79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0225 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0225  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 		 152 aa  316  7e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0222  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  98.68 
 
 		 152 aa  313  8e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0201  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  96.05 
 
 		 163 aa  304  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0269  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  94.08 
 
 		 152 aa  301  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0168  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  66.89 
 
 		 153 aa  230  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2911  hypothetical protein  44.37 
 
 		 162 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.52 
 
 		 162 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3157  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.52 
 
 		 162 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000990307 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3187  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.28 
 
 		 157 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1849  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 		 173 aa  122  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000316279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.91 
 
 		 159 aa  121  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5493  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.27 
 
 		 157 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.317787  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5840  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.61 
 
 		 161 aa  118  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0089  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.67 
 
 		 156 aa  117  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5904  hypothetical protein  40.27 
 
 		 157 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.515734 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  41.56 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1535  YbaK  41.56 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.101769  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1189  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  41.56 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1037  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  41.56 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0394  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  41.56 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1369  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  41.56 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.388098  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0018  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  41.56 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.187871  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0038  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  41.56 
 
 		 210 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1260  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.57 
 
 		 159 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160426 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1640  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.26 
 
 		 162 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.850648 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1641  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.26 
 
 		 162 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0015255  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.61 
 
 		 162 aa  112  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.699288 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5009  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.26 
 
 		 161 aa  110  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.483603  normal  0.195058 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1733  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.26 
 
 		 162 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.285708 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1719  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.26 
 
 		 162 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6360  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.26 
 
 		 162 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.93 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0707  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.24 
 
 		 159 aa  108  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0986  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.49 
 
 		 159 aa  107  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.015482  normal  0.28852 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3384  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.49 
 
 		 156 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4653  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  36.17 
 
 		 159 aa  107  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321898  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1121  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.93 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.49 
 
 		 155 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0677  YbaK-like protein  37.23 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5372  hypothetical protein  37.58 
 
 		 162 aa  99.4  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000389201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4731  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.36 
 
 		 167 aa  99.8  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2657  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.31 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.941629  normal  0.15794 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000268  hypothetical protein  37.24 
 
 		 159 aa  97.1  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2839  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.81 
 
 		 156 aa  96.3  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.604466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0256  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.91 
 
 		 159 aa  94  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00658602 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4739  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.13 
 
 		 159 aa  93.2  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1354  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.56 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154586  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1361  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.17 
 
 		 159 aa  89.4  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.153741  hitchhiker  0.000577706 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1756  hypothetical protein  36.11 
 
 		 152 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1914  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.21 
 
 		 154 aa  80.1  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2116  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.88 
 
 		 153 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0022261  decreased coverage  0.00203199 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2082  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.51 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.184179  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.39 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3621  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.17 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2156  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.39 
 
 		 154 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.284719  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1215  hypothetical protein  30.99 
 
 		 151 aa  73.2  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1209  hypothetical protein  30.99 
 
 		 151 aa  72.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1929  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.69 
 
 		 170 aa  72.4  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0933  hypothetical cytosolic protein  32.39 
 
 		 151 aa  70.9  0.000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3691  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.66 
 
 		 173 aa  70.9  0.000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1758  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.17 
 
 		 154 aa  70.5  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0303  hypothetical protein  33.8 
 
 		 161 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000014956  unclonable  0.000000628456 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.88 
 
 		 163 aa  66.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1237  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.14 
 
 		 160 aa  65.5  0.0000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2070  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.03 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0237486  normal  0.038928 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002487  hypothetical protein  25.87 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.190269  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03547  hypothetical protein  24.26 
 
 		 157 aa  48.9  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3090  ybaK/ebsC protein  25.83 
 
 		 155 aa  46.6  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00342065  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-like protein  21.74 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.702018  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1376  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  23.18 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  22.99 
 
 		 191 aa  43.9  0.0007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2147  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.18 
 
 		 155 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0310098  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4590  hypothetical protein  27.59 
 
 		 156 aa  43.5  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.938781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5754  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  24.34 
 
 		 163 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.036925  hitchhiker  0.00000000000572699 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1734  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.9 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0465271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1810  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.9 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0063966  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5859  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  23.94 
 
 		 173 aa  41.2  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14010  hypothetical protein  24.19 
 
 		 155 aa  40.8  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1495  hypothetical protein  24.65 
 
 		 167 aa  40.4  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301949  normal  0.1168 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>