More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1733 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1733  peptide chain release factor 1  100 
 
 		 351 aa  699    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.520333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1113  peptide chain release factor 1  80.06 
 
 		 351 aa  547  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.0276117 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2907  peptide chain release factor 1  79.43 
 
 		 351 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.440512  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1552  peptide chain release factor 1  79.71 
 
 		 351 aa  547  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00635005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1806  peptide chain release factor 1  75.43 
 
 		 354 aa  538  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0496443  normal  0.210435 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0941  peptide chain release factor 1  73.93 
 
 		 350 aa  536  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.301393 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0894  peptide chain release factor 1  72.91 
 
 		 351 aa  519  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188141  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2502  peptide chain release factor 1  67.14 
 
 		 360 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.135893 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3816  peptide chain release factor 1  66.48 
 
 		 359 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3524  peptide chain release factor 1  66.19 
 
 		 359 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0303051  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1869  peptide chain release factor 1  65.06 
 
 		 359 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1036  peptide chain release factor 1  64.49 
 
 		 357 aa  458  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.125967  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1800  peptide chain release factor 1  65.06 
 
 		 377 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3955  peptide chain release factor 1  64.77 
 
 		 359 aa  461  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0359  peptide chain release factor 1  62.75 
 
 		 359 aa  454  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2999  peptide chain release factor 1  64 
 
 		 359 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0646  peptide chain release factor 1  62.68 
 
 		 357 aa  432  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.308235  normal  0.249903 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2714  peptide chain release factor 1  64.08 
 
 		 355 aa  429  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.64557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1747  peptide chain release factor 1  61.32 
 
 		 355 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.75893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0288  peptide chain release factor 1  61.76 
 
 		 354 aa  421  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1564  peptide chain release factor 1  60.45 
 
 		 360 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370048 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0137  peptide chain release factor 1  61.65 
 
 		 361 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.302124  normal  0.125169 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2530  peptide chain release factor 1  59.94 
 
 		 360 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0750  peptide chain release factor 1  60.17 
 
 		 354 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322203  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0980  peptide chain release factor 1  62.84 
 
 		 334 aa  413  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2623  peptide chain release factor 1  60.81 
 
 		 360 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.481953 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0377  peptide chain release factor 1  58.36 
 
 		 358 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.117375  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0610  peptide chain release factor 1  58.92 
 
 		 361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0905177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0097  peptide chain release factor 1  58.52 
 
 		 361 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.208503 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0470  peptide chain release factor 1  59.09 
 
 		 361 aa  404  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.807242  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3146  peptide chain release factor 1  59.32 
 
 		 360 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0205917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2798  peptide chain release factor 1  59.04 
 
 		 360 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  57.93 
 
 		 360 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0889  peptide chain release factor 1  58.82 
 
 		 358 aa  399  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491137  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  57.02 
 
 		 360 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0894  peptide chain release factor 1  60.91 
 
 		 361 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3645  peptide chain release factor 1  57.94 
 
 		 361 aa  401  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00304909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7604  peptide chain release factor 1  58.84 
 
 		 361 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2901  peptide chain release factor 1  58.76 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0955  peptide chain release factor 1  60.91 
 
 		 361 aa  396  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0150049  normal  0.0330786 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0821  peptide chain release factor 1  58.62 
 
 		 357 aa  397  1e-109  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.16719  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4748  peptide chain release factor 1  61.54 
 
 		 359 aa  397  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.681376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0075  peptide chain release factor 1  57.67 
 
 		 361 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.439429  normal  0.176298 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0597  peptide chain release factor 1  54.7 
 
 		 359 aa  395  1e-109  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.349785  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0918  peptide chain release factor 1  60.91 
 
 		 361 aa  396  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.629192 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1424  peptide chain release factor 1  60.63 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.997988  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0137  peptide chain release factor 1  60.47 
 
 		 352 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.490525  normal  0.171192 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0442  peptide chain release factor 1  57.32 
 
 		 359 aa  394  1e-108  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.34864  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0112  peptide chain release factor 1  60.68 
 
 		 359 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  55.37 
 
 		 360 aa  389  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3170  peptide chain release factor 1  57.51 
 
 		 356 aa  389  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000384415  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  55.56 
 
 		 361 aa  384  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299484  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  55.56 
 
 		 361 aa  384  1e-105  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2930  peptide chain release factor 1  55.59 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0406  peptide chain release factor 1  54.83 
 
 		 367 aa  381  1e-105  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.795353  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  54.44 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2888  peptide chain release factor 1  54.73 
 
 		 360 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.362694 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0504  peptide chain release factor 1  55.3 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3603  peptide chain release factor 1  55.59 
 
 		 360 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3590  peptide chain release factor 1  55.59 
 
 		 360 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.637465  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0994  peptide chain release factor 1  57.95 
 
 		 363 aa  379  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1943  peptide chain release factor 1  55.3 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  54.44 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3614  peptide chain release factor 1  55.59 
 
 		 360 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528922  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0972  peptide chain release factor 1  55.3 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0793395  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  54.44 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0676  peptide chain release factor 1  55.3 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1051  peptide chain release factor 1  55.99 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0598725  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0247  peptide chain release factor 1  53.14 
 
 		 359 aa  375  1e-103  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.736319  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  54.11 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3597  peptide chain release factor 1  54.15 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0436  peptide chain release factor 1  54.96 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0278  peptide chain release factor 1  56.66 
 
 		 361 aa  375  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.728879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1053  peptide chain release factor 1  53.67 
 
 		 362 aa  374  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.520226  normal  0.650406 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  54.6 
 
 		 356 aa  374  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1411  peptide chain release factor 1  53.67 
 
 		 362 aa  373  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.768001  normal  0.731774 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0414  peptide chain release factor 1  57.37 
 
 		 360 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.592527  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02573  peptide chain release factor 1  55.56 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0263327  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0440  peptide chain release factor 1  57.37 
 
 		 360 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.518401 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  53.07 
 
 		 363 aa  371  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1044  peptide chain release factor 1  55.3 
 
 		 364 aa  369  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1725  peptide chain release factor 1  52.12 
 
 		 358 aa  371  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00127994  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  52.27 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  52.27 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0509  peptide chain release factor 1  54.15 
 
 		 360 aa  369  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  52.84 
 
 		 355 aa  368  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2397  peptide chain release factor 1  55.52 
 
 		 356 aa  370  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.456174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  55.71 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  53.69 
 
 		 355 aa  369  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3522  peptide chain release factor 1  54.11 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217548  normal  0.148888 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5507  peptide chain release factor 1  53.03 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000104378  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0451  peptide chain release factor 1  53.31 
 
 		 357 aa  366  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5456  peptide chain release factor 1  53.03 
 
 		 355 aa  365  1e-100  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000128855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5029  peptide chain release factor 1  53.03 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000000328302  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5572  peptide chain release factor 1  53.03 
 
 		 355 aa  365  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100734  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1280  peptide chain release factor 1  54.37 
 
 		 366 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0512  peptide chain release factor 1  57.51 
 
 		 361 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3850  peptide chain release factor 1  53.71 
 
 		 355 aa  367  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000369919  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5452  peptide chain release factor 1  52.72 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000502201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>