103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0089 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0089  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 
156 aa  320  5e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3187  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.4 
 
 
157 aa  152  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2911  hypothetical protein  46.45 
 
 
162 aa  150  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121231  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5493  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.1 
 
 
157 aa  149  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.317787  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.48 
 
 
156 aa  147  6e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3384  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.75 
 
 
156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1121  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.79 
 
 
156 aa  144  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.79 
 
 
155 aa  143  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5904  hypothetical protein  42.86 
 
 
157 aa  142  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.515734 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1641  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.81 
 
 
162 aa  140  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0015255  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1640  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.81 
 
 
162 aa  140  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.850648 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.81 
 
 
162 aa  140  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.699288 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5840  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.71 
 
 
161 aa  140  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1354  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.44 
 
 
156 aa  140  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154586  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1369  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  44.81 
 
 
161 aa  140  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.388098  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1037  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  45.45 
 
 
161 aa  138  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0018  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  45.45 
 
 
161 aa  138  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.187871  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0394  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  45.45 
 
 
161 aa  138  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1535  YbaK  45.45 
 
 
161 aa  138  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.101769  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  45.45 
 
 
161 aa  138  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1189  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  45.45 
 
 
161 aa  138  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0038  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  45.45 
 
 
210 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3157  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.87 
 
 
162 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000990307 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.87 
 
 
162 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6360  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.16 
 
 
162 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1719  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.16 
 
 
162 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1733  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.16 
 
 
162 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.285708 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5009  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.51 
 
 
161 aa  135  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.483603  normal  0.195058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1260  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.22 
 
 
159 aa  130  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0160426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.85 
 
 
159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4653  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  36.13 
 
 
159 aa  123  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321898  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4731  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.58 
 
 
167 aa  121  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5372  hypothetical protein  49.57 
 
 
162 aa  120  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000389201  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4739  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.22 
 
 
159 aa  120  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1361  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.94 
 
 
159 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.153741  hitchhiker  0.000577706 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1756  hypothetical protein  40 
 
 
152 aa  117  4.9999999999999996e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0986  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.19 
 
 
159 aa  117  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.015482  normal  0.28852 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0707  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.31 
 
 
159 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0225  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.67 
 
 
152 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0222  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40 
 
 
152 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0269  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.33 
 
 
152 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2082  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.44 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.184179  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000268  hypothetical protein  38.96 
 
 
159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0201  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40 
 
 
163 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387657  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0168  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.06 
 
 
153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1849  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.49 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000316279  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1758  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.76 
 
 
154 aa  110  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0677  YbaK-like protein  36.13 
 
 
162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.289419  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0256  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.91 
 
 
159 aa  107  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00658602 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2156  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.21 
 
 
154 aa  103  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.284719  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.88 
 
 
156 aa  103  7e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2116  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.24 
 
 
153 aa  102  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0022261  decreased coverage  0.00203199 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1914  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.46 
 
 
154 aa  103  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1209  hypothetical protein  33.56 
 
 
151 aa  100  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1215  hypothetical protein  33.56 
 
 
151 aa  100  7e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3691  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.41 
 
 
173 aa  99.8  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0303  hypothetical protein  37.32 
 
 
161 aa  99  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000014956  unclonable  0.000000628456 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1929  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.29 
 
 
170 aa  94.4  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3621  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.57 
 
 
199 aa  93.6  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2657  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.58 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.941629  normal  0.15794 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.86 
 
 
163 aa  89  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2839  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.87 
 
 
156 aa  85.1  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.604466  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2070  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.88 
 
 
163 aa  85.1  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0237486  normal  0.038928 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0933  hypothetical cytosolic protein  30.28 
 
 
151 aa  84.3  6e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2233  putative signal transduction protein  29.79 
 
 
456 aa  76.3  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0795  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.38 
 
 
156 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.630497  hitchhiker  0.00199357 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3064  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.19 
 
 
244 aa  72  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.39899 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2147  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.43 
 
 
155 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0310098  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1734  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.8 
 
 
155 aa  64.7  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0465271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1810  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.71 
 
 
155 aa  64.7  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0063966  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0757  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.09 
 
 
156 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.447705  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0804  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.21 
 
 
156 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.299415  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1237  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.26 
 
 
160 aa  57.4  0.00000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1005  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.43 
 
 
158 aa  57  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.21 
 
 
156 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.171786  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-like protein  30 
 
 
162 aa  55.5  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.702018  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6123  hypothetical protein  24.22 
 
 
469 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70580  hypothetical protein  24 
 
 
469 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1821  YbaK/prolyl-tRNA synthetases associated domain-containing protein  40 
 
 
191 aa  50.4  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5311  putative signal transduction protein  22.58 
 
 
467 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0528676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5220  putative signal transduction protein  22.58 
 
 
467 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.312002  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48460  signal transduction protein  22.88 
 
 
373 aa  48.5  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5359  putative signal transduction protein  21.77 
 
 
467 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.42347 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0441  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.93 
 
 
154 aa  47  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.14 
 
 
191 aa  46.6  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2065  ybaK/ebsC protein  27.42 
 
 
154 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0596  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.21 
 
 
159 aa  45.4  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1181  ybaK/ebsC protein  26.61 
 
 
166 aa  44.7  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0675087  normal  0.344163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5560  signal transduction protein  21.24 
 
 
466 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0466  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.45 
 
 
161 aa  44.3  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4398  putative signal transduction protein  24.39 
 
 
468 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0162  putative signal transduction protein  17.6 
 
 
467 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.102172  normal  0.229614 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5859  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  21.6 
 
 
173 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284913  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0485  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.13 
 
 
164 aa  42.4  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1495  hypothetical protein  20.53 
 
 
167 aa  41.2  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301949  normal  0.1168 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1376  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  21.14 
 
 
154 aa  41.2  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03186  prolyl-tRNA synthetase  29.92 
 
 
564 aa  41.2  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3920  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  21.6 
 
 
174 aa  40.8  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  21.6 
 
 
173 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0016  ybaK/ebsC protein  22.76 
 
 
154 aa  40.4  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0587946  normal  0.636311 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>