169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2239 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2239  EamA family protein  100 
 
 		 295 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0001908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3499  hypothetical protein  98.98 
 
 		 295 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000135558  normal  0.669558 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1863  hypothetical protein  95.59 
 
 		 295 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000217515  normal  0.404567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3433  hypothetical protein  86.44 
 
 		 295 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302271  normal  0.447533 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3904  hypothetical protein  78.64 
 
 		 295 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000544421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4022  hypothetical protein  73.99 
 
 		 297 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46700  hypothetical protein  73.65 
 
 		 297 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.022597  decreased coverage  0.000000235263 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3217  hypothetical protein  68.47 
 
 		 295 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00240946  normal  0.367781 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2875  threonine and homoserine efflux system  61.37 
 
 		 293 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00290146  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0196  hypothetical protein  59.93 
 
 		 305 aa  329  3e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.389436  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1605  threonine and homoserine efflux system  64.58 
 
 		 295 aa  329  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140132  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1500  threonine and homoserine efflux system  64.58 
 
 		 295 aa  328  7e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.6519e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1768  threonine and homoserine efflux system  64.58 
 
 		 293 aa  328  7e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000270946  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0837  threonine and homoserine efflux system  61.31 
 
 		 295 aa  328  8e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0124814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2514  hypothetical protein  62.63 
 
 		 283 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.292339  normal  0.385218 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00780  threonine and homoserine efflux system  61.31 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2829  protein of unknown function DUF6 transmembrane  61.31 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0520778  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00797  hypothetical protein  61.31 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2535  threonine and homoserine efflux system  61.31 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000316984  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0870  threonine and homoserine efflux system  61.31 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000096225  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0883  threonine and homoserine efflux system  61.31 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000921417  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0962  threonine and homoserine efflux system  61.31 
 
 		 299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2830  threonine and homoserine efflux system  61.31 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1483  threonine and homoserine efflux system  62.59 
 
 		 295 aa  314  9e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0898  threonine and homoserine efflux system  60.14 
 
 		 295 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0870  threonine and homoserine efflux system  60.14 
 
 		 295 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0961  threonine and homoserine efflux system  59.78 
 
 		 295 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0982  threonine and homoserine efflux system  59.78 
 
 		 295 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1587  threonine and homoserine efflux system  60.22 
 
 		 295 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00642491  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1300  threonine and homoserine efflux system  57.65 
 
 		 295 aa  310  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.332206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4855  hypothetical protein  57.04 
 
 		 285 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.670587  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0928  threonine and homoserine efflux system  58.48 
 
 		 286 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2390  protein of unknown function DUF6 transmembrane  56.45 
 
 		 288 aa  294  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4814  threonine and homoserine efflux system  55.99 
 
 		 288 aa  291  6e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.369871  normal  0.894599 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  57.48 
 
 		 293 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.232417  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3085  hypothetical protein  54.06 
 
 		 295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0753098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0068  hypothetical protein  53.28 
 
 		 289 aa  272  6e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1964  hypothetical protein  54.81 
 
 		 314 aa  269  5e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0929  hypothetical protein  50.93 
 
 		 292 aa  264  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2634  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.35 
 
 		 280 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2617  hypothetical protein  54.74 
 
 		 289 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01032  Transporter involved in threonine and homoserine efflux  48.03 
 
 		 290 aa  261  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.614417  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4738  hypothetical protein  51.26 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1861  hypothetical protein  52.54 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.654734  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2802  hypothetical protein  51.2 
 
 		 278 aa  248  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.10684  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8572  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.25 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257363  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3044  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.8 
 
 		 285 aa  244  9e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3407  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.82 
 
 		 291 aa  239  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.615579 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2840  hypothetical protein  50.73 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.316251  normal  0.316711 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2637  hypothetical protein  48.31 
 
 		 320 aa  238  5.999999999999999e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000608588  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0094  hypothetical protein  48.97 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.73224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0646  hypothetical protein  55.6 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.140309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3181  hypothetical protein  47.71 
 
 		 281 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0657  protein of unknown function DUF6 transmembrane  54.15 
 
 		 296 aa  226  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.140876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0625  protein of unknown function DUF6 transmembrane  55.83 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.378272  normal  0.900274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2444  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.43 
 
 		 282 aa  216  5e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1197  hypothetical protein  50.35 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.514706 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3928  hypothetical protein  53.62 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.501221  normal  0.176255 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2766  hypothetical protein  40.88 
 
 		 281 aa  209  6e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.830467  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3168  hypothetical protein  47.62 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.302712  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5994  hypothetical protein  42.61 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0942193  normal  0.150188 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5800  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.52 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.33827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2958  hypothetical protein  51.75 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.675669 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2507  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.29 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3425  hypothetical protein  40.34 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17200  predicted permease, DMT superfamily  38.99 
 
 		 358 aa  174  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0071959  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2969  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.48 
 
 		 315 aa  168  8e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2981  DMT family permease  39.85 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190114  normal  0.767107 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0130  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.93 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.310608 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1460  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.69 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1976  hypothetical protein  41.11 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.487154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4527  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.52 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0952883 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1578  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.99 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0975  hypothetical protein  40.07 
 
 		 283 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000600657 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1846  hypothetical protein  39.52 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000284209 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4262  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.26 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2172  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.01 
 
 		 314 aa  142  5e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1994  putative integral membrane protein  41.87 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4267  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.72 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0357814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3392  hypothetical protein  38.22 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.529802  normal  0.576892 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2658  hypothetical protein  35.68 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2703  hypothetical protein  35.68 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.75974  normal  0.0221892 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2688  hypothetical protein  35.68 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13040  predicted permease, DMT superfamily  39.91 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0141388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2563  hypothetical protein  38.02 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2608  hypothetical protein  38.02 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2602  hypothetical protein  37.6 
 
 		 277 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02390  predicted permease, DMT superfamily  37.68 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.857756  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01360  predicted permease, DMT superfamily  34.26 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.554543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7811  hypothetical protein  32.99 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0100  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.94 
 
 		 330 aa  115  6e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2218  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.08 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000223898  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3478  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.02 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1557  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.69 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5689  hypothetical protein  29.15 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0190255  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3133  hypothetical protein  39.26 
 
 		 288 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.786366  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2072  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.88 
 
 		 327 aa  108  8.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.61 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3333  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.54 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.222315  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3433  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.86 
 
 		 330 aa  102  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>