106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0256 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0256  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 
159 aa  324  3e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00658602 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4739  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  61.01 
 
 
159 aa  200  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4731  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  56.88 
 
 
167 aa  187  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2911  hypothetical protein  44.97 
 
 
162 aa  128  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121231  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3157  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 
162 aa  127  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000990307 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 
162 aa  127  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1260  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.06 
 
 
159 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0160426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1641  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.51 
 
 
162 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0015255  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1640  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.51 
 
 
162 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.850648 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5009  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.51 
 
 
161 aa  120  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.483603  normal  0.195058 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3187  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.26 
 
 
157 aa  120  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 
162 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.699288 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5840  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.94 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0707  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.75 
 
 
159 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6360  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1719  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1733  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.285708 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5493  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.42 
 
 
157 aa  115  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.317787  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1369  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  41.89 
 
 
161 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.388098  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1037  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  40.91 
 
 
161 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.102528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0038  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  42.57 
 
 
210 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0018  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  40.91 
 
 
161 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.187871  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0394  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  40.91 
 
 
161 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1535  YbaK  40.91 
 
 
161 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.101769  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  40.91 
 
 
161 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1189  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  40.91 
 
 
161 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4653  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  36.84 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321898  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.88 
 
 
159 aa  111  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1361  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40 
 
 
159 aa  110  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.153741  hitchhiker  0.000577706 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1121  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.25 
 
 
156 aa  107  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0089  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.91 
 
 
156 aa  107  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3384  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.26 
 
 
156 aa  106  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5904  hypothetical protein  36.6 
 
 
157 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.515734 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1849  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.06 
 
 
173 aa  104  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000316279  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0986  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.93 
 
 
159 aa  103  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.015482  normal  0.28852 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0677  YbaK-like protein  37.33 
 
 
162 aa  102  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.289419  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1354  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.1 
 
 
156 aa  97.1  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154586  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0168  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36 
 
 
153 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.47 
 
 
156 aa  96.7  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000268  hypothetical protein  37.75 
 
 
159 aa  95.5  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0222  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.91 
 
 
152 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0225  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.91 
 
 
152 aa  94  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0269  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.91 
 
 
152 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.11 
 
 
155 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0201  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.57 
 
 
163 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387657  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5372  hypothetical protein  34.18 
 
 
162 aa  90.5  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000389201  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2116  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.69 
 
 
153 aa  87.4  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0022261  decreased coverage  0.00203199 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2082  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.21 
 
 
154 aa  83.6  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.184179  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.41 
 
 
156 aa  83.2  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2839  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.87 
 
 
156 aa  81.6  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.604466  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1914  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30 
 
 
154 aa  82  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0303  hypothetical protein  32.86 
 
 
161 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000014956  unclonable  0.000000628456 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1756  hypothetical protein  30 
 
 
152 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.34 
 
 
163 aa  79  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2657  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.45 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.941629  normal  0.15794 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1215  hypothetical protein  27.14 
 
 
151 aa  77.4  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1929  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.94 
 
 
170 aa  77.4  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2156  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.57 
 
 
154 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.284719  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2070  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.56 
 
 
163 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0237486  normal  0.038928 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3691  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.94 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1209  hypothetical protein  26.43 
 
 
151 aa  73.9  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0933  hypothetical cytosolic protein  24.29 
 
 
151 aa  70.1  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1758  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.21 
 
 
154 aa  67.4  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0757  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.64 
 
 
156 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.447705  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3621  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.03 
 
 
199 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0795  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.09 
 
 
156 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.630497  hitchhiker  0.00199357 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2233  putative signal transduction protein  27.92 
 
 
456 aa  61.2  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0804  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.56 
 
 
156 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.299415  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.86 
 
 
156 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.171786  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2147  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.69 
 
 
155 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0310098  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1734  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.69 
 
 
155 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0465271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1810  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.69 
 
 
155 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0063966  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0012  ybaK/ebsC protein  27.03 
 
 
157 aa  51.2  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0187594 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0641  putative signal transduction protein  33.03 
 
 
456 aa  50.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1124  hypothetical protein  26.43 
 
 
158 aa  49.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0170  ybaK/ebsC protein  28.76 
 
 
161 aa  49.3  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3064  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.37 
 
 
244 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.39899 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0955  ybaK/ebsC protein  25.71 
 
 
158 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0993  ybaK/ebsC protein  25.71 
 
 
158 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.206645  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1741  ybaK/ebsC protein  27.91 
 
 
160 aa  47.8  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.542392 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.17 
 
 
156 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1093  hypothetical protein  25.34 
 
 
159 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4290  ybaK/ebsC protein  24.5 
 
 
157 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.780598 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2973  ybaK/ebsC protein  28.44 
 
 
158 aa  45.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5359  putative signal transduction protein  22.88 
 
 
467 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.42347 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5733  ybaK/ebsC protein  25.66 
 
 
165 aa  44.7  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3222  hypothetical protein  24.66 
 
 
159 aa  44.7  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0146  hypothetical protein  27.01 
 
 
162 aa  43.5  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3539  ybaK/ebsC protein  23.53 
 
 
158 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115352  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3903  hypothetical protein  30.68 
 
 
156 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531772  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1461  ybaK/ebsC protein  22.76 
 
 
155 aa  42.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3321  ybaK/ebsC protein  24.8 
 
 
158 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3413  ybaK/ebsC protein  24.8 
 
 
158 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0703981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1040  ybaK/ebsC protein  25.6 
 
 
158 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0196148  hitchhiker  0.0000171099 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0982  prolyl-tRNA synthetase  27.84 
 
 
570 aa  42.4  0.003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00893244  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3668  hypothetical protein  26.39 
 
 
157 aa  42  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09630  ybaK/ebsC protein  29.03 
 
 
161 aa  41.6  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443287  hitchhiker  0.00251062 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0135  hypothetical protein  25.55 
 
 
162 aa  41.6  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.248182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4166  ybaK/ebsC protein  30.59 
 
 
156 aa  41.2  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1356  ybaK/ebsC protein  22.39 
 
 
161 aa  41.2  0.006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00173308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>