More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3921 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3921  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 432 aa  900    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.019973  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2727  DNA-directed DNA polymerase  51.01 
 
 		 400 aa  427  1e-118  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115509  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1154  DNA-directed DNA polymerase  49.03 
 
 		 417 aa  404  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000057173  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0282  DNA-directed DNA polymerase  46.43 
 
 		 421 aa  375  1e-103  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  37.53 
 
 		 413 aa  273  5.000000000000001e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  36.78 
 
 		 419 aa  264  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000999976  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2083  DNA-directed DNA polymerase  35.75 
 
 		 399 aa  256  5e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.968018  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  36.52 
 
 		 411 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1177  DNA-directed DNA polymerase  36.96 
 
 		 448 aa  244  1.9999999999999999e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.515065  normal  0.177083 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  36.51 
 
 		 395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  36.93 
 
 		 400 aa  243  3.9999999999999997e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.5 
 
 		 399 aa  239  8e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0224  DNA-directed DNA polymerase  34.78 
 
 		 413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22180  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.75 
 
 		 432 aa  233  5e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000141857  normal  0.0200421 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  35.15 
 
 		 414 aa  233  6e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  33.82 
 
 		 423 aa  230  4e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  33.75 
 
 		 395 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  34.16 
 
 		 408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.5 
 
 		 409 aa  202  9e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  33.25 
 
 		 409 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  31.74 
 
 		 413 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  29.62 
 
 		 399 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  31.19 
 
 		 409 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  29.22 
 
 		 410 aa  197  3e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  29.16 
 
 		 393 aa  195  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  32.41 
 
 		 409 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  31.12 
 
 		 414 aa  193  5e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  30.47 
 
 		 425 aa  193  6e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  30.92 
 
 		 410 aa  191  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2364  DNA-directed DNA polymerase  30.39 
 
 		 409 aa  191  2.9999999999999997e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.259486  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  30.4 
 
 		 410 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  31.33 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  28.43 
 
 		 420 aa  186  8e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  30.13 
 
 		 412 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 412 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  31.53 
 
 		 411 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 412 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 412 aa  184  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  32.42 
 
 		 407 aa  184  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 412 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 412 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  30.26 
 
 		 430 aa  184  3e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 412 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  30.46 
 
 		 406 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0979  DNA polymerase IV  29.95 
 
 		 412 aa  182  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3025  DNA-directed DNA polymerase  31.31 
 
 		 418 aa  181  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  28.75 
 
 		 384 aa  178  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  29.37 
 
 		 412 aa  177  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  29.37 
 
 		 412 aa  176  5e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  31.41 
 
 		 408 aa  176  7e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  27.27 
 
 		 422 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3437  DNA-directed DNA polymerase  30.71 
 
 		 417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000548211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  31.19 
 
 		 385 aa  173  5e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  29.95 
 
 		 371 aa  173  5e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  32.12 
 
 		 390 aa  173  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  27.44 
 
 		 417 aa  172  9e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  29.65 
 
 		 415 aa  172  9e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  27 
 
 		 429 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  28.82 
 
 		 425 aa  172  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  30.99 
 
 		 390 aa  172  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2840  DNA polymerase IV  28.93 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527026  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  27.71 
 
 		 424 aa  171  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  32.3 
 
 		 391 aa  170  4e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  29.67 
 
 		 402 aa  170  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  30.03 
 
 		 386 aa  169  7e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  29.5 
 
 		 409 aa  168  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  28.1 
 
 		 429 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  27.09 
 
 		 408 aa  166  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  26.42 
 
 		 431 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  28.99 
 
 		 419 aa  162  8.000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  28.07 
 
 		 426 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  29.61 
 
 		 419 aa  162  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  28.36 
 
 		 418 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  28.96 
 
 		 357 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  27.68 
 
 		 407 aa  161  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  29.85 
 
 		 414 aa  160  3e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  27.58 
 
 		 432 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  28.04 
 
 		 430 aa  160  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  29.56 
 
 		 361 aa  160  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  29.56 
 
 		 408 aa  160  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  29.56 
 
 		 383 aa  160  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  28.61 
 
 		 368 aa  159  7e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  30.03 
 
 		 419 aa  158  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  26.49 
 
 		 435 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  25.56 
 
 		 408 aa  158  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  28.66 
 
 		 357 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  28.5 
 
 		 431 aa  157  4e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  28.65 
 
 		 436 aa  156  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  29.26 
 
 		 379 aa  156  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  27.2 
 
 		 429 aa  156  7e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  28.84 
 
 		 405 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  27.25 
 
 		 435 aa  156  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  28.32 
 
 		 397 aa  156  8e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 351 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.36 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 351 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  28.1 
 
 		 395 aa  155  2e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  34 
 
 		 378 aa  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  28.35 
 
 		 404 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 351 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>