141 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
PP_0111  CDS  NC_002947  116587  117219  633  electron transport protein SCO1/SenC  NP_742281  decreased coverage  0.00321796  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0223  CDS  NC_002947  275946  277166  1221  DszC family monooxygenase  NP_742391  decreased coverage  0.00885592  hitchhiker  0.00679283  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0233  CDS  NC_002947  287135  288106  972  taurine ABC transporter, periplasmic binding protein  NP_742401  normal  0.786536  decreased coverage  0.000160369  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0234  CDS  NC_002947  288581  289915  1335  outer membrane porin  NP_742402  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0235  CDS  NC_002947  290081  290719  639  peroxidase  NP_742403  normal  decreased coverage  0.000145183  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0279  CDS  NC_002947  336543  337748  1206  hypothetical protein  NP_742446  decreased coverage  0.00141559  hitchhiker  0.000197761  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0315  CDS  NC_002947  378120  379412  1293  Rieske (2Fe-2S) domain protein  NP_742482  normal  0.276992  decreased coverage  2.64373e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0316  CDS  NC_002947  379702  380808  1107  oxidoreductase FAD-binding domain protein  NP_742483  normal  0.482566  decreased coverage  2.417e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0317  CDS  NC_002947  380917  382542  1626  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  NP_742484  normal  0.365849  decreased coverage  3.42214e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0318  CDS  NC_002947  382809  383039  231  hypothetical protein  NP_742485  normal  decreased coverage  2.33252e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0319  CDS  NC_002947  383036  383338  303  hypothetical protein  NP_742486  normal  decreased coverage  2.31121e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0320  CDS  NC_002947  383521  385458  1938  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  NP_742487  normal  decreased coverage  4.09011e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0321  CDS  NC_002947  385493  386533  1041  threonine aldolase  NP_742488  normal  decreased coverage  2.81363e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0322  CDS  NC_002947  386859  388112  1254  serine hydroxymethyltransferase  NP_742489  normal  0.457346  decreased coverage  2.86459e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0439  CDS  NC_002947  531752  532216  465  hypothetical protein  NP_742605  decreased coverage  0.000459183  unclonable  2.25098e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0454  CDS  NC_002947  551051  551686  636  50S ribosomal protein L3  NP_742620  decreased coverage  0.00952841  unclonable  2.09689e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0468  CDS  NC_002947  557464  557856  393  30S ribosomal protein S8  NP_742634  decreased coverage  5.37928e-06  hitchhiker  3.17372e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0469  CDS  NC_002947  557869  558402  534  50S ribosomal protein L6  NP_742635  decreased coverage  2.06818e-05  hitchhiker  2.93736e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0504  CDS  NC_002947  593454  594137  684  OmpW family protein  NP_742668  decreased coverage  0.00488825  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0749  CDS  NC_002947  867071  867541  471  hypothetical protein  NP_742910  decreased coverage  0.0058292  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0828  CDS  NC_002947  965821  966792  972  hypothetical protein  NP_742989  normal  decreased coverage  0.00926098  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0829  CDS  NC_002947  967033  967329  297  hypothetical protein  NP_742990  normal  decreased coverage  0.00761962  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0830  CDS  NC_002947  967340  967819  480  acetyltransferase  NP_742991  normal  decreased coverage  0.00814406  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0831  CDS  NC_002947  967987  968718  732  hypothetical protein  NP_742992  normal  decreased coverage  0.00859661  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0876  CDS  NC_002947  1016279  1017103  825  AraC family transcriptional regulator  NP_743037  decreased coverage  0.00939857  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1184  CDS  NC_002947  1359212  1360009  798  dienelactone hydrolase  NP_743344  decreased coverage  0.00788305  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1342  CDS  NC_002947  1528974  1530170  1197  cell division protein FtsZ  NP_743501  decreased coverage  0.00615474  decreased coverage  9.64592e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1343  CDS  NC_002947  1530283  1531194  912  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  NP_743502  hitchhiker  0.00568936  decreased coverage  7.47731e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1344  CDS  NC_002947  1531242  1531871  630  hypothetical protein  NP_743503  normal  0.444258  decreased coverage  6.72782e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1345  CDS  NC_002947  1532070  1534805  2736  preprotein translocase subunit SecA  NP_743504  normal  0.478182  decreased coverage  0.000123273  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1354  CDS  NC_002947  1543193  1544437  1245  major facilitator transporter  NP_743513  decreased coverage  0.00928923  normal  0.137177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1359  CDS  NC_002947  1548550  1549011  462  FxsA  NP_743518  decreased coverage  0.00729111  normal  0.184311  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1366  CDS  NC_002947  1555432  1555809  378  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  NP_743525  decreased coverage  4.78135e-05  normal  0.173651  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1433  CDS  NC_002947  1634066  1634755  690  ribonuclease III  NP_743591  decreased coverage  0.00353608  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1490  CDS  NC_002947  1694031  1695305  1275  methyltransferase, CheR-like  NP_743648  decreased coverage  0.00772145  normal  0.942739  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1491  CDS  NC_002947  1695320  1695967  648  CheW domain-containing protein  NP_743649  decreased coverage  0.000195231  normal  0.824381  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1498  CDS  NC_002947  1704061  1704609  549  putative lipoprotein  NP_743655  decreased coverage  0.00314767  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1551  CDS  NC_002947  1750638  1751492  855  phage replication protein O, putative  NP_743708  normal  decreased coverage  3.36071e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1552  CDS  NC_002947  1751590  1752294  705  IstB domain protein ATP-binding protein  NP_743709  normal  decreased coverage  3.1305e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1553  CDS  NC_002947  1752297  1752593  297  hypothetical protein  NP_743710  normal  decreased coverage  3.04739e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1554  CDS  NC_002947  1752590  1753012  423  hypothetical protein  NP_743711  normal  0.272176  decreased coverage  3.24297e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1555  CDS  NC_002947  1753027  1754298  1272  phage integrase, putative  NP_743712  normal  0.206278  decreased coverage  4.7649e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1565  CDS  NC_002947  1758834  1760129  1296  HK97 family phage portal protein  NP_743722  normal  decreased coverage  6.49364e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1566  CDS  NC_002947  1760126  1760827  702  head maturation protease, putative  NP_743723  normal  decreased coverage  5.25183e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1567  CDS  NC_002947  1760849  1762093  1245  HK97 family phage major capsid protein  NP_743724  normal  0.944174  decreased coverage  6.90857e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1568  CDS  NC_002947  1762135  1762359  225  hypothetical protein  NP_743725  normal  decreased coverage  4.80323e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1771  CDS  NC_002947  1978571  1979257  687  cytidylate kinase  NP_743927  decreased coverage  0.00506628  normal  0.0452484  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1778  CDS  NC_002947  1986743  1987537  795  lipopolysaccharide ABC export system, permease protein  NP_743934  normal  0.324664  decreased coverage  0.00255236  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1779  CDS  NC_002947  1987534  1988751  1218  lipopolysaccharide ABC export system, ATP-binding protein  NP_743935  normal  decreased coverage  0.0028065  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1780  CDS  NC_002947  1988652  1993559  4908  mannosyltransferase, putative  NP_743936  normal  0.731336  decreased coverage  0.0078788  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1781  CDS  NC_002947  1993657  1994745  1089  O-acyltransferase, putative  NP_743937  normal  0.957861  decreased coverage  0.0028065  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1823  CDS  NC_002947  2049328  2049900  573  GTP cyclohydrolase I  NP_743978  decreased coverage  0.00310183  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2050  CDS  NC_002947  2332617  2333069  453  hypothetical protein  NP_744200  decreased coverage  0.00110893  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2101  CDS  NC_002947  2399656  2400279  624  LuxR family DNA-binding response regulator  NP_744251  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2151  CDS  NC_002947  2458130  2459524  1395  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  NP_744300  normal  0.148708  decreased coverage  0.00883462  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2152  CDS  NC_002947  2459573  2460289  717  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  NP_744301  normal  decreased coverage  0.00746695  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2153  CDS  NC_002947  2460321  2460905  585  type IV pilus assembly PilZ  NP_744302  normal  decreased coverage  0.00727048  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2159  CDS  NC_002947  2466512  2467039  528  plastocyanin/azurin family copper binding protein  NP_744308  decreased coverage  0.0076427  normal  0.727347  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2239  CDS  NC_002947  2547311  2548198  888  EamA family protein  NP_744388  decreased coverage  0.0001908  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2262  CDS  NC_002947  2580731  2581642  912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  NP_744411  normal  decreased coverage  0.000854732  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2263  CDS  NC_002947  2581646  2582446  801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  NP_744412  normal  decreased coverage  0.000192828  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2264  CDS  NC_002947  2582771  2584510  1740  extracellular solute-binding protein, family 1  NP_744413  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2265  CDS  NC_002947  2584637  2585491  855  bifunctional 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10-methylene-tetrahydrofolate cyclohydrolase  NP_744414  normal  0.382632  decreased coverage  0.000766726  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2310  CDS  NC_002947  2639175  2640653  1479  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  NP_744459  normal  0.178377  decreased coverage  7.73933e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2408  CDS  NC_002947  2751171  2752448  1278  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  NP_744556  decreased coverage  0.00195815  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2467  CDS  NC_002947  2812125  2812319  195  50S ribosomal protein L35  NP_744615  decreased coverage  0.00110477  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2474  CDS  NC_002947  2820708  2821328  621  glutathione S-transferase family protein  NP_744622  decreased coverage  0.00158542  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2475  CDS  NC_002947  2821719  2822312  594  TetR family transcriptional regulator  NP_744623  decreased coverage  0.000212819  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2545  CDS  NC_002947  2890658  2891476  819  trans-aconitate 2-methyltransferase  NP_744690  normal  decreased coverage  0.00229105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2546  CDS  NC_002947  2891466  2891837  372  hypothetical protein  NP_744691  normal  0.474537  decreased coverage  0.00618755  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2547  CDS  NC_002947  2891895  2892764  870  LysR family transcriptional regulator  NP_744692  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2548  CDS  NC_002947  2893008  2894324  1317  major facilitator transporter  NP_744693  normal  0.0350474  decreased coverage  0.00746695  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2549  CDS  NC_002947  2894339  2895730  1392  hypothetical protein  NP_744694  normal  0.165188  decreased coverage  0.00741775  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2550  CDS  NC_002947  2895828  2896541  714  hypothetical protein  NP_744695  normal  0.390667  decreased coverage  0.00627186  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2551  CDS  NC_002947  2896679  2897623  945  LysR family transcriptional regulator  NP_744696  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2552  CDS  NC_002947  2897773  2899185  1413  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  NP_744697  normal  decreased coverage  0.00803752  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2553  CDS  NC_002947  2899253  2900626  1374  major facilitator family transporter  NP_744698  normal  0.0427116  decreased coverage  0.00798136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2554  CDS  NC_002947  2900916  2902823  1908  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  NP_744699  normal  decreased coverage  0.00914053  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2555  CDS  NC_002947  2902892  2903572  681  methyltransferase type 12  NP_744700  normal  0.0699179  decreased coverage  0.00777364  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2680  CDS  NC_002947  3068909  3070429  1521  aldehyde dehydrogenase family protein  NP_744824  decreased coverage  0.00858732  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2796  CDS  NC_002947  3186062  3186385  324  hypothetical protein  NP_744940  decreased coverage  0.00736684  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2806  CDS  NC_002947  3198930  3199511  582  TetR family transcriptional regulator  NP_744950  decreased coverage  0.00749048  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2807  CDS  NC_002947  3199762  3200649  888  hypothetical protein  NP_744951  decreased coverage  0.00870169  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2837  CDS  NC_002947  3238867  3240177  1311  major facilitator family transporter  NP_744981  decreased coverage  0.00238614  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2889  CDS  NC_002947  3286504  3287256  753  putative transmembrane anti-sigma factor  NP_745033  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2890  CDS  NC_002947  3287297  3288109  813  exonuclease III  NP_745034  decreased coverage  0.00987023  normal  0.852311  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2891  CDS  NC_002947  3288245  3288922  678  acetyltransferase  NP_745035  decreased coverage  0.00698581  normal  0.826178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2951  CDS  NC_002947  3355262  3355828  567  TetR family transcriptional regulator  NP_745095  normal  decreased coverage  0.00777364  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2952  CDS  NC_002947  3355954  3356844  891  LysR family transcriptional regulator  NP_745096  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_2997  CDS  NC_002947  3393504  3394403  900  LysR family transcriptional regulator  NP_745141  normal  decreased coverage  0.00848262  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3120  CDS  NC_002947  3531465  3532226  762  aldo/keto reductase family oxidoreductase  NP_745264  decreased coverage  0.00828042  normal  0.0825689  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3198  CDS  NC_002947  3627730  3628068  339  ferredoxin, 2Fe-2S  NP_745342  decreased coverage  0.0027175  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3368  CDS  NC_002947  3811674  3812858  1185  major facilitator family transporter  NP_745508  decreased coverage  0.00535921  normal  0.0620649  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3369  CDS  NC_002947  3812921  3813772  852  LysR family transcriptional regulator  NP_745509  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3523  CDS  NC_002947  3995963  3996319  357  hypothetical protein  NP_745660  decreased coverage  0.00722486  normal  0.745281  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3618  CDS  NC_002947  4112214  4113107  894  hypothetical protein  NP_745754  decreased coverage  0.00152122  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3619  CDS  NC_002947  4113353  4114249  897  hypothetical protein  NP_745755  decreased coverage  0.00105207  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3648  CDS  NC_002947  4143966  4144355  390  carboxymuconolactone decarboxylase  NP_745784  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3692  CDS  NC_002947  4208044  4210719  2676  hypothetical protein  NP_745825  normal  decreased coverage  0.000374969  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_3693  CDS  NC_002947  4211122  4211487  366  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  NP_745826  normal  0.643108  decreased coverage  0.000194447  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>