104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1121 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1121  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 
156 aa  317  3e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1354  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  55.77 
 
 
156 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154586  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50.97 
 
 
155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.74 
 
 
156 aa  157  5e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0089  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.79 
 
 
156 aa  144  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3384  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.16 
 
 
156 aa  143  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1037  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  44.23 
 
 
161 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0018  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  44.23 
 
 
161 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.187871  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0394  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  44.23 
 
 
161 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1535  YbaK  44.23 
 
 
161 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.101769  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  44.23 
 
 
161 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1189  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  44.23 
 
 
161 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1369  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  44.23 
 
 
161 aa  134  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.388098  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0038  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  44.23 
 
 
210 aa  134  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5493  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.79 
 
 
157 aa  133  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.317787  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2911  hypothetical protein  43.51 
 
 
162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121231  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3187  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.83 
 
 
157 aa  130  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1849  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.87 
 
 
173 aa  128  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000316279  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5840  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.79 
 
 
161 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.52 
 
 
162 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.699288 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3157  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.86 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000990307 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.86 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5009  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.52 
 
 
161 aa  125  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.483603  normal  0.195058 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1641  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.87 
 
 
162 aa  124  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0015255  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1640  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.87 
 
 
162 aa  124  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.850648 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4739  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.18 
 
 
159 aa  124  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4731  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.94 
 
 
167 aa  122  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6360  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.87 
 
 
162 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1719  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.87 
 
 
162 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1733  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.87 
 
 
162 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.285708 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.56 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5904  hypothetical protein  36.6 
 
 
157 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.515734 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4653  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  35.67 
 
 
159 aa  114  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321898  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0986  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.62 
 
 
159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.015482  normal  0.28852 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0707  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.31 
 
 
159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1260  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.36 
 
 
159 aa  110  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0160426 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0677  YbaK-like protein  35.29 
 
 
162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.289419  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0222  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.62 
 
 
152 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0201  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.62 
 
 
163 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387657  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0256  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.25 
 
 
159 aa  107  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00658602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0225  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.93 
 
 
152 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000268  hypothetical protein  35.67 
 
 
159 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0269  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.81 
 
 
152 aa  104  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2082  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.76 
 
 
154 aa  103  7e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.184179  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1361  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.31 
 
 
159 aa  103  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.153741  hitchhiker  0.000577706 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2657  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.86 
 
 
169 aa  103  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.941629  normal  0.15794 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5372  hypothetical protein  42.11 
 
 
162 aa  101  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000389201  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1756  hypothetical protein  35.66 
 
 
152 aa  100  8e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2116  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.41 
 
 
153 aa  99.4  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0022261  decreased coverage  0.00203199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2839  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.52 
 
 
156 aa  97.8  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.604466  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1215  hypothetical protein  36.36 
 
 
151 aa  97.8  5e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3691  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.33 
 
 
173 aa  97.4  7e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2156  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.97 
 
 
154 aa  96.3  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.284719  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1209  hypothetical protein  35.66 
 
 
151 aa  95.9  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.66 
 
 
156 aa  95.5  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1914  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.97 
 
 
154 aa  94  8e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0168  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.03 
 
 
153 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3621  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.94 
 
 
199 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0303  hypothetical protein  37.76 
 
 
161 aa  91.7  4e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000014956  unclonable  0.000000628456 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1929  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.97 
 
 
170 aa  91.3  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1758  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.64 
 
 
154 aa  89.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2070  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.61 
 
 
163 aa  79.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0237486  normal  0.038928 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2233  putative signal transduction protein  30.92 
 
 
456 aa  78.6  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0933  hypothetical cytosolic protein  27.27 
 
 
151 aa  77  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.89 
 
 
163 aa  75.5  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0795  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.14 
 
 
156 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.630497  hitchhiker  0.00199357 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0757  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35 
 
 
156 aa  60.8  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.447705  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3064  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.36 
 
 
244 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.39899 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2147  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.78 
 
 
155 aa  57.4  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0310098  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1810  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.34 
 
 
155 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0063966  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1734  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.34 
 
 
155 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0465271  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1012  ybaK/ebsC protein  28 
 
 
157 aa  53.9  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70580  hypothetical protein  31.4 
 
 
469 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.02 
 
 
156 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.171786  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0161  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.38 
 
 
163 aa  50.4  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00528766 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0804  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.08 
 
 
156 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.299415  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3039  hypothetical protein  31.58 
 
 
156 aa  48.5  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499163  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0967  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.88 
 
 
161 aa  48.5  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0057885  normal  0.753698 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48460  signal transduction protein  25.83 
 
 
373 aa  48.9  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0136  hypothetical protein  25.37 
 
 
157 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5359  putative signal transduction protein  23.03 
 
 
467 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.42347 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5311  putative signal transduction protein  23.03 
 
 
467 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0528676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5220  putative signal transduction protein  23.03 
 
 
467 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.312002  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-like protein  26.35 
 
 
162 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.702018  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6123  hypothetical protein  26.67 
 
 
469 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1181  ybaK/ebsC protein  31.09 
 
 
166 aa  46.2  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0675087  normal  0.344163 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0016  ybaK/ebsC protein  29.27 
 
 
154 aa  45.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0587946  normal  0.636311 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4590  hypothetical protein  27.08 
 
 
156 aa  45.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.938781  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4290  ybaK/ebsC protein  25.37 
 
 
157 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.780598 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10900  ybaK/ebsC protein  32.17 
 
 
170 aa  45.4  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.882195 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1201  ybaK/ebsC protein  30.77 
 
 
155 aa  44.7  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00297582  hitchhiker  0.00069795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5754  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.56 
 
 
163 aa  44.7  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.036925  hitchhiker  0.00000000000572699 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0355  ebsC protein, putative  26.67 
 
 
168 aa  43.5  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0021  YbaK/EbsC protein  30.85 
 
 
155 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000866016 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1696  ybaK/ebsC protein  30.16 
 
 
168 aa  43.1  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0180556 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3668  hypothetical protein  24.67 
 
 
157 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1237  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.93 
 
 
160 aa  41.6  0.004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0570  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.7 
 
 
131 aa  41.6  0.004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2425  ybaK/ebsC protein  24.63 
 
 
157 aa  41.6  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1684  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.63 
 
 
131 aa  40.4  0.008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0244659 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>