More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2844 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
377 aa  782    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2243  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.29 
 
 
375 aa  650    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.68 
 
 
386 aa  672    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2026  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.5 
 
 
407 aa  596  1e-169  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  74.04 
 
 
370 aa  585  1e-166  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.17 
 
 
371 aa  576  1.0000000000000001e-163  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.56 
 
 
373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  59 
 
 
370 aa  451  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.14 
 
 
372 aa  443  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.67 
 
 
372 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.69 
 
 
371 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
380 aa  433  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.3 
 
 
374 aa  432  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 
394 aa  428  1e-119  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.33 
 
 
370 aa  429  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
375 aa  426  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
369 aa  427  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0907  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.26 
 
 
372 aa  425  1e-118  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.04 
 
 
376 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.19 
 
 
373 aa  418  1e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.43 
 
 
355 aa  418  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0907  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.01 
 
 
372 aa  418  1e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.77 
 
 
376 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  58 
 
 
367 aa  420  1e-116  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.59 
 
 
381 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.45 
 
 
377 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2429  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.25 
 
 
367 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0820  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.66 
 
 
387 aa  415  9.999999999999999e-116  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.88 
 
 
377 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.72 
 
 
383 aa  414  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.86 
 
 
373 aa  413  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.45 
 
 
383 aa  411  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.21 
 
 
374 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.21 
 
 
374 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.92 
 
 
395 aa  413  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.21 
 
 
374 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
375 aa  412  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
397 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.06 
 
 
387 aa  409  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.78 
 
 
375 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1606  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.9 
 
 
388 aa  408  1e-113  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.894963  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.34 
 
 
385 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
472 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.78 
 
 
375 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.88 
 
 
377 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
397 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
397 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.33 
 
 
374 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.18 
 
 
377 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0218  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.14 
 
 
376 aa  408  1e-113  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.989201  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.61 
 
 
377 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
397 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0144  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.04 
 
 
384 aa  411  1e-113  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0518824  decreased coverage  0.000581764 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.78 
 
 
375 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
397 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.24 
 
 
379 aa  411  1e-113  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.78 
 
 
375 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.72 
 
 
374 aa  410  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.78 
 
 
375 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.95 
 
 
373 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
371 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.33 
 
 
374 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.64 
 
 
375 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.78 
 
 
387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.93 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.14 
 
 
367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.97 
 
 
397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.54 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 
379 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.33 
 
 
374 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.22 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.89 
 
 
370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1321  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.46 
 
 
391 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.63 
 
 
383 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0084  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.1 
 
 
384 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000052368  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
377 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.64 
 
 
372 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.33 
 
 
374 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.33 
 
 
374 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  53.61 
 
 
371 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2664  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.88 
 
 
399 aa  401  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.241217 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.43 
 
 
374 aa  403  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1278  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.7 
 
 
394 aa  403  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2542  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.5 
 
 
387 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.213207  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.13 
 
 
372 aa  402  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.61 
 
 
370 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.78 
 
 
374 aa  404  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.69 
 
 
381 aa  401  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
374 aa  404  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.65 
 
 
374 aa  403  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>