127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2472 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  100 
 
 		 542 aa  1110    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  34.04 
 
 		 414 aa  207  4e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  34.04 
 
 		 414 aa  207  4e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  32.63 
 
 		 420 aa  204  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  34.04 
 
 		 440 aa  203  6e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  33.42 
 
 		 444 aa  201  3e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  32.04 
 
 		 421 aa  198  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  33.14 
 
 		 419 aa  180  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  32 
 
 		 413 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  31.7 
 
 		 434 aa  158  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  32 
 
 		 413 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  30.53 
 
 		 416 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  31.73 
 
 		 413 aa  156  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  29.86 
 
 		 425 aa  152  2e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  29.86 
 
 		 425 aa  152  2e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  29.86 
 
 		 425 aa  152  2e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  29.68 
 
 		 473 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  30.85 
 
 		 437 aa  144  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  30 
 
 		 407 aa  141  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  29.74 
 
 		 434 aa  140  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  30.12 
 
 		 384 aa  135  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  28.04 
 
 		 444 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  25.46 
 
 		 409 aa  130  6e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  27.79 
 
 		 431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  24.64 
 
 		 544 aa  129  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  26.06 
 
 		 417 aa  126  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  27.03 
 
 		 416 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  27.03 
 
 		 416 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  25.29 
 
 		 436 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  27.84 
 
 		 426 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  26.63 
 
 		 390 aa  121  3e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  27.49 
 
 		 389 aa  120  6e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  28.61 
 
 		 524 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  27.56 
 
 		 423 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  27.7 
 
 		 408 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  26.43 
 
 		 445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  30.97 
 
 		 434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  27.83 
 
 		 412 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  28.57 
 
 		 420 aa  109  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  28.8 
 
 		 409 aa  108  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1968  hypothetical protein  27.3 
 
 		 435 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  26.67 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  25.26 
 
 		 432 aa  104  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  27.84 
 
 		 428 aa  104  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  25.06 
 
 		 434 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  26.6 
 
 		 429 aa  102  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  28.47 
 
 		 460 aa  100  7e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  31.73 
 
 		 408 aa  99.8  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  28.65 
 
 		 398 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  25.43 
 
 		 411 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2688  phage portal protein, HK97 family  26.01 
 
 		 464 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.912505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  25.37 
 
 		 415 aa  97.8  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  27.08 
 
 		 429 aa  97.4  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  26.57 
 
 		 417 aa  95.9  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  25.92 
 
 		 420 aa  94.7  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  25.91 
 
 		 408 aa  92.8  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  23.78 
 
 		 404 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  27.83 
 
 		 445 aa  91.3  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  27.83 
 
 		 445 aa  91.3  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  23.28 
 
 		 417 aa  90.9  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  22.22 
 
 		 413 aa  88.6  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  26.72 
 
 		 416 aa  87  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  25.41 
 
 		 395 aa  83.6  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  24.62 
 
 		 404 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  27.87 
 
 		 225 aa  83.2  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  25.36 
 
 		 397 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  25.2 
 
 		 406 aa  80.9  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  24.66 
 
 		 407 aa  80.5  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  24.22 
 
 		 412 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1485  Phage portal protein, HK97  26.56 
 
 		 399 aa  77.4  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.334021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1628  Phage portal protein, HK97  26.95 
 
 		 392 aa  76.6  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.220321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  25.84 
 
 		 454 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0555  phage portal protein, HK97 family  23.68 
 
 		 448 aa  76.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0158159  hitchhiker  0.0015106 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  25.84 
 
 		 454 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  26.22 
 
 		 441 aa  75.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5506  phage portal protein, HK97 family  23.13 
 
 		 408 aa  74.3  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.709326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  24.93 
 
 		 433 aa  74.3  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  21.33 
 
 		 413 aa  74.3  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  24.6 
 
 		 392 aa  73.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  24.06 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  24.36 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  26.72 
 
 		 428 aa  72  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  27.92 
 
 		 414 aa  67.8  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  24.34 
 
 		 833 aa  67.8  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  24.34 
 
 		 859 aa  67.8  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  24.87 
 
 		 408 aa  67.4  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  24.34 
 
 		 833 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  23.81 
 
 		 455 aa  63.5  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  25.45 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  23.37 
 
 		 455 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  23.08 
 
 		 457 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2854  portal protein  23.27 
 
 		 1102 aa  57  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0279665  hitchhiker  0.00446406 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4384  phage portal protein, HK97 family  25.13 
 
 		 264 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  17.8 
 
 		 436 aa  53.5  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  17.8 
 
 		 436 aa  53.5  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0903  HK97 family phage portal protein  25.77 
 
 		 391 aa  53.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.580107 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1648  hypothetical protein  20.98 
 
 		 422 aa  52.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117092  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3916  HK97 family phage portal protein  26.5 
 
 		 384 aa  52.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0348958 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1334  phage portal protein HK97 family  23.27 
 
 		 400 aa  51.6  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00597949  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  22.39 
 
 		 447 aa  50.4  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>