More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5998 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_3761  isopropylmalate isomerase large subunit  68.47 
 
 
466 aa  639  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5998  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 
473 aa  962  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00498287 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1938  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  67.39 
 
 
468 aa  619  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0695  isopropylmalate isomerase large subunit  63.71 
 
 
464 aa  589  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  58.24 
 
 
467 aa  543  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2261  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.24 
 
 
472 aa  536  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  59.23 
 
 
470 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.67 
 
 
469 aa  530  1e-149  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  58.01 
 
 
466 aa  528  1e-149  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  59.23 
 
 
467 aa  527  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34280  isopropylmalate isomerase large subunit  57.02 
 
 
474 aa  521  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1170  isopropylmalate isomerase large subunit  57.11 
 
 
478 aa  521  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.910867  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.56 
 
 
473 aa  521  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  55.91 
 
 
472 aa  520  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  57.51 
 
 
472 aa  516  1e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68659  3-isopropylmalate dehydratase  55.53 
 
 
770 aa  517  1e-145  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.161777 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  54.2 
 
 
772 aa  517  1e-145  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  57.73 
 
 
475 aa  517  1e-145  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  57.73 
 
 
475 aa  516  1e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  54.82 
 
 
471 aa  515  1e-145  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  55.53 
 
 
722 aa  512  1e-144  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2129  isopropylmalate isomerase large subunit  57.59 
 
 
476 aa  511  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02613  isopropylmalate isomerase large subunit  56.08 
 
 
482 aa  513  1e-144  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  56.59 
 
 
470 aa  513  1e-144  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.17 
 
 
465 aa  511  1e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2723  isopropylmalate isomerase large subunit  54.99 
 
 
475 aa  509  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00243563  normal  0.0720472 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  57.63 
 
 
470 aa  511  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1548  isopropylmalate isomerase large subunit  54.78 
 
 
477 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.272021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  57.63 
 
 
470 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  56.87 
 
 
468 aa  509  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 
472 aa  509  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  55.51 
 
 
466 aa  505  1e-142  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  54.49 
 
 
471 aa  506  1e-142  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  55.51 
 
 
466 aa  505  1e-142  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  54.53 
 
 
479 aa  507  1e-142  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1516  isopropylmalate isomerase large subunit  54.56 
 
 
477 aa  507  1e-142  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11161  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0216  isopropylmalate isomerase large subunit  54.6 
 
 
480 aa  505  1e-142  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.146559 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2173  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.7 
 
 
475 aa  506  1e-142  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  55.72 
 
 
466 aa  506  1e-142  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  55.51 
 
 
466 aa  505  1e-142  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0775  isopropylmalate isomerase large subunit  56.56 
 
 
470 aa  506  1e-142  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  55.51 
 
 
466 aa  505  1e-142  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1985  isopropylmalate isomerase large subunit  54.56 
 
 
477 aa  506  1e-142  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.682408  normal  0.0241842 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.51 
 
 
466 aa  505  1e-142  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  55.51 
 
 
466 aa  505  1e-142  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  57.24 
 
 
480 aa  505  1e-142  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  53.77 
 
 
762 aa  507  1e-142  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  55.72 
 
 
466 aa  506  1e-142  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3774  isopropylmalate isomerase large subunit  54.56 
 
 
477 aa  506  1e-142  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0636  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.34 
 
 
468 aa  506  1e-142  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0643204 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1961  isopropylmalate isomerase large subunit  55.6 
 
 
474 aa  506  1e-142  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0624  isopropylmalate isomerase large subunit  56.56 
 
 
470 aa  506  1e-142  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23750  isopropylmalate isomerase large subunit  54.89 
 
 
474 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0168844 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  55.91 
 
 
469 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  56.62 
 
 
473 aa  503  1e-141  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2012  isopropylmalate isomerase large subunit  55.11 
 
 
474 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0300931  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  55.97 
 
 
466 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  57.24 
 
 
469 aa  504  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1812  isopropylmalate isomerase large subunit  57.2 
 
 
466 aa  503  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364535  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1549  isopropylmalate isomerase large subunit  55.2 
 
 
472 aa  502  1e-141  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269438  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2520  isopropylmalate isomerase large subunit  56.77 
 
 
478 aa  504  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1343  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.87 
 
 
470 aa  503  1e-141  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.444862 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4999  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  55.58 
 
 
470 aa  504  1e-141  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.653294  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  56.18 
 
 
470 aa  501  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  56.28 
 
 
468 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1983  isopropylmalate isomerase large subunit  54.04 
 
 
474 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0478435 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1719  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.11 
 
 
468 aa  503  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2086  isopropylmalate isomerase large subunit  54.24 
 
 
472 aa  501  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1542  isopropylmalate isomerase large subunit  55.2 
 
 
474 aa  500  1e-140  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.690084  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.29 
 
 
466 aa  501  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  55.46 
 
 
470 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  53.29 
 
 
476 aa  500  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 
470 aa  500  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.08 
 
 
466 aa  500  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2802  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  56.37 
 
 
462 aa  499  1e-140  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal  0.228539 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1485  isopropylmalate isomerase large subunit  55.2 
 
 
474 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.53 
 
 
470 aa  499  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  53.33 
 
 
477 aa  500  1e-140  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  55.29 
 
 
466 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  55.29 
 
 
466 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  55.29 
 
 
466 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  55.29 
 
 
466 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  53.29 
 
 
476 aa  500  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1889  isopropylmalate isomerase large subunit  54.8 
 
 
472 aa  499  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.169279  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  55.29 
 
 
466 aa  501  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  55.91 
 
 
468 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  56.06 
 
 
473 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  54.74 
 
 
469 aa  499  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  55.29 
 
 
466 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  54.8 
 
 
465 aa  501  1e-140  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  53.29 
 
 
476 aa  500  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  55.79 
 
 
469 aa  500  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0085  isopropylmalate isomerase large subunit  56.34 
 
 
467 aa  495  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.362256  normal  0.223362 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1936  isopropylmalate isomerase large subunit  53.94 
 
 
478 aa  496  1e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.962808  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1821  isopropylmalate isomerase large subunit  54.72 
 
 
469 aa  496  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.626663  normal  0.539563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  56.37 
 
 
469 aa  495  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.34 
 
 
471 aa  496  1e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1921  isopropylmalate isomerase large subunit  55.89 
 
 
469 aa  496  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.724454  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1779  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.29 
 
 
467 aa  497  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2225  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.11 
 
 
471 aa  497  1e-139  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.918253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>