288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2545 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2545  hypothetical protein  100 
 
 
140 aa  278  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146464  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0576  hypothetical protein  67.14 
 
 
142 aa  199  9e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.262239 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0057  hypothetical protein  70.92 
 
 
141 aa  199  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1059  rRNA large subunit methyltransferase  44.65 
 
 
160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4731  rRNA large subunit methyltransferase  45.28 
 
 
162 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14241  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2505  rRNA large subunit methyltransferase  42.58 
 
 
156 aa  122  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2794  hypothetical protein  44.87 
 
 
156 aa  121  4e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0088  rRNA large subunit methyltransferase  42.58 
 
 
156 aa  119  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0114414  normal  0.53865 
 
 
-
 
NC_004310  BR1840  rRNA large subunit methyltransferase  40.23 
 
 
174 aa  119  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1773  rRNA large subunit methyltransferase  40.83 
 
 
169 aa  119  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0523  rRNA large subunit methyltransferase  44.03 
 
 
160 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.238061  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0155  rRNA large subunit methyltransferase  47.1 
 
 
155 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4207  rRNA large subunit methyltransferase  40.25 
 
 
160 aa  117  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0447  rRNA large subunit methyltransferase  44.1 
 
 
160 aa  117  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399021  normal  0.903772 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0162  rRNA large subunit methyltransferase  44.03 
 
 
160 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4277  rRNA large subunit methyltransferase  42.59 
 
 
160 aa  116  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2517  rRNA large subunit methyltransferase  44.3 
 
 
155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148651  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4221  rRNA large subunit methyltransferase  42.14 
 
 
162 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.0594421 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3883  rRNA large subunit methyltransferase  39.62 
 
 
160 aa  114  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.320389  normal  0.0327662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0866  rRNA large subunit methyltransferase  45.16 
 
 
155 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2526  rRNA large subunit methyltransferase  45.81 
 
 
155 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.631198  normal  0.935869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0416  rRNA large subunit methyltransferase  40.74 
 
 
160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.852231 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1475  hypothetical protein  41.51 
 
 
160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.710814  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3014  rRNA large subunit methyltransferase  40.25 
 
 
160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0634983  normal  0.903693 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0164  rRNA large subunit methyltransferase  42.14 
 
 
160 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0256  rRNA large subunit methyltransferase  42.24 
 
 
160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0568  rRNA large subunit methyltransferase  42.14 
 
 
185 aa  110  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3453  rRNA large subunit methyltransferase  40.88 
 
 
159 aa  110  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4722  rRNA large subunit methyltransferase  42.86 
 
 
154 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.108427 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2933  rRNA large subunit methyltransferase  38.99 
 
 
170 aa  106  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1551  hypothetical protein  43.14 
 
 
158 aa  106  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2061  rRNA large subunit methyltransferase  41.51 
 
 
160 aa  105  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895166  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0322  rRNA large subunit methyltransferase  37.11 
 
 
160 aa  103  6e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0100  rRNA large subunit methyltransferase  40.62 
 
 
164 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.465557 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0378  hypothetical protein  52.69 
 
 
137 aa  99.8  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0647  rRNA large subunit methyltransferase  38.75 
 
 
160 aa  99.8  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0130752 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2289  rRNA large subunit methyltransferase  39.51 
 
 
165 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.080755 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2564  rRNA large subunit methyltransferase  39.51 
 
 
165 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00528144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2246  rRNA large subunit methyltransferase  40.74 
 
 
165 aa  94  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.37412  normal  0.418544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0171  rRNA large subunit methyltransferase  50 
 
 
156 aa  92.8  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0024  hypothetical protein  37.84 
 
 
146 aa  92.4  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.820161  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1235  hypothetical protein  40.4 
 
 
152 aa  89.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0362  hypothetical protein  45.19 
 
 
156 aa  85.1  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0255  protein of unknown function DUF163  38.31 
 
 
153 aa  84.3  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0353542  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1082  protein of unknown function DUF163  39.47 
 
 
152 aa  84.3  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0254  hypothetical protein  36.36 
 
 
153 aa  83.6  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0486  hypothetical protein  42.86 
 
 
145 aa  83.6  9e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000178654  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0233  hypothetical protein  37.01 
 
 
153 aa  83.6  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.585462  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3630  protein of unknown function DUF163  43.96 
 
 
153 aa  83.6  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000133759  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0592  rRNA large subunit methyltransferase  43.18 
 
 
155 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.338399 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0244  protein of unknown function DUF163  37.66 
 
 
153 aa  82.8  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.998147  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2439  hypothetical protein  46.74 
 
 
173 aa  82  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1183  hypothetical protein  37.76 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1242  rRNA large subunit methyltransferase  42.86 
 
 
135 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2069  rRNA large subunit methyltransferase  47.13 
 
 
156 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  0.214177 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1809  hypothetical protein  35.29 
 
 
156 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.454132  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0979  rRNA large subunit methyltransferase  47.78 
 
 
156 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495213  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1993  rRNA large subunit methyltransferase  39.84 
 
 
156 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350093  normal  0.83098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2216  rRNA large subunit methyltransferase  46.67 
 
 
156 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1687  rRNA large subunit methyltransferase  47.78 
 
 
156 aa  80.5  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2322  rRNA large subunit methyltransferase  47.78 
 
 
156 aa  80.5  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.810756  normal  0.749932 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0613  rRNA large subunit methyltransferase  42.86 
 
 
147 aa  80.9  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2299  rRNA large subunit methyltransferase  47.78 
 
 
156 aa  80.5  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2393  rRNA large subunit methyltransferase  39.84 
 
 
156 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147472  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5626  rRNA large subunit methyltransferase  47.78 
 
 
156 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1010  rRNA large subunit methyltransferase  38.99 
 
 
156 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2337  rRNA large subunit methyltransferase  46.67 
 
 
156 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.390809  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3264  rRNA large subunit methyltransferase  47.13 
 
 
156 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0353  rRNA large subunit methyltransferase  37.18 
 
 
156 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389517  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09251  hypothetical protein  31.62 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0797  rRNA large subunit methyltransferase  37.18 
 
 
156 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1235  rRNA large subunit methyltransferase  37.18 
 
 
156 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1889  rRNA large subunit methyltransferase  37.18 
 
 
156 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.841126  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2894  protein of unknown function DUF163  30.43 
 
 
159 aa  80.1  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.577579  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1379  rRNA large subunit methyltransferase  37.18 
 
 
156 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.588338  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1287  hypothetical protein  37.06 
 
 
144 aa  79.7  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1226  rRNA large subunit methyltransferase  37.18 
 
 
156 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1070  rRNA large subunit methyltransferase  37.18 
 
 
156 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503879  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1296  rRNA large subunit methyltransferase  45.98 
 
 
156 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433807  normal  0.073248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2273  SPOUT methyltransferase superfamily protein  38.46 
 
 
156 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.246773  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2139  hypothetical protein  44.33 
 
 
154 aa  79  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.895316  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2126  protein of unknown function DUF163  42.22 
 
 
156 aa  79  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.933959  normal  0.0354668 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0291  rRNA large subunit methyltransferase  26.25 
 
 
159 aa  77.8  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.191259  normal  0.200135 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2467  hypothetical protein  30.82 
 
 
159 aa  77.4  0.00000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.574307  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3345  hypothetical protein  39.81 
 
 
159 aa  77.4  0.00000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0130226  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2326  rRNA large subunit methyltransferase  30.82 
 
 
159 aa  77.4  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000881248  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1588  rRNA large subunit methyltransferase  32.08 
 
 
159 aa  77.4  0.00000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3525  rRNA large subunit methyltransferase  45.05 
 
 
155 aa  77  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.144296  normal  0.0487834 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0291  protein of unknown function DUF163  31.9 
 
 
160 aa  77  0.00000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0186032  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3208  hypothetical protein  41.67 
 
 
153 aa  77  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0200038  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3387  rRNA large subunit methyltransferase  31.45 
 
 
159 aa  77  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0118  protein of unknown function DUF163  32.69 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.825891  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2195  rRNA large subunit methyltransferase  39.84 
 
 
156 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1077  protein of unknown function DUF163  36.46 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2907  rRNA large subunit methyltransferase  42.73 
 
 
156 aa  75.5  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3202  hypothetical protein  41.67 
 
 
154 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  2.69553e-19  unclonable  6.7014e-24 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16031  hypothetical protein  36.17 
 
 
150 aa  75.5  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1948  rRNA large subunit methyltransferase  43.96 
 
 
156 aa  75.9  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0171  conserved hypothetical protein TIGR00246  26.42 
 
 
159 aa  74.7  0.0000000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1973  rRNA large subunit methyltransferase  43.96 
 
 
155 aa  74.7  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.597244 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>