More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3955 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3524  peptide chain release factor 1  87.43 
 
 		 359 aa  638    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0303051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3955  peptide chain release factor 1  100 
 
 		 359 aa  721    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3816  peptide chain release factor 1  87.71 
 
 		 359 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2502  peptide chain release factor 1  84.92 
 
 		 360 aa  630  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.135893 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1036  peptide chain release factor 1  75.28 
 
 		 357 aa  551  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.125967  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1800  peptide chain release factor 1  74.86 
 
 		 377 aa  549  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1869  peptide chain release factor 1  74.86 
 
 		 359 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2999  peptide chain release factor 1  72.42 
 
 		 359 aa  541  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0359  peptide chain release factor 1  69.08 
 
 		 359 aa  522  1e-147  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1564  peptide chain release factor 1  65.34 
 
 		 360 aa  474  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370048 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1733  peptide chain release factor 1  64.77 
 
 		 351 aa  461  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.520333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0889  peptide chain release factor 1  65.62 
 
 		 358 aa  459  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491137  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0894  peptide chain release factor 1  64.12 
 
 		 351 aa  457  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188141  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0377  peptide chain release factor 1  61.13 
 
 		 358 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.117375  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0470  peptide chain release factor 1  61.17 
 
 		 361 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.807242  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0941  peptide chain release factor 1  62.15 
 
 		 350 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.301393 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2907  peptide chain release factor 1  63.64 
 
 		 351 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.440512  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0075  peptide chain release factor 1  61.5 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.439429  normal  0.176298 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1806  peptide chain release factor 1  61.39 
 
 		 354 aa  451  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0496443  normal  0.210435 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0097  peptide chain release factor 1  62.05 
 
 		 361 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.208503 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1552  peptide chain release factor 1  63.64 
 
 		 351 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00635005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0137  peptide chain release factor 1  62.67 
 
 		 361 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.302124  normal  0.125169 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7604  peptide chain release factor 1  61.32 
 
 		 361 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0610  peptide chain release factor 1  60.39 
 
 		 361 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0905177  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1113  peptide chain release factor 1  63.35 
 
 		 351 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.0276117 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1747  peptide chain release factor 1  60.66 
 
 		 355 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.75893 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2623  peptide chain release factor 1  60 
 
 		 360 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.481953 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0955  peptide chain release factor 1  63.51 
 
 		 361 aa  432  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0150049  normal  0.0330786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0918  peptide chain release factor 1  63.51 
 
 		 361 aa  432  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.629192 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0894  peptide chain release factor 1  62.95 
 
 		 361 aa  430  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2530  peptide chain release factor 1  59.5 
 
 		 360 aa  419  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4748  peptide chain release factor 1  61.84 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.681376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0112  peptide chain release factor 1  61.84 
 
 		 359 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0980  peptide chain release factor 1  64.11 
 
 		 334 aa  416  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2714  peptide chain release factor 1  60.58 
 
 		 355 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.64557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1424  peptide chain release factor 1  59.22 
 
 		 360 aa  412  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.997988  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0512  peptide chain release factor 1  60.66 
 
 		 361 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  56.98 
 
 		 356 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  56.06 
 
 		 361 aa  402  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0646  peptide chain release factor 1  57.02 
 
 		 357 aa  402  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.308235  normal  0.249903 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  56.06 
 
 		 361 aa  402  1e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299484  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3804  peptide chain release factor 1  62.89 
 
 		 359 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0137  peptide chain release factor 1  60.11 
 
 		 352 aa  400  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.490525  normal  0.171192 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3709  peptide chain release factor 1  62.58 
 
 		 359 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.231674  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3645  peptide chain release factor 1  57.18 
 
 		 361 aa  398  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00304909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2593  peptide chain release factor 1  57.58 
 
 		 360 aa  396  1e-109  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000361971  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  57.82 
 
 		 355 aa  395  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0750  peptide chain release factor 1  60.55 
 
 		 354 aa  395  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322203  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0288  peptide chain release factor 1  57.1 
 
 		 354 aa  395  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2299  peptide chain release factor 1  58.86 
 
 		 356 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0451  peptide chain release factor 1  57.02 
 
 		 357 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0442  peptide chain release factor 1  53.56 
 
 		 359 aa  393  1e-108  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.34864  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0597  peptide chain release factor 1  53.67 
 
 		 359 aa  393  1e-108  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.349785  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  56.77 
 
 		 355 aa  393  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  55.93 
 
 		 360 aa  389  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4061  peptide chain release factor 1  58.66 
 
 		 355 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.677357  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  53.11 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  53.11 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1060  peptide chain release factor 1  55.46 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  55.77 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0805  peptide chain release factor 1  52.89 
 
 		 367 aa  385  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0675137  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3146  peptide chain release factor 1  56.55 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0205917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2647  peptide chain release factor 1  60.52 
 
 		 354 aa  385  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00109947  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1444  peptide chain release factor 1  60 
 
 		 357 aa  387  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  54.06 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  54.87 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0950  peptide chain release factor 1  53.63 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.568062  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  53.22 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0340  peptide chain release factor 1  56.3 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2791  peptide chain release factor 1  56.32 
 
 		 353 aa  382  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0247  peptide chain release factor 1  52.09 
 
 		 359 aa  384  1e-105  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.736319  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0509  peptide chain release factor 1  56.4 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  57.75 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  55.9 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0821  peptide chain release factor 1  54.21 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.16719  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0994  peptide chain release factor 1  55.71 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2466  peptide chain release factor 1  53.04 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000799175  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2176  peptide chain release factor 1  53.04 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000328118  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  56.42 
 
 		 355 aa  378  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0733  peptide chain release factor 1  53.5 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0255  peptide chain release factor 1  51 
 
 		 359 aa  380  1e-104  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018292  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2397  peptide chain release factor 1  54.93 
 
 		 356 aa  379  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.456174 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3251  peptide chain release factor 1  57.14 
 
 		 360 aa  381  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.227833  normal  0.0955024 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  53.5 
 
 		 360 aa  381  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0761  peptide chain release factor 1  53.5 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.169079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2798  peptide chain release factor 1  55.15 
 
 		 360 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2154  peptide chain release factor 1  52.69 
 
 		 358 aa  377  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.659693  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1805  peptide chain release factor 1  53.8 
 
 		 355 aa  375  1e-103  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0117611  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1725  peptide chain release factor 1  52.41 
 
 		 358 aa  375  1e-103  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00127994  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  53.91 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2901  peptide chain release factor 1  54.87 
 
 		 360 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1109  peptide chain release factor 1  54.34 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  54.06 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3522  peptide chain release factor 1  54.37 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217548  normal  0.148888 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2641  peptide chain release factor 1  53.59 
 
 		 358 aa  377  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2192  peptide chain release factor 1  52.69 
 
 		 358 aa  377  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.267751  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4472  peptide chain release factor 1  57.45 
 
 		 359 aa  377  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2397  peptide chain release factor 1  53.67 
 
 		 355 aa  375  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000706535  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61700  peptide chain release factor 1  58.7 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3170  peptide chain release factor 1  53.8 
 
 		 356 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000384415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>