140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0858 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  100 
 
 		 408 aa  830    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  54.55 
 
 		 393 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  54.95 
 
 		 392 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1485  Phage portal protein, HK97  46.72 
 
 		 399 aa  344  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.334021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1628  Phage portal protein, HK97  46.47 
 
 		 392 aa  342  5e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.220321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  36.82 
 
 		 416 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  38.54 
 
 		 398 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  40.21 
 
 		 397 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  38.96 
 
 		 412 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  36.05 
 
 		 406 aa  216  4e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  34.65 
 
 		 406 aa  216  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  37.53 
 
 		 395 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  34.49 
 
 		 407 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  32.84 
 
 		 409 aa  196  6e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  32.75 
 
 		 444 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  33.08 
 
 		 408 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  32.53 
 
 		 420 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  30.6 
 
 		 413 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  31.17 
 
 		 440 aa  171  3e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  31.48 
 
 		 413 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  31.05 
 
 		 413 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  30.73 
 
 		 421 aa  162  1e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  30.42 
 
 		 414 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  30.42 
 
 		 414 aa  159  6e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  29.79 
 
 		 426 aa  151  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  30.58 
 
 		 404 aa  149  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  31.27 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  29.01 
 
 		 425 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  29.01 
 
 		 425 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  29.01 
 
 		 425 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  30.46 
 
 		 417 aa  147  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  30.9 
 
 		 389 aa  144  3e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  28.9 
 
 		 390 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  29.67 
 
 		 424 aa  139  7e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  29.17 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  29.73 
 
 		 416 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  28.07 
 
 		 444 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  26.8 
 
 		 419 aa  133  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  27.81 
 
 		 431 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  26.72 
 
 		 423 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  28.49 
 
 		 524 aa  130  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  28.32 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  26.81 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  27.35 
 
 		 407 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  26.34 
 
 		 408 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  24.52 
 
 		 544 aa  119  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  28.87 
 
 		 411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  24.87 
 
 		 412 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  26.57 
 
 		 445 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  27.07 
 
 		 833 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  27.07 
 
 		 859 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  27.07 
 
 		 833 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  28.97 
 
 		 408 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  28.27 
 
 		 407 aa  113  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  25.26 
 
 		 436 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  27.91 
 
 		 454 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  27.91 
 
 		 454 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  26.09 
 
 		 433 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  25.77 
 
 		 428 aa  107  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  26.58 
 
 		 416 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  26.76 
 
 		 473 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  25.92 
 
 		 401 aa  107  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  26.58 
 
 		 416 aa  106  9e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1968  hypothetical protein  26.48 
 
 		 435 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  25.98 
 
 		 420 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  25.13 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  25.45 
 
 		 455 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  25.45 
 
 		 457 aa  100  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  31.73 
 
 		 542 aa  100  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  25.56 
 
 		 445 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  24.12 
 
 		 447 aa  99  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  24.25 
 
 		 436 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  24.25 
 
 		 436 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  25.37 
 
 		 445 aa  99  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  24.06 
 
 		 413 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  26.63 
 
 		 420 aa  97.8  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  27.18 
 
 		 428 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  27.82 
 
 		 429 aa  97.1  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  28.63 
 
 		 455 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  27.86 
 
 		 429 aa  94  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  28.24 
 
 		 460 aa  93.6  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  23.76 
 
 		 411 aa  92.8  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  24.58 
 
 		 415 aa  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  25.8 
 
 		 441 aa  90.5  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  24.72 
 
 		 432 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  30.43 
 
 		 434 aa  87.4  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3489  Phage portal protein, HK97  28.41 
 
 		 391 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1966  Phage portal protein, HK97  28.98 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  23.61 
 
 		 414 aa  83.6  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1801  Phage portal protein, HK97  27.75 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595196  normal  0.0740588 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2901  HK97 family phage portal protein  28.67 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149993  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  22.69 
 
 		 413 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  24.94 
 
 		 437 aa  79.7  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  25.85 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1648  hypothetical protein  25.07 
 
 		 422 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117092  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2688  phage portal protein, HK97 family  25.46 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.912505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2092  phage portal protein, HK97 family  27.73 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1772  HK97 family phage portal protein  24.65 
 
 		 451 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4384  phage portal protein, HK97 family  27.06 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  28.81 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>