289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4277 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4277  rRNA large subunit methyltransferase  100 
 
 		 160 aa  325  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3883  rRNA large subunit methyltransferase  69.81 
 
 		 160 aa  238  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.320389  normal  0.0327662 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3014  rRNA large subunit methyltransferase  71.25 
 
 		 160 aa  239  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0634983  normal  0.903693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4207  rRNA large subunit methyltransferase  68.55 
 
 		 160 aa  235  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1059  rRNA large subunit methyltransferase  57.5 
 
 		 160 aa  200  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1840  rRNA large subunit methyltransferase  53.45 
 
 		 174 aa  194  6e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1773  rRNA large subunit methyltransferase  54.44 
 
 		 169 aa  193  7e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3453  rRNA large subunit methyltransferase  55.97 
 
 		 159 aa  173  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0322  rRNA large subunit methyltransferase  50.94 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0416  rRNA large subunit methyltransferase  51.25 
 
 		 160 aa  160  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.852231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2933  rRNA large subunit methyltransferase  49.38 
 
 		 170 aa  160  7e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2505  rRNA large subunit methyltransferase  50.31 
 
 		 156 aa  159  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1475  hypothetical protein  49.38 
 
 		 160 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.710814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0164  rRNA large subunit methyltransferase  50.62 
 
 		 160 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0447  rRNA large subunit methyltransferase  52.2 
 
 		 160 aa  158  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399021  normal  0.903772 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0256  rRNA large subunit methyltransferase  51.25 
 
 		 160 aa  157  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2517  rRNA large subunit methyltransferase  49.69 
 
 		 155 aa  154  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0523  rRNA large subunit methyltransferase  49.69 
 
 		 160 aa  154  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.238061  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0647  rRNA large subunit methyltransferase  49.06 
 
 		 160 aa  152  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0130752 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2564  rRNA large subunit methyltransferase  50 
 
 		 165 aa  149  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00528144 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2526  rRNA large subunit methyltransferase  49.69 
 
 		 155 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.631198  normal  0.935869 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2289  rRNA large subunit methyltransferase  50 
 
 		 165 aa  149  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.080755 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0100  rRNA large subunit methyltransferase  48.75 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.465557 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0568  rRNA large subunit methyltransferase  48.75 
 
 		 185 aa  147  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0866  rRNA large subunit methyltransferase  48.43 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0088  rRNA large subunit methyltransferase  45.91 
 
 		 156 aa  146  9e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0114414  normal  0.53865 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0162  rRNA large subunit methyltransferase  48.75 
 
 		 160 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0155  rRNA large subunit methyltransferase  47.17 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4221  rRNA large subunit methyltransferase  48.12 
 
 		 162 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.0594421 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2061  rRNA large subunit methyltransferase  49.38 
 
 		 160 aa  144  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2246  rRNA large subunit methyltransferase  49.69 
 
 		 165 aa  141  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.37412  normal  0.418544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4731  rRNA large subunit methyltransferase  46.25 
 
 		 162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14241  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2794  hypothetical protein  44.65 
 
 		 156 aa  128  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0378  hypothetical protein  45.39 
 
 		 137 aa  121  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1235  hypothetical protein  45 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3264  rRNA large subunit methyltransferase  41.98 
 
 		 156 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2069  rRNA large subunit methyltransferase  41.98 
 
 		 156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  0.214177 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2545  hypothetical protein  42.59 
 
 		 140 aa  116  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146464  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1551  hypothetical protein  45.28 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1010  rRNA large subunit methyltransferase  40.99 
 
 		 156 aa  114  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1296  rRNA large subunit methyltransferase  40.12 
 
 		 156 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433807  normal  0.073248 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1738  protein of unknown function DUF163  39.51 
 
 		 156 aa  114  7.999999999999999e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1235  rRNA large subunit methyltransferase  40.37 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0353  rRNA large subunit methyltransferase  40.37 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389517  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1889  rRNA large subunit methyltransferase  40.37 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.841126  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1226  rRNA large subunit methyltransferase  40.37 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4722  rRNA large subunit methyltransferase  41.61 
 
 		 154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.108427 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1379  rRNA large subunit methyltransferase  40.37 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.588338  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0979  rRNA large subunit methyltransferase  39.13 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0797  rRNA large subunit methyltransferase  40.37 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1070  rRNA large subunit methyltransferase  40.37 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503879  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2322  rRNA large subunit methyltransferase  39.13 
 
 		 156 aa  111  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.810756  normal  0.749932 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1687  rRNA large subunit methyltransferase  39.13 
 
 		 156 aa  111  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2299  rRNA large subunit methyltransferase  39.13 
 
 		 156 aa  111  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0024  hypothetical protein  37.5 
 
 		 146 aa  110  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.820161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2216  rRNA large subunit methyltransferase  38.51 
 
 		 156 aa  110  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0057  hypothetical protein  40.25 
 
 		 141 aa  110  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0576  hypothetical protein  39.13 
 
 		 142 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262239 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2337  rRNA large subunit methyltransferase  38.51 
 
 		 156 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.390809  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5626  rRNA large subunit methyltransferase  38.51 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3202  hypothetical protein  40.62 
 
 		 154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  2.69553e-19  unclonable  6.7014e-24 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1082  protein of unknown function DUF163  43.04 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0291  protein of unknown function DUF163  36.81 
 
 		 160 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0186032  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0780  rRNA large subunit methyltransferase  40 
 
 		 159 aa  107  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.329962  normal  0.230436 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0254  hypothetical protein  41.88 
 
 		 153 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3630  protein of unknown function DUF163  37.34 
 
 		 153 aa  105  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000133759  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0362  hypothetical protein  47.9 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2195  rRNA large subunit methyltransferase  39.38 
 
 		 156 aa  105  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2927  rRNA large subunit methyltransferase  33.33 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2610  rRNA large subunit methyltransferase  33.33 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2326  rRNA large subunit methyltransferase  36.25 
 
 		 159 aa  104  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000881248  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2273  SPOUT methyltransferase superfamily protein  36.88 
 
 		 156 aa  104  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.246773  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1588  rRNA large subunit methyltransferase  38.51 
 
 		 159 aa  104  5e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1993  rRNA large subunit methyltransferase  38.36 
 
 		 156 aa  103  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350093  normal  0.83098 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3859  protein of unknown function DUF163  32.91 
 
 		 154 aa  103  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.161132 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0360  rRNA large subunit methyltransferase  35 
 
 		 159 aa  103  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.615006  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1242  rRNA large subunit methyltransferase  48.04 
 
 		 135 aa  103  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08411  hypothetical protein  32.7 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2576  hypothetical protein  33.75 
 
 		 156 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709351  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2393  rRNA large subunit methyltransferase  38.36 
 
 		 156 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0613  rRNA large subunit methyltransferase  38.75 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_2001  rRNA large subunit methyltransferase  33.54 
 
 		 159 aa  101  3e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.554964  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0556  rRNA large subunit methyltransferase  33.12 
 
 		 159 aa  101  5e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2126  protein of unknown function DUF163  36.65 
 
 		 156 aa  101  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.933959  normal  0.0354668 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0910  rRNA large subunit methyltransferase  33.96 
 
 		 159 aa  99.8  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742092  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0027  rRNA large subunit methyltransferase  35.76 
 
 		 159 aa  99.8  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000611129  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3775  protein of unknown function DUF163  32.91 
 
 		 154 aa  99.8  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455884  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0406  hypothetical protein  39.88 
 
 		 155 aa  99.8  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.57756  normal  0.24642 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0291  rRNA large subunit methyltransferase  31.87 
 
 		 159 aa  99  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.191259  normal  0.200135 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0024  rRNA large subunit methyltransferase  33.33 
 
 		 159 aa  99  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000337367  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0024  rRNA large subunit methyltransferase  33.33 
 
 		 159 aa  99  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000287275  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0244  protein of unknown function DUF163  40 
 
 		 153 aa  98.2  4e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.998147  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20240  conserved hypothetical protein TIGR00246  31.45 
 
 		 159 aa  98.2  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5252  rRNA large subunit methyltransferase  33.94 
 
 		 159 aa  97.8  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0255  protein of unknown function DUF163  40 
 
 		 153 aa  97.1  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0353542  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3999  rRNA large subunit methyltransferase  33.94 
 
 		 159 aa  97.1  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5353  rRNA large subunit methyltransferase  33.94 
 
 		 159 aa  97.1  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000123546  hitchhiker  7.68925e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5312  rRNA large subunit methyltransferase  33.94 
 
 		 159 aa  97.1  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5156  rRNA large subunit methyltransferase  33.94 
 
 		 159 aa  97.1  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0136607  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5708  rRNA large subunit methyltransferase  33.94 
 
 		 159 aa  97.1  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>