289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1552 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1552  IstB domain protein ATP-binding protein  100 
 
 
234 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000031305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3438  IstB ATP binding domain-containing protein  70.26 
 
 
268 aa  333  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000228593  unclonable  9.96626e-17 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4129  IstB ATP binding domain-containing protein  58.56 
 
 
264 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1319  IstB ATP binding domain-containing protein  43.05 
 
 
257 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107428  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0638  IstB ATP binding domain-containing protein  39.04 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1434  DNA replication protein DnaC, putative  37.1 
 
 
259 aa  139  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3956  IstB ATP binding domain-containing protein  34.75 
 
 
260 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0425  hypothetical protein  33.81 
 
 
267 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0439  hypothetical protein  33.81 
 
 
267 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00568017  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3827  hypothetical protein  33.81 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.745457  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4120  hypothetical protein  33.81 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0137  IstB domain protein ATP-binding protein  34.87 
 
 
284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.118943  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1277  IstB domain protein ATP-binding protein  34.87 
 
 
284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0461295 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4023  hypothetical protein  33.97 
 
 
263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1255  putative replication protein DnaC  33.04 
 
 
276 aa  118  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0168344  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1566  DNA replication protein DnaC, putative  34.87 
 
 
286 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0658558  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1084  putative replication protein  35.48 
 
 
249 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.372508  hitchhiker  0.0000157316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1054  putative replication protein  35.48 
 
 
249 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.547763  hitchhiker  0.000000820302 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4906  DNA replication protein DnaC  35.59 
 
 
245 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000177661  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04238  DNA biosynthesis protein  35.03 
 
 
245 aa  108  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000679952  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3636  AAA ATPase  35.03 
 
 
245 aa  108  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000285217  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04204  hypothetical protein  35.03 
 
 
245 aa  108  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000534515  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3694  DNA replication protein DnaC  35.03 
 
 
245 aa  108  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000380442  hitchhiker  0.00426992 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4593  DNA replication protein DnaC  35.03 
 
 
245 aa  108  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000805827  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5874  DNA replication protein DnaC  35.03 
 
 
245 aa  108  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000300612  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4954  DNA replication protein DnaC  35.03 
 
 
245 aa  108  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4901  DNA replication protein DnaC  35.03 
 
 
245 aa  108  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247783  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2283  putative replication protein  35.48 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552648  normal  0.146717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4797  DNA replication protein DnaC  33.33 
 
 
245 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.849133 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4864  DNA replication protein DnaC  33.33 
 
 
245 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4957  DNA replication protein DnaC  33.33 
 
 
245 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.178341  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4898  DNA replication protein DnaC  33.33 
 
 
245 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.953972  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4951  DNA replication protein DnaC  33.33 
 
 
245 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0516  DNA replication protein DnaC  32.2 
 
 
245 aa  102  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591707 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2283  IstB domain protein ATP-binding protein  34.86 
 
 
248 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.681758  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4220  IstB domain protein ATP-binding protein  31.71 
 
 
261 aa  95.5  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2275  putative replication protein  32.04 
 
 
246 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00200673  hitchhiker  0.0000000000000951726 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1260  putative replication protein  32.57 
 
 
248 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000160786  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0060  DNA replication protein, DNAC-like  33.96 
 
 
260 aa  90.1  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2486  hypothetical protein  28.64 
 
 
261 aa  89.4  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.126053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1434  putative replication protein  32.57 
 
 
248 aa  88.2  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00253442  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3454  AAA ATPase  27.88 
 
 
276 aa  87.8  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3449  AAA family ATPase  27.88 
 
 
276 aa  86.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.539616  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1153  putative replication protein  32 
 
 
248 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.255011 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0041  hypothetical protein  33.56 
 
 
241 aa  85.1  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3534  hypothetical protein  27.43 
 
 
276 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3818  hypothetical protein  27.43 
 
 
276 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1499  IstB domain protein ATP-binding protein  31.22 
 
 
247 aa  79  0.00000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0674056  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1289  AAA ATPase  27.03 
 
 
247 aa  78.6  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.36867 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2785  IstB domain protein ATP-binding protein  34.67 
 
 
275 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2340  IstB domain protein ATP-binding protein  30.36 
 
 
241 aa  73.9  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0243849  decreased coverage  0.0019144 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0785  IstB domain protein ATP-binding protein  30.41 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.910617  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1147  IstB ATP binding domain-containing protein  30.86 
 
 
263 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000971836  decreased coverage  0.00111999 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3988  IstB ATP binding domain-containing protein  30.25 
 
 
263 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00332304 
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5818  ATPase  24.79 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1254  DNA replication protein DnaC  25.52 
 
 
242 aa  73.2  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.014499  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2606  DNA replication protein-like protein  29.32 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000882358 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3170  DNA replication protein-like protein  26.64 
 
 
249 aa  71.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1802  hypothetical protein  27.32 
 
 
275 aa  71.6  0.000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2467  hypothetical protein  30.21 
 
 
278 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2013  AAA ATPase  26.63 
 
 
283 aa  71.2  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0083652  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0089  IstB ATP binding domain-containing protein  34.43 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0885  phage DnaC-like protein  25.26 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0868  DNA replication protein-like protein  25.26 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.752635  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1184  IstB-like ATP-binding protein  27.15 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.580215  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0552  DNA replication protein DnaC  27.23 
 
 
311 aa  67.8  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000116033  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0893  IstB ATP binding domain-containing protein  27.78 
 
 
241 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18880  phage DNA replication protein (predicted replicative helicase loader)  36.67 
 
 
264 aa  65.9  0.0000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.614946  normal  0.0813321 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1702  IstB domain protein ATP-binding protein  32.26 
 
 
245 aa  65.9  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1870  prophage LambdaSa2, DNA replication protein DnaC, putative  24.41 
 
 
273 aa  64.7  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2940  DNA replication protein DnaC  31.16 
 
 
331 aa  64.3  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.443717  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23130  AAA ATPase  25.24 
 
 
348 aa  63.9  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2623  DNA replication protein DnaC  31.16 
 
 
331 aa  63.2  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1404  IstB ATP binding domain-containing protein  32.74 
 
 
267 aa  62.8  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0795  primosomal protein DnaI  27.81 
 
 
313 aa  62.4  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0538  ATP-binding protein  30.15 
 
 
426 aa  62.4  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.436507  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1816  IstB domain protein ATP-binding protein  28.87 
 
 
280 aa  62.4  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0806  AAA ATPase  28.18 
 
 
343 aa  60.5  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.337759  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0831  DNA replication protein-like protein  22.61 
 
 
272 aa  59.7  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02920  hypothetical protein  29.45 
 
 
188 aa  59.7  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000406909  hitchhiker  2.4308e-42 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_479  DNA replication protein  29.41 
 
 
470 aa  59.7  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0514  IstB ATP binding domain-containing protein  30.33 
 
 
469 aa  59.3  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2347  DNA replication protein DnaC  25.5 
 
 
327 aa  58.5  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.104478  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0105  DNA replication protein DnaC  26.14 
 
 
334 aa  58.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2663  primosomal protein DnaI  24.85 
 
 
312 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.150188  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0607  IstB domain protein ATP-binding protein  24.27 
 
 
275 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1255  IstB domain protein ATP-binding protein  31.5 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000529674  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1007  IstB domain protein ATP-binding protein  31.5 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1257  IstB domain protein ATP-binding protein  31.5 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00361337  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0923  IstB domain protein ATP-binding protein  31.5 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0943  IstB domain protein ATP-binding protein  31.5 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000160717  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0933  IstB domain protein ATP-binding protein  31.5 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1245  IstB domain protein ATP-binding protein  31.5 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1998  IstB domain protein ATP-binding protein  31.5 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4307  hypothetical protein  25.23 
 
 
271 aa  52.8  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2615  DNA replication protein-like protein  24.43 
 
 
234 aa  52  0.000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00158711  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4709  primosomal protein DnaI  26.2 
 
 
312 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0140063  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3588  DNA replication protein-like  26.85 
 
 
297 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0538  Chromosomal replication initiator DnaA  24.15 
 
 
319 aa  51.6  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3654  DNA replication protein-like protein  26.85 
 
 
297 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.718161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>