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  56.17 
 
 
466 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4879  glutamate decarboxylase GadB  55.95 
 
 
466 aa  552  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01464  hypothetical protein  56.17 
 
 
466 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  56.17 
 
 
466 aa  553  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  56.17 
 
 
466 aa  553  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  55.95 
 
 
466 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01451  glutamate decarboxylase B, PLP-dependent  56.17 
 
 
466 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2153  glutamate decarboxylase  56.17 
 
 
466 aa  553  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.139052  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  56.17 
 
 
466 aa  553  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  55.95 
 
 
466 aa  551  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  55.95 
 
 
466 aa  551  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1578  glutamate decarboxylase GadB  56.17 
 
 
466 aa  553  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  55.95 
 
 
466 aa  551  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.718769 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  55.95 
 
 
466 aa  551  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  55.73 
 
 
466 aa  550  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.143383 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  59.62 
 
 
455 aa  535  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  57.01 
 
 
489 aa  518  1e-146  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  56.79 
 
 
473 aa  512  1e-144  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  55.3 
 
 
470 aa  511  1e-143  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  57.31 
 
 
466 aa  508  1e-142  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  54.61 
 
 
468 aa  496  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  53.55 
 
 
463 aa  490  1e-137  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  51.95 
 
 
466 aa  489  1e-137  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  55.06 
 
 
461 aa  477  1e-133  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  55.06 
 
 
461 aa  477  1e-133  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  55.06 
 
 
461 aa  477  1e-133  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  54.25 
 
 
460 aa  471  1e-131  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  51.16 
 
 
466 aa  471  1e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  52.77 
 
 
463 aa  466  1e-130  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  46.14 
 
 
466 aa  455  1e-127  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  52.41 
 
 
468 aa  457  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  45.91 
 
 
464 aa  456  1e-127  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  49.1 
 
 
488 aa  436  1e-121  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  48.13 
 
 
496 aa  434  1e-120  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  46.91 
 
 
457 aa  427  1e-118  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  47.18 
 
 
515 aa  404  1e-111  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  46.68 
 
 
468 aa  401  1e-110  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  40.99 
 
 
557 aa  367  1e-100  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  41.72 
 
 
521 aa  365  1e-100  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  40.99 
 
 
557 aa  367  1e-100  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  40.93 
 
 
569 aa  365  1e-99  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  44.55 
 
 
460 aa  351  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  26.79 
 
 
473 aa  117  4e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.19 
 
 
468 aa  117  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  28.71 
 
 
379 aa  116  1e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  26.36 
 
 
473 aa  115  1e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  29.33 
 
 
384 aa  112  1e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.82 
 
 
411 aa  110  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  26.07 
 
 
498 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  26.81 
 
 
485 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.07 
 
 
473 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.79 
 
 
473 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  25.9 
 
 
473 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  25.9 
 
 
473 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.04 
 
 
403 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  28.82 
 
 
395 aa  106  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  25.34 
 
 
442 aa  105  1e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  24.48 
 
 
603 aa  105  1e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.81 
 
 
514 aa  103  7e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  28.72 
 
 
365 aa  102  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  8.67545e-05 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  28.05 
 
 
369 aa  101  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  27.3 
 
 
365 aa  99.8  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  23.89 
 
 
546 aa  95.9  1e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  26.48 
 
 
365 aa  95.5  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.95 
 
 
498 aa  92.8  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.84 
 
 
498 aa  92  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.317944 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  23.6 
 
 
572 aa  91.3  3e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  22.8 
 
 
532 aa  91.7  3e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  28.2 
 
 
349 aa  88.6  2e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.37 
 
 
513 aa  88.6  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  27.7 
 
 
363 aa  85.9  1e-15  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.34 
 
 
472 aa  85.1  2e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.93 
 
 
474 aa  82.8  1e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  25.56 
 
 
390 aa  82  2e-14  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.63 
 
 
499 aa  81.6  3e-14  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.8 
 
 
472 aa  80.1  9e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  22.58 
 
 
478 aa  76.6  9e-13  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.79 
 
 
361 aa  76.6  9e-13  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  26.32 
 
 
355 aa  74.7  3e-12  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.93 
 
 
500 aa  74.7  3e-12  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.9 
 
 
474 aa  74.3  4e-12  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  22.06 
 
 
605 aa  74.3  5e-12  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  25.21 
 
 
349 aa  70.5  7e-11  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  23.01 
 
 
483 aa  70.1  9e-11  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  23.1 
 
 
605 aa  69.3  1e-10  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  24.76 
 
 
384 aa  68.6  2e-10  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.77 
 
 
374 aa  67  7e-10  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.02 
 
 
500 aa  66.2  1e-09  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.42 
 
 
365 aa  66.2  1e-09  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>