More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_0368 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  83.4 
 
 
517 aa  868  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  6.47313e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  100 
 
 
518 aa  1030  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  82.95 
 
 
553 aa  875  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  81.96 
 
 
521 aa  845  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  87.52 
 
 
514 aa  878  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  86.87 
 
 
513 aa  913  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  5.58254e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  83.43 
 
 
527 aa  855  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  41.84 
 
 
414 aa  271  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  42.42 
 
 
418 aa  268  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  37.41 
 
 
421 aa  263  5e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  39.42 
 
 
413 aa  257  4e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  40.61 
 
 
411 aa  254  2e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  41.07 
 
 
415 aa  248  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  37.69 
 
 
417 aa  248  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  40.46 
 
 
411 aa  242  1e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  36.57 
 
 
410 aa  235  1e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  36.2 
 
 
444 aa  228  3e-58  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  35.55 
 
 
410 aa  226  6e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  36.8 
 
 
538 aa  201  2e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  34.69 
 
 
572 aa  194  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  35.61 
 
 
532 aa  194  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  36.5 
 
 
552 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  35.61 
 
 
535 aa  193  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  35.61 
 
 
533 aa  193  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  36.13 
 
 
444 aa  191  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  6.79634e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  33.08 
 
 
440 aa  191  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  33.07 
 
 
536 aa  189  8e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1234  transcription elongation factor NusA  34.86 
 
 
395 aa  189  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  2.27935e-05  normal  0.970518 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  35.61 
 
 
538 aa  189  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  35.31 
 
 
369 aa  188  2e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  9.36712e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  36.59 
 
 
377 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  35.61 
 
 
534 aa  188  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  33.43 
 
 
382 aa  187  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  37.57 
 
 
346 aa  187  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  33.72 
 
 
362 aa  186  7e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  1.54988e-12  unclonable  1.37146e-08 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0666  NusA antitermination factor  32.18 
 
 
463 aa  186  8e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0123778 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3731  transcription elongation factor NusA  33.82 
 
 
495 aa  185  1e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00415908  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3597  transcription elongation factor NusA  33.82 
 
 
495 aa  185  1e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.79276e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3992  transcription elongation factor NusA  33.82 
 
 
495 aa  185  1e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  6.90041e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  34.45 
 
 
373 aa  184  2e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  36.25 
 
 
404 aa  185  2e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  5.58995e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  34.92 
 
 
384 aa  185  2e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  35.37 
 
 
372 aa  184  2e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1475  transcription termination factor NusA  34.43 
 
 
393 aa  184  3e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  4.77736e-05  unclonable  3.25116e-06 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  36.44 
 
 
380 aa  184  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  35.31 
 
 
537 aa  184  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  35.31 
 
 
537 aa  184  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1932  NusA antitermination factor  33.83 
 
 
392 aa  184  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  1.67668e-09  decreased coverage  7.52271e-10 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  35.31 
 
 
535 aa  184  5e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  34.72 
 
 
537 aa  183  6e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  33.43 
 
 
537 aa  182  9e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  35.09 
 
 
492 aa  182  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  36.92 
 
 
442 aa  181  3e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  1.52852e-05 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  33.43 
 
 
560 aa  180  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  37.54 
 
 
442 aa  180  5e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  7.46814e-05  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  35.14 
 
 
360 aa  180  5e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  8.76177e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  35.48 
 
 
443 aa  180  7e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  35.13 
 
 
382 aa  179  8e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.62475e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  34.11 
 
 
449 aa  179  9e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  33.73 
 
 
449 aa  179  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  32.64 
 
 
503 aa  179  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  31.11 
 
 
506 aa  179  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  33.62 
 
 
498 aa  179  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  36.19 
 
 
385 aa  179  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  33.72 
 
 
545 aa  179  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  33.62 
 
 
441 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  33.83 
 
 
495 aa  178  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  34.42 
 
 
536 aa  178  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  31.94 
 
 
501 aa  178  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  36.19 
 
 
383 aa  177  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.68219e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  34.83 
 
 
501 aa  178  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  35.13 
 
 
383 aa  177  4e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  33.43 
 
 
545 aa  177  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  34.34 
 
 
490 aa  177  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.40151e-05  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 
428 aa  177  5e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  33.14 
 
 
545 aa  177  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  32.34 
 
 
537 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03036  transcription elongation factor NusA  32.29 
 
 
495 aa  176  7e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  32.29 
 
 
495 aa  176  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  32.29 
 
 
495 aa  176  7e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3361  transcription elongation factor NusA  32.29 
 
 
495 aa  176  7e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0352386  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  32.29 
 
 
495 aa  176  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3653  transcription elongation factor NusA  32.29 
 
 
495 aa  176  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588616  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02987  hypothetical protein  32.29 
 
 
495 aa  176  7e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  33.24 
 
 
488 aa  176  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  35.1 
 
 
429 aa  176  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  34.12 
 
 
544 aa  176  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3602  transcription elongation factor NusA  32.29 
 
 
495 aa  176  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.761318  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4490  transcription elongation factor NusA  32.29 
 
 
495 aa  176  9e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  33.82 
 
 
365 aa  176  9e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3644  transcription elongation factor NusA  32.2 
 
 
500 aa  175  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3545  transcription elongation factor NusA  32.2 
 
 
500 aa  175  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3476  transcription elongation factor NusA  32.2 
 
 
500 aa  175  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.555068  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3582  transcription elongation factor NusA  32.2 
 
 
500 aa  175  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3477  transcription elongation factor NusA  32.2 
 
 
500 aa  175  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  34.1 
 
 
495 aa  176  1e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  32.64 
 
 
538 aa  175  1e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0820  transcription elongation factor NusA  31.78 
 
 
493 aa  175  2e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  34.03 
 
 
381 aa  175  2e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3466  transcription elongation factor NusA  29.58 
 
 
496 aa  175  2e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>