More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3977 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
323 aa  665  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  71.38 
 
 
299 aa  456  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  51.14 
 
 
307 aa  337  1e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
319 aa  315  6e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 
300 aa  313  3e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.69133e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 
301 aa  312  5e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 
305 aa  305  5e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
305 aa  303  2e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
310 aa  303  3e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
308 aa  299  5e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 
308 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
304 aa  294  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
308 aa  294  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
309 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
308 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 
309 aa  294  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
307 aa  284  2e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 
304 aa  283  2e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  40.8 
 
 
306 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
306 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  40.4 
 
 
302 aa  266  4e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.89 
 
 
307 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 
299 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  42.23 
 
 
311 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
311 aa  256  4e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
309 aa  253  2e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
310 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
302 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 
323 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
296 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 
307 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 
304 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
304 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
302 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
296 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
299 aa  246  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
324 aa  245  7e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  39.06 
 
 
319 aa  245  8e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
307 aa  244  2e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
296 aa  244  2e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  39.8 
 
 
309 aa  243  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
320 aa  243  4e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  38.36 
 
 
307 aa  240  3e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
313 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
354 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 
321 aa  231  9e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
309 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
307 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
309 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.66 
 
 
311 aa  225  8e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 
301 aa  220  2e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
327 aa  214  1e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
327 aa  214  2e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
331 aa  213  5e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
331 aa  210  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
341 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
309 aa  209  6e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
304 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
310 aa  206  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
303 aa  202  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
325 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33 
 
 
306 aa  202  7e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
325 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
303 aa  201  1e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
310 aa  201  2e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  201  2e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  200  2e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
310 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
303 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
305 aa  199  7e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
304 aa  197  2e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
302 aa  195  8e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
299 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
303 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
302 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
302 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
302 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
296 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
295 aa  186  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
306 aa  185  1e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
293 aa  184  2e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5128  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
295 aa  183  4e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  31.63 
 
 
306 aa  183  4e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
293 aa  182  5e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
293 aa  182  5e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
311 aa  182  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
301 aa  182  9e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
307 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
307 aa  180  3e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
304 aa  180  3e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
301 aa  179  5e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>