More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0695 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0695  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 464 aa  932    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3761  isopropylmalate isomerase large subunit  69.44 
 
 		 466 aa  650    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5998  isopropylmalate isomerase large subunit  63.71 
 
 		 473 aa  589  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00498287 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1938  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.99 
 
 		 468 aa  551  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2261  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.31 
 
 		 472 aa  514  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  53.53 
 
 		 472 aa  499  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  54.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.18 
 
 		 473 aa  500  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  55.13 
 
 		 471 aa  495  1e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.55 
 
 		 465 aa  496  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  54.26 
 
 		 472 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4227  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 		 481 aa  489  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.888543 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  55.7 
 
 		 470 aa  489  1e-137  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4999  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  55.99 
 
 		 470 aa  491  1e-137  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.653294  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  55.7 
 
 		 468 aa  488  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  55.05 
 
 		 468 aa  488  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  54.37 
 
 		 475 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4053  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.77 
 
 		 474 aa  487  1e-136  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  54.19 
 
 		 471 aa  487  1e-136  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  55.17 
 
 		 470 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  54.84 
 
 		 467 aa  487  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.55 
 
 		 469 aa  486  1e-136  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0636  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.41 
 
 		 468 aa  485  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0643204 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  54 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  54 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.64 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  55.19 
 
 		 473 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2129  isopropylmalate isomerase large subunit  55.97 
 
 		 476 aa  483  1e-135  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  54 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  54 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1961  isopropylmalate isomerase large subunit  54.55 
 
 		 474 aa  484  1e-135  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  54.16 
 
 		 475 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 466 aa  481  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  54.72 
 
 		 470 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18560  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.24 
 
 		 479 aa  480  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.242112  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1549  isopropylmalate isomerase large subunit  54.18 
 
 		 472 aa  479  1e-134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269438  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.01 
 
 		 470 aa  481  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8018  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.73 
 
 		 459 aa  481  1e-134  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  54.55 
 
 		 470 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  55.05 
 
 		 468 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 466 aa  481  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0278  isopropylmalate isomerase large subunit  55.11 
 
 		 469 aa  481  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  54.53 
 
 		 469 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  53.65 
 
 		 469 aa  478  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4441  isopropylmalate isomerase large subunit  53.09 
 
 		 471 aa  480  1e-134  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2135  isopropylmalate isomerase large subunit  54.39 
 
 		 481 aa  481  1e-134  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  53.22 
 
 		 469 aa  475  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 466 aa  478  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8049  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.13 
 
 		 468 aa  478  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2357  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.64 
 
 		 517 aa  475  1e-133  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  53.96 
 
 		 470 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  54.55 
 
 		 470 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 466 aa  478  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.98 
 
 		 480 aa  475  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965913 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0135  isopropylmalate isomerase large subunit  54.18 
 
 		 468 aa  475  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0383908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  53.22 
 
 		 469 aa  475  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 466 aa  478  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  55.9 
 
 		 473 aa  475  1e-133  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  54.06 
 
 		 476 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1573  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55 
 
 		 493 aa  474  1e-132  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  53.71 
 
 		 465 aa  471  1e-132  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  53.55 
 
 		 469 aa  474  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 466 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  54.06 
 
 		 476 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1901  isopropylmalate isomerase large subunit  54.08 
 
 		 481 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.918864 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11100  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.13 
 
 		 479 aa  474  1e-132  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  53.56 
 
 		 466 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 466 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53.16 
 
 		 486 aa  473  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  53.33 
 
 		 480 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  54.06 
 
 		 476 aa  474  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1921  isopropylmalate isomerase large subunit  53.85 
 
 		 481 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1898  isopropylmalate isomerase large subunit  55.06 
 
 		 480 aa  473  1e-132  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 466 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.21 
 
 		 466 aa  474  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  52.58 
 
 		 469 aa  473  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2520  isopropylmalate isomerase large subunit  54.94 
 
 		 478 aa  474  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  53.56 
 
 		 466 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1967  isopropylmalate isomerase large subunit  53.85 
 
 		 481 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  53.33 
 
 		 469 aa  473  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.35 
 
 		 471 aa  472  1e-132  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  54.49 
 
 		 470 aa  472  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  51.16 
 
 		 772 aa  469  1.0000000000000001e-131  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1113  isopropylmalate isomerase large subunit  56.3 
 
 		 465 aa  468  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.681996  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0085  isopropylmalate isomerase large subunit  54.08 
 
 		 467 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.362256  normal  0.223362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1180  isopropylmalate isomerase large subunit  55.41 
 
 		 480 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  53 
 
 		 469 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1980  isopropylmalate isomerase large subunit  54.64 
 
 		 480 aa  469  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.43 
 
 		 487 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114053 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  53 
 
 		 469 aa  469  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2508  isopropylmalate isomerase large subunit  54.72 
 
 		 467 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1983  isopropylmalate isomerase large subunit  54.85 
 
 		 480 aa  469  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  51.6 
 
 		 722 aa  468  9.999999999999999e-131  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  52.85 
 
 		 479 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4210  isopropylmalate isomerase large subunit  52.02 
 
 		 471 aa  466  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3334  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.79 
 
 		 472 aa  467  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  53.13 
 
 		 466 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  51.93 
 
 		 468 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  52.92 
 
 		 466 aa  465  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>