248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2936 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0274  type I restriction-modification system, R subunit, putative  39.64 
 
 		 1002 aa  650    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.273589  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003238  type I restriction-modification system restriction subunit R  64.74 
 
 		 1023 aa  1370    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2175  hypothetical protein  38.86 
 
 		 1031 aa  660    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1859  DEAD/DEAH box helicase-like  42.56 
 
 		 997 aa  721    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.397249  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1363  putative type I restriction enzyme HsdR  63.58 
 
 		 1022 aa  1346    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2197  protein of unknown function DUF450  40.57 
 
 		 999 aa  711    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1218  hypothetical protein  42.3 
 
 		 990 aa  704    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2267  type I restriction-modification system endonuclease  39.23 
 
 		 1023 aa  664    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2936  restriction enzyme type I helicase subunit; type I restriction enzyme HsdR  100 
 
 		 1034 aa  2140    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101388 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4471  hypothetical protein  41.26 
 
 		 991 aa  720    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.756132  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1787  type III restriction enzyme, res subunit  65.6 
 
 		 1011 aa  1384    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.990163  normal  0.226288 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6264  type III restriction protein res subunit  66.76 
 
 		 1016 aa  1432    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3575  protein of unknown function DUF450  42.94 
 
 		 976 aa  636    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0780  type I site-specific deoxyribonuclease chain R  40.65 
 
 		 971 aa  671    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0180253  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0843  hypothetical protein  39.56 
 
 		 983 aa  667    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.10122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0659  protein of unknown function DUF450  40.04 
 
 		 969 aa  628  1e-178  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0749  type III restriction protein res subunit  40.35 
 
 		 992 aa  614  9.999999999999999e-175  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.186322 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0797  protein of unknown function DUF450  38.78 
 
 		 1000 aa  610  1e-173  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985204 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3992  type III restriction protein res subunit  36.43 
 
 		 984 aa  608  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.208178 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0278  hypothetical protein  37.41 
 
 		 989 aa  605  1.0000000000000001e-171  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4250  protein of unknown function DUF450  37.53 
 
 		 1027 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1014  type I restriction-modification system restriction subunit  37.56 
 
 		 965 aa  571  1e-161  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1553  protein of unknown function DUF450  37.92 
 
 		 985 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3444  type III restriction protein res subunit  36.26 
 
 		 1012 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19090  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  36.61 
 
 		 1004 aa  558  1e-157  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.210967 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0265  type III restriction protein res subunit  38.12 
 
 		 1010 aa  552  1e-155  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.268157  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2685  DEAD/DEAH box helicase  35.11 
 
 		 1009 aa  545  1e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0639  type III restriction enzyme, res subunit  37.35 
 
 		 1009 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28859  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4924  hypothetical protein  36.77 
 
 		 1035 aa  520  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2221  type III restriction enzyme, res subunit  40.55 
 
 		 905 aa  506  1e-141  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432598  normal  0.944916 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1497  protein of unknown function DUF450  34.73 
 
 		 1051 aa  497  1e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0324371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3355  hypothetical protein  36.73 
 
 		 1007 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0598  type I site-specific restriction-modification system, R subunit  34.45 
 
 		 1052 aa  493  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2695  hypothetical protein  34.65 
 
 		 1008 aa  489  1e-137  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.285383  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1151  hypothetical protein  35.76 
 
 		 1059 aa  491  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.255903  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2689  hypothetical protein  34.32 
 
 		 1063 aa  488  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0415  hypothetical protein  35.03 
 
 		 1069 aa  489  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.484825  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2605  type III restriction enzyme, res subunit  38.62 
 
 		 1087 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189627  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0958  protein of unknown function DUF450  33.87 
 
 		 1067 aa  481  1e-134  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0230  hypothetical protein  34.73 
 
 		 1060 aa  481  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2607  hypothetical protein  35.41 
 
 		 1022 aa  473  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1789  type III restriction enzyme, res subunit  32.5 
 
 		 1029 aa  474  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0077  type I restriction-modification system subunit R  33.81 
 
 		 1067 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1482  hypothetical protein  32.79 
 
 		 1081 aa  473  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0424  type I restriction enzyme, R subunit  36.61 
 
 		 1102 aa  472  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1325  type III restriction enzyme, res subunit  33.52 
 
 		 1112 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1859  hypothetical protein  33.75 
 
 		 1033 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1065  DEAD/DEAH box helicase-like  33.4 
 
 		 1039 aa  454  1.0000000000000001e-126  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00124695  normal  0.0212089 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13690  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  33.85 
 
 		 1073 aa  455  1.0000000000000001e-126  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.161894 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0194  hypothetical protein  33.53 
 
 		 1041 aa  452  1e-125  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.394359 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22820  type I restriction enzyme R protein  34.27 
 
 		 1006 aa  444  1e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0485  hypothetical protein  34.47 
 
 		 1039 aa  446  1e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2870  DEAD/DEAH box helicase-like  34.11 
 
 		 1085 aa  404  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.737132  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4762  type I restriction-modification system endonuclease  34.07 
 
 		 1078 aa  394  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4456  type III restriction protein res subunit  33.17 
 
 		 1079 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1515  protein of unknown function DUF450  32.59 
 
 		 1142 aa  352  3e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.695629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0160  type I site-specific restriction-modification system, R subunit (helicase)  26.32 
 
 		 1035 aa  274  8.000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1367  type III restriction enzyme, res subunit  28.48 
 
 		 1289 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.22 
 
 		 1023 aa  129  4.0000000000000003e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  25 
 
 		 1051 aa  128  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.5 
 
 		 1084 aa  128  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.46 
 
 		 1006 aa  127  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.18 
 
 		 1020 aa  123  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.94 
 
 		 1020 aa  119  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.26 
 
 		 1067 aa  118  5e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.53 
 
 		 1029 aa  118  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.04 
 
 		 1012 aa  117  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  24.07 
 
 		 1044 aa  116  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.07 
 
 		 1070 aa  115  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.26 
 
 		 1031 aa  115  5e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 		 1040 aa  115  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 		 1060 aa  115  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.29 
 
 		 1079 aa  114  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.78 
 
 		 993 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.78 
 
 		 1000 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.04 
 
 		 1072 aa  113  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.17 
 
 		 1084 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.11 
 
 		 1032 aa  111  6e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.11 
 
 		 1032 aa  111  7.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25 
 
 		 1030 aa  111  8.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.11 
 
 		 1074 aa  110  1e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  26.36 
 
 		 1061 aa  110  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.22 
 
 		 1053 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.32 
 
 		 1046 aa  109  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.48 
 
 		 995 aa  109  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.39 
 
 		 1000 aa  108  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.77 
 
 		 1044 aa  108  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.89 
 
 		 1052 aa  107  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  25.23 
 
 		 1040 aa  106  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.03 
 
 		 1068 aa  106  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.42 
 
 		 986 aa  106  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.39 
 
 		 1042 aa  105  4e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.04 
 
 		 1010 aa  105  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.19 
 
 		 1045 aa  105  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  23.9 
 
 		 1028 aa  105  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  24.17 
 
 		 1059 aa  104  9e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.25 
 
 		 1034 aa  103  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.94 
 
 		 1041 aa  103  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.49 
 
 		 855 aa  103  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.51 
 
 		 929 aa  102  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>