More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2083 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2083  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 399 aa  822    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.968018  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  61.46 
 
 		 413 aa  508  1e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  56.14 
 
 		 419 aa  459  9.999999999999999e-129  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000999976  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  57.83 
 
 		 411 aa  455  1e-127  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22180  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  47.39 
 
 		 432 aa  366  1e-100  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000141857  normal  0.0200421 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1177  DNA-directed DNA polymerase  46.53 
 
 		 448 aa  347  1e-94  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.515065  normal  0.177083 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0224  DNA-directed DNA polymerase  45.04 
 
 		 413 aa  347  2e-94  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  37.88 
 
 		 395 aa  266  4e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2727  DNA-directed DNA polymerase  38.1 
 
 		 400 aa  264  3e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115509  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  37.91 
 
 		 400 aa  261  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  38.79 
 
 		 395 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3921  DNA-directed DNA polymerase  35.75 
 
 		 432 aa  256  5e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.019973  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  35.84 
 
 		 399 aa  253  3e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 		 410 aa  253  3e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.25 
 
 		 409 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  35.88 
 
 		 408 aa  252  6e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1154  DNA-directed DNA polymerase  35.52 
 
 		 417 aa  251  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000057173  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  34.69 
 
 		 409 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  36.25 
 
 		 409 aa  245  9e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  36.5 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  34.45 
 
 		 410 aa  239  5.999999999999999e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  36.48 
 
 		 413 aa  237  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  34.51 
 
 		 411 aa  236  4e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  35.05 
 
 		 414 aa  233  5e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  35.79 
 
 		 423 aa  231  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  35.31 
 
 		 407 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  37.5 
 
 		 414 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  34.19 
 
 		 412 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  34.11 
 
 		 412 aa  219  6e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  33.85 
 
 		 412 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  33.85 
 
 		 412 aa  218  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  33.85 
 
 		 412 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  33.85 
 
 		 412 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  33.85 
 
 		 412 aa  218  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2364  DNA-directed DNA polymerase  33.85 
 
 		 409 aa  216  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.259486  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0979  DNA polymerase IV  33.76 
 
 		 412 aa  216  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  33.08 
 
 		 393 aa  216  5.9999999999999996e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  33.59 
 
 		 412 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  34.11 
 
 		 412 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  34.18 
 
 		 399 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0282  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 421 aa  213  4.9999999999999996e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2840  DNA polymerase IV  32.9 
 
 		 412 aa  211  1e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527026  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  34.45 
 
 		 410 aa  211  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  32.91 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  34.07 
 
 		 371 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  34.54 
 
 		 385 aa  203  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  36.09 
 
 		 408 aa  202  6e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  34.02 
 
 		 417 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  34.18 
 
 		 419 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  33.77 
 
 		 424 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  33.9 
 
 		 419 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  32.39 
 
 		 390 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  34.46 
 
 		 378 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  31.88 
 
 		 390 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  34.46 
 
 		 378 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  32.39 
 
 		 391 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  35.17 
 
 		 359 aa  197  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  34.51 
 
 		 409 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  34.26 
 
 		 359 aa  196  6e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  34.36 
 
 		 363 aa  196  7e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  34.54 
 
 		 380 aa  195  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  30.4 
 
 		 425 aa  194  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.85 
 
 		 415 aa  194  3e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2023  DNA-directed DNA polymerase  32.57 
 
 		 421 aa  193  4e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  32.9 
 
 		 385 aa  192  6e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  34.1 
 
 		 422 aa  191  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  32.58 
 
 		 419 aa  191  2e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 		 420 aa  189  7e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  34.3 
 
 		 364 aa  189  7e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  35.86 
 
 		 359 aa  189  8e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  33.99 
 
 		 378 aa  189  9e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  33.43 
 
 		 372 aa  188  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  32.73 
 
 		 384 aa  188  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  33.05 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  33.62 
 
 		 367 aa  188  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  32.72 
 
 		 406 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  31.39 
 
 		 466 aa  187  3e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  36.07 
 
 		 353 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  33.15 
 
 		 385 aa  184  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  35.02 
 
 		 359 aa  184  3e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  31.58 
 
 		 413 aa  183  5.0000000000000004e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  30.73 
 
 		 385 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  33.14 
 
 		 358 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  33.42 
 
 		 357 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  35.62 
 
 		 354 aa  182  7e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 418 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  33.25 
 
 		 410 aa  182  8.000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  32.87 
 
 		 355 aa  182  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  32.03 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  30.71 
 
 		 408 aa  182  1e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  32.65 
 
 		 408 aa  182  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  32.06 
 
 		 402 aa  181  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1555  DNA-directed DNA polymerase  33.99 
 
 		 422 aa  181  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.558973  normal  0.0210398 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  33.42 
 
 		 357 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  32.07 
 
 		 378 aa  180  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  31.88 
 
 		 430 aa  180  4e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  34.18 
 
 		 374 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  34.1 
 
 		 354 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>