125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1334 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1334  phage portal protein HK97 family  100 
 
 		 400 aa  801    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00597949  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0586  HK97 family portal protein  64 
 
 		 397 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0587  HK97 family phage portal protein  64 
 
 		 397 aa  437  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3150  HK97 family phage portal protein  54.36 
 
 		 393 aa  398  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273725  normal  0.0302627 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1966  Phage portal protein, HK97  58.5 
 
 		 391 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1161  Phage portal protein, HK97  55.56 
 
 		 391 aa  393  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1801  Phage portal protein, HK97  57.78 
 
 		 391 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595196  normal  0.0740588 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3489  Phage portal protein, HK97  56.94 
 
 		 391 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1410  Phage portal protein, HK97  54.62 
 
 		 391 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0903  HK97 family phage portal protein  56.37 
 
 		 391 aa  382  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.580107 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1058  Phage portal protein, HK97  53.42 
 
 		 401 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0489201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2092  phage portal protein, HK97 family  56.42 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2901  HK97 family phage portal protein  53.51 
 
 		 400 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149993  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1429  phage portal protein, HK97 family  57.06 
 
 		 386 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.659761  normal  0.284789 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1707  phage portal protein, HK97 family  56.55 
 
 		 390 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.449207  normal  0.0531802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1433  HK97 family phage portal protein  56.55 
 
 		 390 aa  364  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.273066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4963  HK97 family phage portal protein  56.18 
 
 		 397 aa  360  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373526 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2468  putative portal protein  52.07 
 
 		 391 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1632  Phage portal protein, HK97  52.78 
 
 		 386 aa  355  5.999999999999999e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3916  HK97 family phage portal protein  53.1 
 
 		 384 aa  355  6.999999999999999e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0348958 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2177  putative phage portal protein  53.06 
 
 		 396 aa  355  8.999999999999999e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1130  HK97 family phage portal protein  54.57 
 
 		 390 aa  352  7e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.868122  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1075  HK97 family phage portal protein  53.89 
 
 		 388 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.529897  normal  0.723665 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0013  HK97 family phage portal protein  43.42 
 
 		 393 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0033  HK97 family phage portal protein  43.14 
 
 		 393 aa  307  3e-82  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.13061  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1012  HK97 family phage portal protein  44.01 
 
 		 397 aa  301  1e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.982443  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0007  HK97 family phage portal protein  41.07 
 
 		 396 aa  280  2e-74  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000540327  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3119  Phage portal protein, HK97  47.46 
 
 		 389 aa  278  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0919  HK97 family phage portal protein  49.39 
 
 		 351 aa  260  3e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.38293 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2002  Phage portal protein, HK97  46.59 
 
 		 368 aa  256  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.443505  hitchhiker  0.004041 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3705  HK97 family phage portal protein  39.45 
 
 		 477 aa  225  9e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0697  HK97 family phage portal protein  32.34 
 
 		 399 aa  130  3e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.25481e-17 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  29.86 
 
 		 416 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  27.65 
 
 		 444 aa  105  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  28.37 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  28.37 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  26.96 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  29.04 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  28.96 
 
 		 421 aa  103  5e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  27.92 
 
 		 440 aa  103  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  29.24 
 
 		 413 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  28.62 
 
 		 413 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  28.88 
 
 		 413 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  30.68 
 
 		 424 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  26.95 
 
 		 444 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  27.34 
 
 		 431 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  29.21 
 
 		 407 aa  97.1  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  27.27 
 
 		 434 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  30.24 
 
 		 434 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  25.61 
 
 		 419 aa  92.8  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  27.02 
 
 		 411 aa  91.3  3e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  28.31 
 
 		 412 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  28.82 
 
 		 404 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  29.39 
 
 		 408 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  29.41 
 
 		 445 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  25.06 
 
 		 412 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2854  portal protein  24.24 
 
 		 1102 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0279665  hitchhiker  0.00446406 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  26.64 
 
 		 417 aa  84.3  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  24.83 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  25.53 
 
 		 432 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  29.02 
 
 		 445 aa  83.2  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  24.78 
 
 		 524 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  25.51 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  25.69 
 
 		 434 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  28.11 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  28.11 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  23.29 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  28.62 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  23.43 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  25.94 
 
 		 434 aa  75.9  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  27.95 
 
 		 441 aa  74.7  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  22.11 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  22.11 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  22.11 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  25.98 
 
 		 455 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  25.08 
 
 		 423 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  26.07 
 
 		 544 aa  70.5  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  22.77 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  25.44 
 
 		 416 aa  69.7  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  27.54 
 
 		 395 aa  68.2  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  26.09 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1060  HK97 family phage portal protein  22.03 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1080  HK97 family phage portal protein  22.03 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  25.38 
 
 		 408 aa  67.4  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  20 
 
 		 436 aa  67  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  20 
 
 		 436 aa  67  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  26.35 
 
 		 426 aa  67  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  26.64 
 
 		 414 aa  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  27.16 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  22.84 
 
 		 445 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  25.96 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  27.01 
 
 		 429 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  21.77 
 
 		 417 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2688  phage portal protein, HK97 family  24.51 
 
 		 464 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.912505  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  23.94 
 
 		 407 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  24.01 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  26.62 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  30.3 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  25.65 
 
 		 420 aa  63.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0671  HK97 family phage portal protein  21.93 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>