70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2657 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2657  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 		 169 aa  344  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.941629  normal  0.15794 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1849  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.64 
 
 		 173 aa  151  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000316279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2839  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.67 
 
 		 156 aa  138  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.604466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.1 
 
 		 155 aa  120  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0222  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40 
 
 		 152 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0201  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40 
 
 		 163 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0225  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.31 
 
 		 152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5493  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.04 
 
 		 157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.317787  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0986  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.23 
 
 		 159 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.015482  normal  0.28852 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1121  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.86 
 
 		 156 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.54 
 
 		 156 aa  108  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.17 
 
 		 159 aa  107  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3187  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.67 
 
 		 157 aa  107  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0269  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.62 
 
 		 152 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5904  hypothetical protein  36.3 
 
 		 157 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.515734 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4653  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  33.11 
 
 		 159 aa  103  8e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321898  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1260  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.79 
 
 		 159 aa  103  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160426 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5840  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.77 
 
 		 161 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3384  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.86 
 
 		 156 aa  100  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1354  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.93 
 
 		 156 aa  98.6  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154586  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0089  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.58 
 
 		 156 aa  96.7  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1361  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.78 
 
 		 159 aa  96.7  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.153741  hitchhiker  0.000577706 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.48 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.699288 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0707  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.72 
 
 		 159 aa  95.1  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1641  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.1 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0015255  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1640  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.1 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.850648 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2911  hypothetical protein  34.25 
 
 		 162 aa  90.5  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5009  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.1 
 
 		 161 aa  90.1  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.483603  normal  0.195058 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000268  hypothetical protein  31.51 
 
 		 159 aa  90.1  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1369  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  32.41 
 
 		 161 aa  90.1  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.388098  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6360  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.1 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1733  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.1 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.285708 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1719  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.1 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0394  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  31.72 
 
 		 161 aa  89  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1037  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  31.72 
 
 		 161 aa  89  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.102528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0038  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  31.72 
 
 		 210 aa  89  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1535  YbaK  31.72 
 
 		 161 aa  89  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.101769  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  31.72 
 
 		 161 aa  89  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0018  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  31.72 
 
 		 161 aa  89  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.187871  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1189  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  31.72 
 
 		 161 aa  89  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3157  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.88 
 
 		 162 aa  86.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000990307 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.88 
 
 		 162 aa  86.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4731  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.25 
 
 		 167 aa  86.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0168  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.41 
 
 		 153 aa  87  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0256  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.45 
 
 		 159 aa  84  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00658602 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1756  hypothetical protein  33.33 
 
 		 152 aa  81.6  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5372  hypothetical protein  34.25 
 
 		 162 aa  80.5  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000389201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4739  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.61 
 
 		 159 aa  80.5  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0677  YbaK-like protein  30 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1215  hypothetical protein  27.59 
 
 		 151 aa  77  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1914  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.19 
 
 		 154 aa  74.3  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1929  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.78 
 
 		 170 aa  73.9  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1209  hypothetical protein  26.9 
 
 		 151 aa  73.6  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.71 
 
 		 163 aa  73.2  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0303  hypothetical protein  30.32 
 
 		 161 aa  72.4  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000014956  unclonable  0.000000628456 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3691  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.47 
 
 		 173 aa  71.6  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.57 
 
 		 156 aa  70.9  0.000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2116  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.53 
 
 		 153 aa  70.5  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0022261  decreased coverage  0.00203199 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1758  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.35 
 
 		 154 aa  69.3  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2082  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.37 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.184179  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3064  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.01 
 
 		 244 aa  67.8  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.39899 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2070  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.22 
 
 		 163 aa  67  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0237486  normal  0.038928 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2156  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.39 
 
 		 154 aa  65.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.284719  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0933  hypothetical cytosolic protein  25.34 
 
 		 151 aa  63.2  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2147  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.47 
 
 		 155 aa  60.8  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0310098  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1734  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.47 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0465271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1810  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.47 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0063966  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3621  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  24.05 
 
 		 199 aa  54.3  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1237  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  23.36 
 
 		 160 aa  47.8  0.00008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1909  prolyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 		 576 aa  41.2  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000767961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>