145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1565 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  100 
 
 		 431 aa  902    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  97.91 
 
 		 444 aa  885    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  56.48 
 
 		 416 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  46.99 
 
 		 432 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  47.38 
 
 		 434 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  45.73 
 
 		 429 aa  358  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  45.06 
 
 		 434 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  44.16 
 
 		 434 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  42.96 
 
 		 445 aa  320  3e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  42.96 
 
 		 445 aa  319  5e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  41.79 
 
 		 416 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  41.79 
 
 		 416 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  41.75 
 
 		 407 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  42.86 
 
 		 445 aa  295  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  44.73 
 
 		 434 aa  279  6e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  39.39 
 
 		 401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  37.59 
 
 		 420 aa  256  4e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  36.46 
 
 		 444 aa  256  7e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  37.63 
 
 		 421 aa  250  4e-65  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  37.53 
 
 		 440 aa  245  9e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  37.31 
 
 		 414 aa  238  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  37.31 
 
 		 414 aa  238  1e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  34.54 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  34.9 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  34.35 
 
 		 413 aa  224  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  36.36 
 
 		 425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  36.36 
 
 		 425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  36.36 
 
 		 425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  36.19 
 
 		 412 aa  213  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  35.83 
 
 		 384 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  32.13 
 
 		 408 aa  196  6e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  35.47 
 
 		 409 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  31.72 
 
 		 473 aa  189  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  34.15 
 
 		 404 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  32.63 
 
 		 524 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  29.66 
 
 		 404 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  31.01 
 
 		 424 aa  179  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  29.48 
 
 		 411 aa  178  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  32.43 
 
 		 423 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  28.16 
 
 		 417 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  30.87 
 
 		 417 aa  173  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  30.79 
 
 		 419 aa  168  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  30.92 
 
 		 411 aa  163  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  29.46 
 
 		 390 aa  162  2e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  28.08 
 
 		 407 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  32.27 
 
 		 426 aa  158  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  29.67 
 
 		 389 aa  157  3e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  30.93 
 
 		 397 aa  154  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  27.97 
 
 		 408 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  25.73 
 
 		 409 aa  146  6e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  28.28 
 
 		 544 aa  143  7e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  29.44 
 
 		 416 aa  136  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  29.77 
 
 		 414 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  25.74 
 
 		 415 aa  133  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  27.81 
 
 		 408 aa  133  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  27.59 
 
 		 455 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  28.46 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5506  phage portal protein, HK97 family  26.4 
 
 		 408 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.709326  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  27.08 
 
 		 436 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  27.08 
 
 		 436 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  28.21 
 
 		 412 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  25.71 
 
 		 436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  29.17 
 
 		 460 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  27.5 
 
 		 542 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  27.71 
 
 		 420 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  26.28 
 
 		 428 aa  126  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  27.63 
 
 		 392 aa  123  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  28.57 
 
 		 429 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2238  phage portal protein, HK97 family  26.09 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0330088  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  27.04 
 
 		 428 aa  121  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  27.64 
 
 		 441 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  35.18 
 
 		 225 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  27.25 
 
 		 398 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3805  hypothetical protein  26.26 
 
 		 404 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4093  hypothetical protein  26.26 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  26.5 
 
 		 420 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  28.65 
 
 		 447 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  27.37 
 
 		 393 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0555  phage portal protein, HK97 family  27.37 
 
 		 448 aa  116  8.999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0158159  hitchhiker  0.0015106 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  27.05 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  27.35 
 
 		 437 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  25.82 
 
 		 455 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  26.09 
 
 		 457 aa  110  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  26.65 
 
 		 859 aa  110  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  25.85 
 
 		 454 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  25.85 
 
 		 454 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  26.65 
 
 		 833 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  26.65 
 
 		 833 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  26.6 
 
 		 413 aa  109  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  25.73 
 
 		 408 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  24.93 
 
 		 417 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1772  HK97 family phage portal protein  26.32 
 
 		 451 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  26.16 
 
 		 407 aa  103  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  23.84 
 
 		 433 aa  103  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  22.28 
 
 		 413 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  25.61 
 
 		 406 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1334  phage portal protein HK97 family  27.34 
 
 		 400 aa  97.1  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00597949  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1058  Phage portal protein, HK97  27.07 
 
 		 401 aa  95.5  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0489201 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4384  phage portal protein, HK97 family  28.86 
 
 		 264 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0671  HK97 family phage portal protein  25.36 
 
 		 372 aa  93.2  8e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>